FRACTIONOF_POLARIZATION=0.99!default=0.5forunpolarizedbeamPOLARIZATION PLANE NORMAL=0.01.00.0CRYSTALPARAMETERS!SPACE_GROUP_NUMBER=196！0forunknowncrystals;cellconstantsareignored.如果不知道，就跳过去或者输入0，前面一次输出的可以作为下一次的输入。!UNITCELLCONSTANTS=180.7180.7180.79090.090.0SPACEGROUPNUMBER=168UNITCELLCONSTANTS=123.81123.81120.1590.00090.000120.000FRIEDEL'S LAW=TRUE!Default isTRUE.!REFERENCEDATA SET=CK.HKL IName ofa referencedata set (optional)SELECTIONOFDATAIMAGESIGenericfilenameandformat(optional)ofdata imagesNAMETEMPLATEOFDATAFRAMES=./TJ21-7100???.cbf!CBF数据文件路径DATARANGE=1180INumbersoffirstand lastdataimagecollected使用的数据BACKGROUND_RANGE=1 6 INumbers of first and last data image for backgroundSPOT_RANGE=190!Firstandlastdataimagenumberforfindingspots，用来初始选点的数据，一般是使用数据的一半。DATACOLLECTION STRATEGY (XPLAN)！!!!Warning!!!I If you processed your data for a crystal with unknown cell constants and! space group symmetry,XPLAN will report the resultsfor space group P1!STARTINGANGLE=0.0STARTING FRAME=1!used to define the angular origin about the rotation axisIDefault: STARTING_ANGLE= O at STARTING_FRAME=first data imageIRESOLUTIONSHELLS=10654321.51.31.2ISTARTINGANGLESOF SPINDLEROTATION=018010!TOTAL SPINDLEROTATION_RANGES=30.012015INDEXINGPARAMETERSINever forget to check this, since thedefault O 0 0 is almost always correct!!INDEXORIGIN=000!used by"IDXREF"toadd an indexoffset!Additional parameters for fine tuning that rarely need to be changed!INDEXERROR=0.05INDEXMAGNITUDE=8INDEXQUALITY=0.8SEPMIN=4.0!default is6for otherdetectorsCLUSTERRADIUS-2!default is3forotherdetectors!MAXIMUMERROROFSPOTPOSITION=3.0!MAXIMUM ERROR OF SPINDLE POSITION=-2.0IMINIMUM_FRACTION_OF_INDEXED_SPOTS=0.5DECISIONCONSTANTSFORFINDINGCRYSTALSYMMETRY!Decisionconstantsfordetectionoflatticesymmetry(IDXREF,CORRECT)MAXCELLAXIS_ERROR=0.03!MaximumrelativeerrorincellaxestoleratedMAX_CELL_ANGLE_ERROR-2.0!Maximum cell angle error tolerated
FRACTION_OF_POLARIZATION=0.99 !default=0.5 for unpolarized beam POLARIZATION_PLANE_NORMAL= 0.0 1.0 0.0 !======================= CRYSTAL PARAMETERS ============== !SPACE_GROUP_NUMBER=196 !0 for unknown crystals; cell constants are ignored.如果不知道，就跳过 去或者输入0，前面一次输出的可以作为下一次的输入。 ! UNIT_CELL_CONSTANTS= 180.7 180.7 180.7 90 90.0 90.0 SPACE_GROUP_NUMBER= 168 UNIT_CELL_CONSTANTS= 123.81 123.81 120.15 90.000 90.000 120.000 FRIEDEL'S_LAW=TRUE ! Default is TRUE. !REFERENCE_DATA_SET= CK.HKL !Name of a reference data set (optional) !==================== SELECTION OF DATA IMAGES ============== !Generic file name and format (optional) of data images NAME_TEMPLATE_OF_DATA_FRAMES=./TJ21-7_1_00???.cbf !CBF 数据文件路径 DATA_RANGE=1 180 !Numbers of first and last data image collected 使用的数据 BACKGROUND_RANGE=1 6 !Numbers of first and last data image for background SPOT_RANGE=1 90 !First and last data image number for finding spots，用来初始选点的数据，一般 是使用数据的一半。 !==================== DATA COLLECTION STRATEGY (XPLAN) ============= ! !!! Warning !!! ! If you processed your data for a crystal with unknown cell constants and ! space group symmetry, XPLAN will report the results for space group P1. !STARTING_ANGLE= 0.0 STARTING_FRAME=1 !used to define the angular origin about the rotation axis. !Default: STARTING_ANGLE= 0 at STARTING_FRAME=first data image !RESOLUTION_SHELLS=10 6 5 4 3 2 1.5 1.3 1.2 !STARTING_ANGLES_OF_SPINDLE_ROTATION= 0 180 10 !TOTAL_SPINDLE_ROTATION_RANGES=30.0 120 15 !====================== INDEXING PARAMETERS =============== !Never forget to check this, since the default 0 0 0 is almost always correct! !INDEX_ORIGIN= 0 0 0 ! used by "IDXREF" to add an index offset !Additional parameters for fine tuning that rarely need to be changed !INDEX_ERROR=0.05 INDEX_MAGNITUDE=8 INDEX_QUALITY=0.8 SEPMIN=4.0 ! default is 6 for other detectors CLUSTER_RADIUS=2 ! default is 3 for other detectors !MAXIMUM_ERROR_OF_SPOT_POSITION=3.0 !MAXIMUM_ERROR_OF_SPINDLE_POSITION=2.0 !MINIMUM_FRACTION_OF_INDEXED_SPOTS=0.5 !======= DECISION CONSTANTS FOR FINDING CRYSTAL SYMMETRY ========= !Decision constants for detection of lattice symmetry (IDXREF, CORRECT) MAX_CELL_AXIS_ERROR=0.03 ! Maximum relative error in cell axes tolerated MAX_CELL_ANGLE_ERROR=2.0 ! Maximum cell angle error tolerated
IDecision constants for detection of space group symmetry (CORRECT)IResolution rangeforaccepting reflections for spacegroupdetermination in!theCORRECT step.It shouldcovera sufficient numberofstrongreflectionsTESTRESOLUTIONRANGE=8.04.5MINRFLRmeas=50!Minimum#reflectionsneededforcalculationofRmeasMAX_FAC_Rmeas=2.0! Sets an upper limit for acceptable