3.配制好防冻液，用移液枪稍微吸取一些防冻液于枪头顶部，置于盛有液氮的绝热盒中数秒，移出液面，观察防冻液是否结冰，如结冰（在液氮中变白），需调试防冻液成分或比例，直至防冻液不结冰，在EP管上标记清楚防冻液成分和实验日期。4.准备好具有不同大小fibreloop（0.2mm，0.3mm，0.4mm等）的Cryopin，在没有揭开盖玻片之前在显微镜下参照晶体大小比较并选择出适合的loop。5.将Puck打开（注意Puck的序列号），用钳子将其放入盛有液氮的绝热盒中（保证液氮的量是足够的，整个实验过程中维持绝热盒中液氮的液面高出Puck1~2cm），使其充分冷却6.准备好后，揭开相应的盖玻片，反过来放在结晶板的盖子上，置于显微镜下7.用移液枪吸取少量防冻液（1~2μL）于悬滴上（期间注意此时晶体的状态，是否融化或者沉淀），再吸取少量防冻液于盖玻片空白处（留用于涮loop）：。8.用合适的Cryopin小心并迅速地挑取晶体，在空白处的防冻液中涮一下，使得晶体周边比较干净（注意观察晶体的状态）。9.晶体状态很好的话，迅速将Cryopin放入绝热盒中Puck的相应位置（注意Puck中孔的编号和顺序），记录该晶体的各种相关信息（蛋白浓度、结晶条件等），Puck序列号以及Puck中孔的编号，切记loop一旦进入液氮液面以下，务必保持其始终处于液面以下。10.按上述操作装满一个Puck后，将Puck的盖子用钳子放入液氮中，使其充分冷却，然后将Puck盖好(注意卡槽）；。11.将Puck移入Puck架上，小心放入液氮罐中，整个过程始终正置Puck，勿将其倒过来以致loop暴露于空气中；12.绝热盒中多余的液氮回收到液氮罐中，液氮罐置于实验室阴凉处检查Pin金属杆是否弯曲（不是挑晶体的尼龙环），有明显弯曲的一定不要用针对性建议（TROUBLESHOOTING）1.晶体冻存的关键环节就是配制合适的防冻液和挑取晶体的操作，此步骤一定要谨慎小心，千万不要让好不容易长出的晶体因为准备不充分和操作失误而毁于一旦。2.为了更好的重复，对客项信息要详细记录，包括蛋白的批次，纯化的步骤条件，蛋白的浓度、纯度、储存条件等。这一部分工作一定要仔细完成。Puck有空位置的一定做好记录。否则后果很严重。5.6晶体行射及数据收集简介（INTRODUCTION）蛋白质三维晶体结构是通过对一系列晶体衍射数据分析处理的结果。作为结构生物学实验室，晶体数据的收集是我们实验室的一项重要工作。本文将主要讲述两部分，第一部分介绍如何有效规范的记录、整理晶体的相关信息及冻存晶体的操作。第二部分介绍如何使用HKL2000软件初步处理收集的晶体数据。实验步骤（PROCEDURE)1.准备工作（1）课题申请：进入上海光源收集数据需提前课题申请，填写相关用户信息、实验安全审核等信息方能取得使用资格。每年1月至7月，每月有一次晶体衍射机时。（2）人员分配：我们实验室每月会派遣人员去上海光源负责晶体衍射实验，自前该任务主要由季越龙同学负责。同时，如果同时有几位同学都准备了冻存的晶体样品，和金老师商量后，有样品的同学可以跟
3. 配制好防冻液，用移液枪稍微吸取一些防冻液于枪头顶部，置于盛有液氮的绝热盒中数秒，移出液 面，观察防冻液是否结冰，如结冰（在液氮中变白），需调试防冻液成分或比例，直至防冻液不结冰，在 EP管上标记清楚防冻液成分和实验日期。 4. 准备好具有不同大小fibre loop（0.2 mm, 0.3 mm, 0.4 mm等）的Cryopin，在没有揭开盖玻片之前， 在显微镜下参照晶体大小比较并选择出适合的loop。 5. 将Puck打开（注意Puck的序列号），用钳子将其放入盛有液氮的绝热盒中（保证液氮 的量是足够 的，整个实验过程中维持绝热盒中液氮的液面高出Puck 1~2 cm），使其充分冷却。 6. 准备好后，揭开相应的盖玻片，反过来放在结晶板的盖子上，置于显微镜下。 7. 用移液枪吸取少量防冻液（1~2 μL）于悬滴上（期间注意此时晶体的状态，是否融化或者沉淀）， 再吸取少量防冻液于盖玻片空白处（留用于涮loop）。 8. 