RmeasPARAMETERSCONTROLLINGREFINEMENTSIREFINE(IDXREF)-BEAMAXISORIENTATIONCELL!DISTANCE!REFINE(INTEGRATE)-IDISTANCEBEAMORIENTATIONCELL!AXIS!REFINE(CORRECT)-DISTANCEBEAMORIENTATIONCELLAXISCRITERIAFORACCEPTINGREFLECTIONSVALUE_RANGE_FOR_TRUSTED_DETECTOR_PIXELS=600030000IUsedbyDEFPIXIfor excluding shaded parts ofthe detectorINCLUDE_RESOLUTION_RANGE=50.02.05!Angstroem;usedbyDEFPIX,INTEGRATE,CORRECT最后数据的最高分辨率。IMINIMUM_ZETA=0.05 IDefines width of'blind region' (XPLAN,INTEGRATE,CORRECT)WFACI=0.85!This controls thenumberofrejected MISFITSinCORRECT,!a largervalue leads tofewerrejections.这一数值控制rejection比率。1代表不采用rejection，一半在0.8-1.0之间。第一轮不采用rejection。最多不超过10%的rejection，在输出的CORRECT.LP中的最后一个表格中可以算出rejection的比率。IREJECT_ALIEN=20.0!Automatic rejection of very strong reflectionsINTEGRATIONANDPEAKPROFILEPARAMETERS!Specification of the peak profileparameters belowoverrides theautomaticIdetermination from the imagesISuggestedvaluesarelistedneartheendofINTEGRATE.LP这一数值INTEGRATE.LP中后面的表格能找到。上一轮的输出作为下一轮的输入。BEAM_DIVERGENCE=0.33031BEAM_DIVERGENCE_E.S.D=0.03303REFLECTINGRANGE=1.02947REFLECTINGRANGEE.S.D.=0.14707对XDS.INP进行修改后，保存。然后执行多任务。在terminal输入小写的命令>xds_par如果顺利，会完成。如果有错，会输出错误信息。需要重新对XDS.INP进行修改。打开三个文件：INTEGRATE.LP，CORRECTLP，XDS.INP根据前两者的输出，再放到后者作为下一轮的输入，然后循环，直到REFLECTINGRANGE不变了差不多10-20个循环。（1）在XDS.INP中输入正确的空间群和晶胞参数。（2）将job更改为JOB=DEFPIXINTEGRATECORRECT（3）根据CORRECT.LP末尾的表格确定分辨率截断值。（4）查看CORRECT.LP中的"alien"点列表，将它们放入其中以删除异常值(5)REMOVE.HKL:awk/alien/(if(strtonm($5)>20)print$0)'CORRECTLP>>REMOVE.HKL（6）将INTEGRATE.LP中的2行复制到XDS.INP的输入参数的建议值
!Decision constants for detection of space group symmetry (CORRECT). !Resolution range for accepting reflections for space group determination in !the CORRECT step. It should cover a sufficient number of strong reflections. TEST_RESOLUTION_RANGE=8.0 4.5 MIN_RFL_Rmeas= 50 ! Minimum #reflections needed for calculation of Rmeas MAX_FAC_Rmeas=2.0 ! Sets an upper limit for acceptable Rmeas !================= PARAMETERS CONTROLLING REFINEMENTS ========= !REFINE(IDXREF)=BEAM AXIS ORIENTATION CELL !DISTANCE !REFINE(INTEGRATE)=!DISTANCE BEAM ORIENTATION CELL !AXIS !REFINE(CORRECT)=DISTANCE BEAM ORIENTATION CELL AXIS !================== CRITERIA FOR ACCEPTING REFLECTIONS ============= VALUE_RANGE_FOR_TRUSTED_DETECTOR_PIXELS= 6000 30000 !Used by DEFPIX !for excluding shaded parts of the detector. INCLUDE_RESOLUTION_RANGE=50.0 2.05 !Angstroem; used by DEFPIX,INTEGRATE,CORRECT 最 后数据的最高分辨率。 !MINIMUM_ZETA=0.05 !Defines width of 'blind region' (XPLAN,INTEGRATE,CORRECT) WFAC1=0.85 !This controls the number of rejected MISFITS in CORRECT; !a larger value leads to fewer rejections. 这一数值控制rejection比率。1代表不采用rejection，一半在0.8-1.0之间。第一轮不采用rejection。最多 不超过10%的rejection，在输出的CORRECT.LP中的最后一个表格中可以算出rejection的比率。 !REJECT_ALIEN=20.0 ! Automatic rejection of very strong reflections !============== INTEGRATION AND PEAK PROFILE PARAMETERS ========= !Specification of the peak profile parameters below overrides the automatic !determination from the images !Suggested values are listed near the end of INTEGRATE.LP这一数值INTEGRATE.LP中后面的表格能找 到。上一轮的输出作为下一轮的输入。 BEAM_DIVERGENCE= 0.33031 BEAM_DIVERGENCE_E.S.D.= 0.03303 REFLECTING_RANGE= 1.02947 REFLECTING_RANGE_E.S.D.= 0.14707 对XDS.INP进行修改后，保存。然后执行多任务。在terminal输入小写的命令 >xds_par 如果顺利，会完成。如果有错，会输出错误信息。需要重新对XDS.INP进行修改。 打开三个文件：INTEGRATE.LP，CORRECT.LP，XDS.INP 根据前两者的输出，再放到后者作为下一轮的输入，然后循环，直到REFLECTING_RANGE不变了， 差不多10-20个循环。 （1）在XDS.INP中输入正确的空间群和晶胞参数。 （2）将job更改为JOB = DEFPIX INTEGRATE CORRECT （3）根据CORRECT.LP末尾的表格确定分辨率截断值。 （4）查看CORRECT.LP中的“alien”点列表，将它们放入其中以删除异常值 （5）REMOVE.HKL：awk'/ alien / {if（strtonm（$ 5）> 20）print $ 0}'CORRECT.LP >> REMOVE.HKL （6）将INTEGRATE.LP中的2行复制到XDS.INP的输入参数的建议值
****为输入参数建议的值**BEAM_DIVERGENCE=0.293BEAMDIVERGENCE_E.S.D.=0.029REFLECTING_RANGE=1.473REFLECTING_RANGE_E.S.D.=0.210（a）将GXPARM.XDS复制到XPARM.XDS并重新运行DEFPIXINTEGRATE和CORRECT（b）作为最后的方法，将WFAC1从默认值1.0降低到o.75，但要注意降低的完整性和增加的Rfree！（c）运行xsCaleXSCALE.INP"进行扩展作业，并检查日志文件XSCALE.LP（d）注意三个标准：最高分辨率壳层的完整性，/sigma和CC1/2（e）可以忽略R-meas和R-merge”（它们在高分辨率壳层中可能大于100%）：（f）编辑“XDSCONV.INP”，将数据格式转换为CCP4，CNS，SHELX。并运行“xdsconvXDSCONV.INP”。现在phenix可以直接把XDS输出的XSCALE.HKL文件转换成mtz文件。(g）注意"REFLECTING_RANGE"是HKL2000的"Mosaicity"概念。针对性建议（TROUBLESHOOTING）1.有的时候自动处理失败，主要还是需要修改的参数，比如距离，角度，detector类型等没有设好。2.偶尔是由于前面的衍射图不好，可以选后面的。3.如果redundancy足够，可以尝试扔掉后面部分衍射较差的数据，提高分辨率。还可以适当降低WFAC1。4.如果第一轮自动处理，确定空间群，但没有进一步integrate。如果对空间群有信心，不如已经在HKL2000处理了。可以强制进入integrate。5.XDS选点更多，因此数据质量比HKL2000更好，特别是高分辨率，强度较低的点，能够被采纳。因此可以用HKL2000初步处理，最后用XDS处理。5.9XDS-JVersionTheta简介（INTRODUCTION）XDS-J是程金博2017年为XDS写的一个图形化界面（GUI）。本说明针对版本测试版Theta.问题意见及建议请反馈至knight3a@mail.ustc.edu.cn。