用合适的Cryopin小心并迅速地挑取晶体，在空白处的防冻液中涮一下，使得晶体周边比较干净（注 意观察晶体的状态）。 9. 晶体状态很好的话，迅速将Cryopin放入绝热盒中Puck的相应位置（注意 Puck中孔的编号和顺 序），记录该晶体的各种相关信息（蛋白浓度、结晶条件等），Puck序列号以及Puck中孔的编号，切记 loop一旦进入液氮液面以下，务必保持其始终处于液面以下。 10. 按上述操作装满一个Puck后，将Puck的盖子用钳子放入液氮中，使其充分冷却，然后将Puck盖好 （注意卡槽）；。 11. 将Puck移入Puck架上，小心放入液氮罐中，整个过程始终正置Puck，勿将其倒过来以致loop暴露 于空气中； 12. 绝热盒中多余的液氮回收到液氮罐中，液氮罐置于实验室阴凉处。 检查Pin金属杆是否弯曲（不是挑晶体的尼龙环），有明显弯曲的一定不要用。 针对性建议（TROUBLESHOOTING） 1. 晶体冻存的关键环节就是配制合适的防冻液和挑取晶体的操作，此步骤一定要谨慎小心，千万不要 让好不容易长出的晶体因为准备不充分和操作失误而毁于一旦。 2. 为了更好的重复，对各项信息要详细记录，包括蛋白的批次，纯化的步骤条件，蛋白的浓度、纯 度、储存条件等。这一部分工作一定要仔细完成。Puck有空位置的一定做好记录。否则后果很严重。 5.6 晶体衍射及数据收集 简介（INTRODUCTION） 蛋白质三维晶体结构是通过对一系列晶体衍射数据分析处理的结果。作为结构生物学实验室，晶体数 据的收集是我们实验室的一项重要工作。 本文将主要讲述两部分，第一部分介绍如何有效规范的记录、整理晶体的相关信息及冻存晶体的操 作。第二部分介绍如何使用HKL2000软件初步处理收集的晶体数据。 实验步骤（PROCEDURE） 1. 准备工作 （1）课题申请：进入上海光源收集数据需提前课题申请，填写相关用户信息、实验安全审核等信息方 能取得使用资格。每年1月至7月，每月有一次晶体衍射机时。 （2）人员分配：我们实验室每月会派遣人员去上海光源负责晶体衍射实验，目前该任务主要由李越龙 同学负责。同时，如果同时有几位同学都准备了冻存的晶体样品，和金老师商量后，有样品的同学可以跟
随李越龙一起去上海收集数据。（3）光源用户注册：根据上海光源用户使用规则，每个进入上海光源进行实验的人员必须提前在上海光源管理系统网站申请个人账号，获得上海光源个人ID号。申请光源个人账号的步骤如下：（4）登陆上海光源用户课题管理系统http：//ssrf.sinap.ac.cn/proposals/default.aspx进行用户注册在填写个人基本资料、接受安全培训并通过考试测试后取得用户编码（附录有测试答案）。个人需牢记自己的用户名和密码并告知李越龙自己的ID号，方便其记录并安排住宿，否则将无法入住光源宾馆，也无法进入光源收数据。（5）办理出行证明：提前到生科院找潘主任加盖学院公章，以便携带液氮罐上火车。2.冻存、收集晶体3.出行指南（1）科大→合肥南站一→上海虹桥火车站：108路（6：00~21：30/22：30）：稻香村→合肥南站，出租车约20元。订购动车或高铁火车票，约200元，时长3小时。（2）虹桥火车站→地铁2号线（05：30~22：45）：地铁入口就在火车站内，乘坐方向为浦东国际机场方向，约18站到张江高科站下车，时长约一小时，单程票价6元（3）地铁站5号出口一→应用物理所（张衡路）：地铁站出口跨过马路左边方向有公交站和小吃摊，张南专线/188路或其他的：张江地铁站一3站路到张衡路科苑路下车（离光源近）或2站下车到马路对面吃饭，票价1或2元。也可打车，约12元。返回的路线可以到科伦路做公交，因为张衡路上只有一趟班车。（4）到光源后，从门卫那儿根据自己的用户编号领取剂量计和用户卡（5）宾馆房费200元/天可刷卡，但押金必须交现金，房间12点前要退房（6）光源供餐时间：早餐供应时间：周一到周五7：30~9：00；周六到周日8：00~9：00。午餐：11：00~1：00，晚餐：5：00~7：00。