XDS-J是XDS的图形用户界面。它使得X射线衍射数据的处理更加容易和方便。XDS-J可以使大多数过程自动化，提供统计数据开缩短处理数据所花费的时间。简而言之，XDS-J对于XDS的新老用户来说都是一个很有用的工具。XDS-J由中国科学技术大学结构免疫学实验室的程金博开发。联系方式：knight3a@mail.ustc.edu.cn推荐屏幕分辨率1280×960，分辨率过低会导致界面不完全显示（界面上方和右方有滚动条）系统要求（SOFTWAREREQUIREMENT)LinuxSystem(tested:CentOS6.9,Ubuntu16.04)XDS(downloadfromhttp://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/downloading.html)xds-viewerPython(tested:2.7,3.4)withmoduleTkinterandmatplotilXDS-J(version:opentheta,lastupdated:2017/07/04)软件安装（INSTALLATIONINSTRUCTIONS）安装XDS下载，解压缩并设置PATH环境变量安装xds-viewer：移动到PATH变量中的目录，例如XDS的安装路径
*****为输入参数建议的值***** BEAM_DIVERGENCE = 0.293 BEAM_DIVERGENCE_E.S.D.= 0.029 REFLECTING_RANGE = 1.473 REFLECTING_RANGE_E.S.D.= 0.210 （a）将GXPARM.XDS复制到XPARM.XDS并重新运行DEFPIX INTEGRATE和CORRECT （b）作为最后的方法，将WFAC1从默认值1.0降低到0.75，但要注意降低的完整性和增加的R free！ （c）运行“xscale XSCALE.INP”进行扩展作业，并检查日志文件“XSCALE.LP” （d）注意三个标准：最高分辨率壳层的完整性，I/sigma和CC1/2。 （e）可以忽略“R-meas和R-merge”（它们在高分辨率壳层中可能大于100％）。 （ f ） 编 辑 “XDSCONV.INP” ， 将 数 据 格 式 转 换 为 CCP4 ， CNS ， SHELX 。 并 运 行 “xdsconv XDSCONV.INP”。现在phenix可以直接把XDS输出的XSCALE.HKL文件转换成mtz文件。 （g）注意“REFLECTING_RANGE”是HKL2000的“Mosaicity”概念。 针对性建议（TROUBLESHOOTING） 1. 有的时候自动处理失败，主要还是需要修改的参数，比如距离，角度，detector类型等没有设好。 2. 偶尔是由于前面的衍射图不好，可以选后面的。 3. 如果redundancy足够，可以尝试扔掉后面部分衍射较差的数据，提高分辨率。还可以适当降低 WFAC1。 4. 如果第一轮自动处理，确定空间群，但没有进一步integrate。如果对空间群有信心，不如已经在 HKL2000处理了。可以强制进入integrate。 5. XDS选点更多，因此数据质量比HKL2000更好，特别是高分辨率，强度较低的点，能够被采纳。因 此可以用HKL2000初步处理，最后用XDS处理。 5.9 XDS-J Version Theta 简介（INTRODUCTION） XDS-J是程金博2017年为XDS写的一个图形化界面（GUI）。本说明针对版本测试版Theta. 问题意见 及建议请反馈至knight3a@mail.ustc.edu.cn。 XDS-J是XDS的图形用户界面。它使得X射线衍射数据的处理更加容易和方便。XDS-J可以使大多数过 程自动化，提供统计数据并缩短处理数据所花费的时间。简而言之，XDS-J对于XDS的新老用户来说都是 一个很有用的工具。 XDS-J由中国科学技术大学结构免疫学实验室的程金博开发。联系方式：knight3a@mail.ustc.edu.cn 推荐屏幕分辨率1280×960，分辨率过低会导致界面不完全显示（界面上方和右方有滚动条） 系统要求（SOFTWARE REQUIREMENT） Linux System (tested: CentOS 6.9, Ubuntu 16.04) XDS (download from http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/downloading.html) xds-viewer Python (tested: 2.7, 3.4) with module Tkinter and matplotli XDS-J (version: open theta, last updated: 2017/07/04) 软件安装（INSTALLATION INSTRUCTIONS） 安装XDS: 下载，解压缩并设置PATH环境变量 安装xds-viewer： 移动到PATH变量中的目录，例如XDS的安装路径
$wgetftp://turn5.biologie.uni-konstanz.de/pub/xds-viewer-0.6.64bit-Oxds-viewer$chmoda+xxds-viewer安装Python：在Ubuntu下为python2安装模块Tkinter和matplotib：ssudoapt-getinstallpython-tkpython-matplotlib在Ubuntu下为python3安装模块Tkinter和matplotlib：$sudoapt-get install python3-tk python3-matplotlib安装XDS:解压缩并将执行文件XDS-J复制到PATH变量中的目录基本使用步骤（PROCEDURE）1.