注意供餐时间，以便选择时间适时就餐。关键步骤：做好准备工作：身份证、来回火车票、整钱和零钱、硬盘和数据线、手机和充电器、水杯食品等。可以办理上海市的交通卡，不用每次都备零钱（市内交通，吃饭费用一律不给报销）。4.数据收集（1）开门：先按关闸，再按开门。（2）放PUCK：将液氮池上的陀螺拿开放在专门的位置，打开盖子（注意电线），旋紧PUCK，放进液氮池，PUCK的凹槽对准定位杆（有两根）。将盖子盖上大概在中间位置，不要盖上陀螺。记录好每个位置对应的PUCK。（3）关门：按搜索1→按搜索2→人走出来→按关门→按住开闸3秒一开闸灯亮可以走了。（4）操作演示器：如果是接着别人的机时使用，点击初始化（点击之后会变成另一个名字，再次点击即可）。鼠标点样品一点Mount一→点Center（对焦）多旋转几个角度，确保所要收集数据的旋转角度内晶体都处于Focus上一→点Collect→命名存储数据路径的文件夹、样品编号、设置参数、收集（O#为单张image用于测试，1#为多张image换样品后要点reset）。A.Energy不要动，distance表示detector与样品的距离，越近收的数据越多但也可能有过多噪音，因此根据测试分辨率的大小判断用多少距离。Angle表示每拍一次样品旋转的角度，一般为0.5~1°，在shutterlessdetector比如18U/19U一般是晶体mosaicity的一半。Expose表示每次拍照光的时间，可根据测试时点数判断，点数过多减少曝光时间，曝光时间太长样品更易损坏。如果光很强可以使用衰减
随李越龙一起去上海收集数据。 （3）光源用户注册：根据上海光源用户使用规则，每个进入上海光源进行实验的人员必须提前在上海 光源管理系统网站申请个人账号，获得上海光源个人ID号。申请光源个人账号的步骤如下： （4）登陆上海光源用户课题管理系统http：//ssrf.sinap.ac.cn/proposals/default.aspx 进行用户注册在 填写个人基本资料、接受安全培训并通过考试测试后取得用户编码（附录有测试答案）。个人需牢记自己 的用户名和密码并告知李越龙自己的ID号，方便其记录并安排住宿，否则将无法入住光源宾馆，也无法进 入光源收数据。 （5）办理出行证明：提前到生科院找潘主任加盖学院公章，以便携带液氮罐上火车。 2. 冻存、收集晶体 3. 出行指南 （1）科大→合肥南站→上海虹桥火车站：108路（6：00~21：30/22：30）：稻香村→合肥南站，出 租车约20元。订购动车或高铁火车票，约200元，时长3小时。 （2）虹桥火车站→地铁2号线（05：30~22：45）：地铁入口就在火车站内，乘坐方向为浦东国际机 场方向，约18站到张江高科站下车，时长约一小时，单程票价6元。 （3）地铁站5号出口→应用物理所（张衡路）：地铁站出口跨过马路左边方向有公交站和小吃摊，张 南专线/188路或其他的：张江地铁站→3站路到张衡路科苑路下车（离光源近）或2站下车到马路对面吃 饭，票价1或2元。也可打车，约12元。返回的路线可以到科伦路做公交，因为张衡路上只有一趟班车。 （4）到光源后，从门卫那儿根据自己的用户编号领取剂量计和用户卡。 （5）宾馆房费200元/天可刷卡，但押金必须交现金，房间12点前要退房。 （6）光源供餐时间：早餐供应时间：周一到周五7：30~9：00；周六到周日8：00~9：00。午餐： 11：00~1：00，晚餐：5：00~7：00。注意供餐时间，以便选择时间适时就餐。 关键步骤：做好准备工作：身份证、来回火车票、整钱和零钱、硬盘和数据线、手机和充电器、水杯 食品等。可以办理上海市的交通卡，不用每次都备零钱（市内交通，吃饭费用一律不给报销）。 4. 数据收集 （1）开门：先按关闸，再按开门。 （2）放PUCK：将液氮池上的陀螺拿开放在专门的位置，打开盖子（注意电线），旋紧PUCK，放进 液氮池，PUCK的凹槽对准定位杆（有两根）。将盖子盖上大概在中间位置，不要盖上陀螺。记录好每个位 置对应的PUCK。 （3）关门：按搜索1→按搜索2→人走出来→按关门→按住开闸3秒→开闸灯亮可以走了。 （4）操作演示器：如果是接着别人的机时使用，点击初始化（点击之后会变成另一个名字，再次点击 即可）。鼠标点样品→点Mount→点Center（对焦）多旋转几个角度，确保所要收集数据的旋转角度内晶体 都处于Focus上→点Collect→命名存储数据路径的文件夹、样品编号、设置参数、收集（0＃为单张image 用于测试，1＃为多张image换样品后要点reset）。 A. Energy不要动，distance表示detector与样品的距离，越近收的数据越多但也可能有过多噪音，因此 根据测试分辨率的大小判断用多少距离。Angle表示每拍一次样品旋转的角度，一般为0.5~1°，在 shutterless detector比如18U／19U一般是晶体mosaicity 的一半。Expose 表示每次拍照曝光的时间，可根 据测试时点数判断，点数过多减少曝光时间，曝光时间太长样品更易损坏。如果光很强可以使用衰减
Image表示拍多少张，可以根据空间点群判断，但在样品未损坏的前提下可以尽可能多的拍，一般至少360。B.衍射图点分散会比较好，如果连成线一般表示栾晶，可以选择边沿的位置曝光通过Beamstop看光的强弱，正在收集的数据如果想停止收集可以通过pause和abort停止。关键步骤：一般不要使用衰减，收至少360°，可以一次性把晶体打坏。（5）记录每个晶体x-ray的参数（距离、能量、角度、命名、曝光存储路径等）。（6）换样：点下一个样品一Mount一同步骤4）。(7）最后一个样品收集完成后点dismount一关闸一开门一取出PUCK。但不要关闭可视化软件关键步：遇到空loop死机后，点击两次reset→点击initiate两次。样品收集完毕后不要关闭软件，如果关闭，点击terminal窗口→个键找回Bluelce命令→Enter一→点击Active（Collect页面的下面）。（8）Copy数据至自带的U盘。关键步骤：线站经常会掉光，听到广播掉光后，到上游的控制箱一旋转钥匙到充许一关闸一下游关闸一旋转钥匙到禁止，重新注入光后，允许一上游开闸一下游开闸。附:常见空间群对应的最少收集角度。最优策略下，需要用HKL2000初步处理，根据Strategy计算出来的起始收集角度。总的收集角度一般是下表最少角度的两倍空间群最少收集角度P1360P2180P3120P49060P65.7单晶行射数据收集要点简介（INTRODUCTION）数据收集这一步非常重要。下面是一些需要注意的地方，确保对每一颗晶体，收集到最高质量的数据。1.晶体聚焦：非常重要，需要在0度，90度，180度和360度多角度旋转，确定是否在中间。有的时候晶体环太大，收集过程中的抖动，会移位。收集过程需要监控数据。看看衍射降低，是不是由于晶体移动了。这点非常重要！2.能量：晶体线站一般有推荐最优波长，比如在1埃左右，12.3keV，作为收native晶体衍射数据的默认波长。如果是有重原子的晶体，根据需要调整。比如先扫重原子，再确定不同MDA/SAD波长
Image 表示拍多少张，可以根据空间点群判断，但在样品未损坏的前提下可以尽可能多的拍，一般至少 360。 B. 衍射图点分散会比较好，如果连成线一般表示栾晶，可以选择边沿的位置曝光通过Beam stop看光 的强弱，正在收集的数据如果想停止收集可以通过pause和abort 停止。 关键步骤：一般不要使用衰减，收至少360°，可以一次性把晶体打坏。 （5）记录每个晶体x-ray的参数（距离、能量、角度、命名、曝光存储路径等）。 （6）换样：点下一个样品→Mount→同步骤4）。 （7）最后一个样品收集完成后点dismount→关闸→开门→取出PUCK。但不要关闭可视化软件。 关键步骤： 遇到空loop死机后，点击两次reset→点击initiate两次。 样品收集完毕后不要关闭软件，如果关闭，点击terminal窗口→↑键找回BlueIce命令→Enter→点击 Active（Collect页面的下面）。 （8）Copy 数据至自带的U盘。 关键步骤： 线站经常会掉光，听到广播掉光后，到上游的控制箱→旋转钥匙到允许→关闸→下游关闸→旋转钥匙 到禁止，重新注入光后，允许→上游开闸→下游开闸。 附: 常见空间群对应的最少收集角度。最优策略下，需要用HKL2000初步处理，根据Strategy 计算出来的 起始收集角度。总的收集角度一般是下表最少角度的两倍。 空间群 最少收集角度 P1 360 P2 180 P3 120 P4 90 P6 60 5.7 单晶衍射数据收集要点 简介（INTRODUCTION） 数据收集这一步非常重要。下面是一些需要注意的地方，确保对每一颗晶体，收集到最高质量的数 据。 1. 晶体聚焦：非常重要，需要在0度，90度，180度和360度多角度旋转，确定是否在中间。有的时候 晶体环太大，收集过程中的抖动，会移位。收集过程需要监控数据。看看衍射降低，是不是由于晶体移动 了。这点非常重要！ 2. 能量：晶体线站一般有推荐最优波长，比如在1埃左右，12.3 keV，作为收native晶体衍射数据的默 认波长。如果是有重原子的晶体，根据需要调整。比如先扫重原子，再确定不同MDA/SAD波长
3.光斑大小：光斑不是越大越好，也不是越小越好。一般和晶体差不多大的光斑最好，一般采用50~200微米光斑。光斑大于晶体，容易增加背景。光斑太小，没有把整个晶体利用上，衍射没有到极限。如果晶体太大，比如大于0.5毫米，光斑可以稍小。如果大晶体，且内部不均一，有可能存在晶体的畸形大光斑收集的衍射点模糊，不能用。这种情况可以用较小光斑，比如5~10微米。4.衍射时间和衰减attenuation：需要根据晶体衍射能力和抗辐射能力确定。一般来说，衍射时间越长，衍射越强。又射线能量越强，衍射越强。但是长时间曝光，会增加探测器的背景和晶体衰减。由于晶体的decay是自由基介导的，需要一定时间。因此经验上，用高剂量短时间，比低剂量长时间收到的数据质量更高。因此，直先需要用不是最好的晶体做测试。晶体在收集一整套数据后，观察衍射能力是否明显降低。再选定特定类型晶体能承受的X-射线能量，比如100%或者50%能量。然后确定曝光时间，一般0.2S~2s范围。目前17U线站最强，一般不用衰减的话，采用0.2s至0.5S。19U能量稍弱，采用0.2s至1S5.数据需要收集的角度：也需要根据晶体抗辐射能力和空间群确定。初步处理以后，确定晶体空间群。如果P1，至少收720度；P2至少360度；P3是240度。实际情况是，如果晶体能够承受，时间允许，尽量加倍收。以后处理的时候可以不采用后面的数据。但是万一数据不完整，后悔来不及了。6.每张图的角度：有研究发现fine-slicing有好处。结论是mosaicity的一半最优。因此如果时间充许用较小角度，而不是所有都用1度。19U建议默认0.5度，而17U新检测器非常快，建议用0.1-0.5度。7.数据初步处理：建议收集现场处理数据，这样子可以确定所收集的数据质量。万一发现问题，晶体还在，可以重收。并且现场就把每套数据处理完的分辨率、完整性等数据整理纪录，避免时间长后弄错。空间群和收数据的策略有关。因此初步确定空间群后，可以开始解结构。结构解出来，以能修下去为准自对后面优化收集参数也有指导作用。8.数据纪录备份：所有晶体和数据都需要有详细纪录，回实验室后及时做备份。数据需要全部重新理优化，及时解析结构。根据数据质量和结构解析的情况，确定下一步优化晶体的情况。9.多少晶体，收多少次数据才够？一颗晶体足够解析结构。原则上，一种晶体（或在同一条件长的）每次不多于8个。事先需要优化，得到最好的晶体。长得单晶，三维最大，没有明显瑕。只带最好的晶体去收数据。每种晶体在每次收数据后都要得出一个结论，比如这个条件是否可以，是否需要改进。我们不建议同一个晶体重复收集很多次数据（比如三次）。10.数据处理cutoff：你的数据切到哪？需要综合考虑，比较主观。保守的标准是/=2。激进的标准可以是/g=1。同时需要参考其他标准，比如completenesss85%以上，穴余度redundency>5（至少>3），CC（1/2）>66，Rmerge和Rmeas，不是很重要，可以参考Rpim。