打开终端，转到工作路径后，键入命令XDS-J@xDS-Jopen thetaMain Page Huts Advance Optionsbrowseimageview fog fieOnSChoose.one fiep/data/T)viewDEACER BYTES- 512:Saaoruiraon1-307SRT157.500907fobrun xds for ?roundsALMAXIMUMRESOLUTIONFRIEDEL'S.LAWDetectorADSCTRUENX=3072NY=3072QX=0.102588QY=0.102588OVERLOAD=65000SPACE_GROUP_NUMBERVSIGMA cutofTDETECTOR_DISTANCE180.000000INIT_CELL_CONSTANTSOSCILLATION_RANGEDATA,RANGE1.0001100X-RAY_WAVELENGTH0.979142xschefadscanvShowblespacegroups2.通过image右侧的browse选取一张图片（可以不是第一张）（图片命名方式必须像如下几种这样：ab0001ab_1_0001ab_1.0001，可以带格式后缀，可以是压缩文件）（点击view可以观察图片）3.选择探测器类型和参数，若参数不在列表中可以选other然后输入。某些探测器可以自动读取。4.输入程序运行所需其它参数或修改自动读取的参数（FRIEDEL'SLAW在有重原子的时候应为FALSE)。00 XDS-Jopen thetaMain Page Plots Advance OptionsMAXIMUM_NUMBER_OF_PROCESSORSMAX_CELL_AXIS_ERRORGenerate XDSJINP cnlyZ0.03ViewXDS.INPTESTMAX_CELLANGLE_ERRORRun with existing XDS.JINP120TESTRESOLUTION RANGEMINIMUMVALIDPIXEL_VALUE8.04.5TRUSTED_REGIONMIN_RFL,Rmeas.01.0IALUERANGEFOR_TRUSTEDDETECTOR_PIXESMAXFAC.RIeSonnMNMUMUMBEROFPIXELSJNASPOTMINIMUMRESOLUTIONMNIMUM_ZETASEPMIN6.0TEMPLATEOFDATAFRAMESCLUSTER RADIUSNAMEDIRECTION_OF_DETECTOR_X-AXISBGH0000DIRECTION_OF_DETECTOR_Y-AXISNUMBER_CF_PROFILE_GRID_POINTS_ALONG_GAMMA0.0 1.0 0.0WFACTORGX1536.ORGYEXCLUDE_DATARANGEAd a row1536.0ROTATION_AXIS1.0.0.00.NDENTBEAMDIRECTION0.0.0.01FRACTIONCEPOLARIZATIONPOLARIZATIONUANENORNA0.0 1.0 0.0
$ wget ftp://turn5.biologie.uni-konstanz.de/pub/xds-viewer-0.6.64bit -O xds-viewer $ chmod a+x xds-viewer 安装Python： 在Ubuntu下为python2安装模块Tkinter和matplotlib: $ sudo apt-get install python-tk python-matplotlib 在Ubuntu下为python3安装模块Tkinter和matplotlib： $ sudo apt-get install python3-tk python3-matplotlib 安装XDS： 解压缩并将执行文件XDS-J复制到PATH变量中的目录 基本使用步骤（PROCEDURE） 1. 打开终端，转到工作路径后，键入命令XDS-J。 2. 通过image右侧的browse选取一张图片（可以不是第一张）（图片命名方式必须像如下几种这样： ab0001 ab_1_0001 ab_1.0001，可以带格式后缀，可以是压缩文件）（点击view可以观察图片）。 3. 选择探测器类型和参数，若参数不在列表中可以选other然后输入。某些探测器可以自动读取。 4. 输入程序运行所需其它参数或修改自动读取的参数（FRIEDEL'S_LAW在有重原子的时候应为 FALSE）