11.空间群的决定：根据数据建模，systemicabsence初步确定，能够解出结构并且把结构修好是金标准。5.8XDS预处理行射数据简介（INTRODUCTION）XDS是一个用来处理X-ray晶体衍射图的软件包。包括XDS，它能处理一套数据；XSCALE，用于scaling多套数据；XDSCONV，用于把XDS输出的数据转换成其他格式。同时还有cellparm，2cbfandmerge2cbf.XDS-viewer，后者是一个独立的软件，用于显示衍射图的。更多信息，请参考xdswiki：http://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/Main_Page目前该软件主要还是在linux/unix系统下以命令的形式运行。实验步骤（PROCEDURE）一、使用前安装（以MACOSX为例）：
3. 光斑大小：光斑不是越大越好，也不是越小越好。一般和晶体差不多大的光斑最好，一般采用 50~200微米光斑。光斑大于晶体，容易增加背景。光斑太小，没有把整个晶体利用上，衍射没有到极限。 如果晶体太大，比如大于0.5毫米，光斑可以稍小。如果大晶体，且内部不均一，有可能存在晶体的畸形， 大光斑收集的衍射点模糊，不能用。这种情况可以用较小光斑，比如5~10微米。 4. 衍射时间和衰减attenuation：需要根据晶体衍射能力和抗辐射能力确定。一般来说，衍射时间越 长，衍射越强。X射线能量越强，衍射越强。但是长时间曝光，会增加探测器的背景和晶体衰减。由于晶体 的decay是自由基介导的，需要一定时间。因此经验上，用高剂量短时间，比低剂量长时间收到的数据质量 更高。因此，首先需要用不是最好的晶体做测试。晶体在收集一整套数据后，观察衍射能力是否明显降 低。再选定特定类型晶体能承受的X－射线能量，比如100%或者50%能量。然后确定曝光时间，一般0.2 s~2 s范围。目前17U线站最强，一般不用衰减的话，采用0.2 s至0.5 s。19U能量稍弱，采用0.2 s至1 s。 5. 数据需要收集的角度：也需要根据晶体抗辐射能力和空间群确定。初步处理以后，确定晶体空间 群。如果P1，至少收720度；P2至少360度；P3是240度。实际情况是，如果晶体能够承受，时间允许，尽 量加倍收。以后处理的时候可以不采用后面的数据。但是万一数据不完整，后悔来不及了。 6. 每张图的角度：有研究发现fine-slicing有好处。结论是mosaicity的一半最优。因此如果时间允许， 用较小角度，而不是所有都用1度。19U建议默认0.5度，而17U新检测器非常快，建议用0.1-0.5度。 7. 数据初步处理：建议收集现场处理数据，这样子可以确定所收集的数据质量。万一发现问题，晶体 还在，可以重收。并且现场就把每套数据处理完的分辨率、完整性等数据整理纪录，避免时间长后弄错。 空间群和收数据的策略有关。因此初步确定空间群后，可以开始解结构。结构解出来，以能修下去为准， 且对后面优化收集参数也有指导作用。 8. 数据纪录备份：所有晶体和数据都需要有详细纪录，回实验室后及时做备份。数据需要全部重新理 优化，及时解析结构。根据数据质量和结构解析的情况，确定下一步优化晶体的情况。 9. 多少晶体，收多少次数据才够？一颗晶体足够解析结构。原则上，一种晶体（或在同一条件长的） 每次不多于8个。事先需要优化，得到最好的晶体。长得单晶，三维最大，没有明显瑕疵。只带最好的晶体 去收数据。每种晶体在每次收数据后都要得出一个结论，比如这个条件是否可以，是否需要改进。我们不 建议同一个晶体重复收集很多次数据（比如三次）。 10. 数据处理cutoff：你的数据切到哪？需要综合考虑，比较主观。保守的标准是I/σ=2。激进的标准可 以是I/σ=1。同时需要参考其他标准，比如completenesss 85%以上，冗余度redundency>5（至少>3）， CC（1/2）>66， Rmerge 和Rmeas，不是很重要，可以参考Rpim。 11. 空间群的决定：根据数据建模，systemic absence初步确定，能够解出结构并且把结构修好是金标 准。 5.8 XDS预处理衍射数据 简介（INTRODUCTION） XDS是一个用来处理X-ray晶体衍射图的软件包。包括XDS，它能处理一套数据；XSCALE，用于 scaling多套数据；XDSCONV，用于把XDS输出的数据转换成其他格式。同时还有cellparm, 2cbf and merge2cbf. XDS-viewer，后者是一个独立的软件，用于显示衍射图的。更多信息，请参考xdswiki： http://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/Main_Page 目前该软件主要还是在linux／unix系统下以命令的形式运行。 实验步骤（PROCEDURE） 一、使用前安装（以MAC OSX为例）：
1.把下载的安装包解压，把XDS-OSX_64文件夹移到Applications中。2.打开terminal，输入：echosSHELL，查看自己电脑的shell，一般都是bashshell然后继续输入：open-aTextEdit~/.bashprofile，这时会弹出新的窗口，上面显示的都是隐藏命令。在这个新窗口中另起一行，输入：exportPATH-full_path_name_to/XDS-OSX_64:SPATHexportKMP_STACKSIZE=8m3.在terminal中进入XDS-OSX64文件夹，输入：pwd，会显示该文件夹的路径。将此路径复制粘贴到第四步中的full_path_name_to/XDS-OSX_64，代替它。回车。4.到终端中输入：xds，看是否可以运行。XDS使用一段时间会提醒过期，这时可以到官网http:/xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/htmldoc/XDS.html重新下载安装包，按照以上步骤重新安装即可。二、数据处理时：1.修改XDS.INP的参数！后面一行表示软件跳过去，也就是不执行的命令。请使用适当的文本编辑器，比如linux下nedit或者Mac下TextEdit。2.在存有数据的文件夹里，新建一个xds的目录，然后进入改目录：mkdirxds/cdxds3.把以前的xds文件夹，包括所有输入文件INP文件拷贝过来：Cp*.INPxds4.使用适当的文本编辑器，比如linux下的nedit或者Mac下的TextEdit：NeditXDS.INP/open-aTextEditXDS.INP5.你将会看到如下内容。红色的地方是需要注意或者修改的地方，其他地方一般不用变。6.DETECTOR=PILATUS这是18U/19U的shutterless的detector。它有很多块组成。和17U的不同。如果是在17U收集的数据，请另外打开一个针对17U的XDS.INP文件。下面这些无论在哪里收集，都是一样的JOBCONTROLPARAMETERS!JOB-XYCORRINITCOLSPOTIDXREFDEFPIXXPLANINTEGRATECORRECT!JOB=ALLJOB=DEFPIXINTEGRATECORRECT这一部分是选择任务。第一次选JOB=ALL。确定空间群后，选择下面的JOB=DEFPIXINTEGRATECORRECTGEOMETRICALPARAMETERSIORGX and ORGY are often close to the image center,i.e.ORGX-NX/2,ORGY-NY/2ORGX=1224.0ORGY=1253.5!Detectororigin(pixels).ORGX=NX/2;ORGY=NY/2DETECTOR_DISTANCE=400.0!(mm)ROTATION_AXIS=-1.00.00.0!Optimalchoiceis0.5*mosaicity(REFLECTING_RANGE_E.S.D.=mosaicity)Idegrees（>0）转角OSCILLATION_RANGE=1X-RAY_WAVELENGTH=-0.9785!Angstroem波长INCIDENT_BEAMDIRECTION=0.00.01.0