5.点击runxdsfor？rounds（可以在下面输入打算连续运行的轮数）。若程序正常运行，结束后会显示红字Finished，结果会显示在框中，自动确定的晶体类型和参数自动填入SPACEGROUPNUMBER和UNIT_CELLCONSTANTS的框中。XDS-Jopen thetaMain Page Plots advance OptionsView log filemagbrowseFinishedhomeahcinecitedeamChoose one fieSISET CN INTENSITY DAT/NOISE3ASFUNCONFRESOs (c(1/2).matSigAnononaEREDEOATAobe2326.67798.9.6..56747REFLECTIONS12sotnun xds for 7roundsALEFRIEDEL'S,LAWMAXIMUMRESOLUTIONDetectorTRUEADSC-NX-3072NY=3072OX=0.102588QY-0.10258BOVERL0AD=65000ETECTORDISTANCEROUPNUMBER1/SIGMA cut:161P22B0onnrUNIT_CELLCONSTANTSOSCILLATION_RANGEDATARANGE41.7261.9580.2291.0000001100X-RAY_WAVELENGTH:0.979142Showpossiblespacegroupsxscaletadsconv6.一般Job前两次运行时选"ALL”，之后修改Job为'DEFPIXINTEGRATECORRECT，根据结果修改最高分辨率（如果在I/SIGMAcutoff前面打勾，运行一次后脚本将根据输入的截断值自动确定下次使用的最高分辨率），也可修改其他参数（如DATA_RANGE，由于辐射损伤有时候要舍弃后面的数据，可参考第二页的图表，或者设置WFAC10.85~0.95，EXCLUDEDATARANGE），点击xds再次运行。7.多次重复运行XDS以优化结果。8.一般最终使最高分辨率对应的I/SIGMA接近2，CC（1/2）大于60，同时总的COMPLETENESS大于9O%，NUMBEROFREFLECTIONS中的OBSERVED是UNIQUE的五倍以上，NUMBEROFREJECTEDMISFITS小于NUMBEROFREFLECTIONSINSELECTEDSUBSETOFIMAGES的5%（以上数字仅供参考，并不绝对）9.点击xscale&xdsconv，在弹出窗口中点击xscale（如果有多套数据，可在此步把它们合并）。再点击xdsconV，最终生成CCP4，CNS，SHELX可用的mtz文件。xscale&xdsconvrun xscalonun.xdsconvOUTPUTOUTPUTview log fleSCAEH3541-31-1002AToioSPACE_GROUPNUMBERChoose one fie.C16IP222XSCALE.HKCOHPAREDI/STGHAR-aasCC(1/2)ASigAnoHnodaPUTCTOaddanother inputfie94.052188.09211820SUBSETOF INAGES52943TITREFLECTIONG271EDREFLECTIONSINTOUEACCEPTErun xds for ? reundsjobAL-DetectorMAXMUM RESOLUTIONFRIEDEL'S,LAWTRUE-AOSCNX-3072NY-3072QX-0.102588QY0.102588OVERLOAD65000E_GROUP,NUMBERETECTORDISTANCE/SIGMA cutof80.000DSCLLATIONRANGEDATA,RANGEUNTCELLCONSTANTS1.0000001100X-RAY_WAVELENGTHShowpossiblespacegroups0.979142xscalexdsconw
5. 点击run xds for ? rounds（可以在下面输入打算连续运行的轮数）。若程序正常运行，结束后会显 示红字Finished，结果会显示在框中，自动确定的晶体类型和参数自动填入SPACE_GROUP_NUMBER和 UNIT_CELL_CONSTANTS的框中。 6. 一般Job前两次运行时选“ALL”，之后修改Job为'DEFPIX INTEGRATE CORRECT'，根据结果修改 最高分辨率（如果在I/SIGMA cutoff前面打勾，运行一次后脚本将根据输入的截断值自动确定下次使用的最 高分辨率），也可修改其他参数（如DATA_RANGE，由于辐射损伤有时候要舍弃后面的数据，可参考第二 页的图表，或者设置WFAC1 0.85~0.95，EXCLUDE_DATA_RANGE），点击xds再次运行。 7. 多次重复运行XDS以优化结果。 8. 一般最终使最高分辨率对应的I/SIGMA接近2，CC（1/2）大于60，同时总的COMPLETENESS大于 90%，NUMBER OF REFLECTIONS中的OBSERVED是UNIQUE的五倍以上，NUMBER OF REJECTED MISFITS小于NUMBER OF REFLECTIONS IN SELECTED SUBSET OF IMAGES的5%（以上数字仅供参 考，并不绝对） 9. 点击xscale&xdsconv，在弹出窗口中点击xscale（如果有多套数据，可在此步把它们合并）。再点 击xdsconv，最终生成CCP4，CNS，SHELX可用的mtz文件