1. 把下载的安装包解压，把XDS-OSX_64文件夹移到Applications中。 2. 打开terminal，输入：echo $SHELL，查看自己电脑的shell，一般都是bash shell。 然后继续输入：open –a TextEdit ~/.bash_profile，这时会弹出新的窗口，上面显示的都是隐藏命令。在 这个新窗口中另起一行，输入：export PATH=full_path_name_to/XDS-OSX_64:$PATH export KMP_STACKSIZE=8m 3. 在terminal中进入XDS-OSX_64文件夹，输入：pwd，会显示该文件夹的路径。将此路径复制粘贴到 第四步中的full_path_name_to/XDS-OSX_64，代替它。回车。 4. 到终端中输入：xds，看是否可以运行。 XDS 使 用 一 段 时 间 会 提 醒 过 期 ， 这 时 可 以 到 官 网 http://xds.mpimfheidelberg.mpg.de/html_doc/XDS.html 重新下载安装包，按照以上步骤重新安装即可。 二、数据处理时： 1. 修改XDS.INP的参数： ！后面一行表示软件跳过去，也就是不执行的命令。请使用适当的文本编辑器，比如linux 下nedit或者 Mac下TextEdit。 2. 在存有数据的文件夹里，新建一个xds的目录，然后进入改目录：mkdir xds/cd xds 3. 把以前的xds文件夹，包括所有输入文件INP文件拷贝过来：Cp *.INP xds/ 4. 使用适当的文本编辑器，比如linux下的nedit或者Mac下的TextEdit：Nedit XDS.INP / open –a TextEdit XDS.INP 5. 你将会看到如下内容。红色的地方是需要注意或者修改的地方，其他地方一般不用变。 6. DETECTOR=PILATUS这是18U／19U的shutterless的detector。它有很多块组成。和17U的不同。如果 是在17U收集的数据，请另外打开一个针对17U的XDS.INP文件。 下面这些无论在哪里收集，都是一样的。 !====================== JOB CONTROL PARAMETERS !JOB= XYCORR INIT COLSPOT IDXREF DEFPIX XPLAN INTEGRATE CORRECT !JOB=ALL JOB= DEFPIX INTEGRATE CORRECT 这一部分是选择任务。第一次选JOB=ALL。确定空间群后，选择下面的JOB=DEFPIX INTEGRATE CORRECT !====================== GEOMETRICAL PARAMETERS !ORGX and ORGY are often close to the image center, i.e. ORGX=NX/2, ORGY=NY/2 ORGX=1224.0 ORGY=1253.5 !Detector origin (pixels). ORGX=NX/2; ORGY=NY/2 DETECTOR_DISTANCE= 400.0 !(mm) ROTATION_AXIS= -1.0 0.0 0.0 ! Optimal choice is 0.5*mosaicity (REFLECTING_RANGE_E.S.D.= mosaicity) OSCILLATION_RANGE=1 !degrees (>0) 转角 X-RAY_WAVELENGTH=0.9785 !Angstroem 波长 INCIDENT_BEAM_DIRECTION=0.0 0.0 1.0