进而利用DNA芯片技术,除了上述两个探针外,再设计两 个探针,其中央碱基分别为C和「。这4个探针可原位合成或 预合成后显微打印在支持物上。杂交分析同上。如果扩增 产物与中央碱基为C或T的探针杂交,则可清楚地表明该缺 陷基因的新的突变类型为C→G或C→A。 A C 芯片设计 正常 C→T C→T C→G C→A 探针定位 (纯合子)(杂合子) 新突变 新突变 点突变检测荧光亮点模式
进而利用DNA芯片技术,除了上述两个探针外,再设计两 个探针,其中央碱基分别为C和T。这4个探针可原位合成或 预合成后显微打印在支持物上。杂交分析同上。如果扩增 产物与中央碱基为C或T的探针杂交,则可清楚地表明该缺 陷基因的新的突变类型为C→G或C→A。 A T C G 芯片设计 探针定位 (纯合子)(杂合子) 新突变 新突变 正常 C →T C →T C →G C →A 点突变检测荧光亮点模式
②诊断未知的突变 可采用PCR/SSCP/sequencing方法。通过PCR同时扩增待测基因和 野生型对照基因的DNA片段,将扩增的双链DNA变性成单链,用非变性 聚丙烯酰胺凝胶进行电泳分离。待测基因的单链DNA上单个碱基的改变 可导致构象的改变,其电泳迁移率也会发生改变。通过比较这两者的 迁移率,即可判断是否发生基因突变。在SSCP法检测到突变位点存在 的基础上,即可通过DA序列测定得知确切的突变。 DNA芯片技术用于大规模未知突变的筛查,则更显示出该技术的优 越性。筛查n个碱基长度序列的每个碱基的变异,需要4Xn个探针。如 在1.28cm的支持物上原位合成16000个寡核苷酸探针,通过一次杂交 即可快速确定4kb序列内所有的点突变及其部位
可采用PCR/SSCP/sequencing方法。通过PCR同时扩增待测基因和 野生型对照基因的DNA片段,将扩增的双链DNA变性成单链,用非变性 聚丙烯酰胺凝胶进行电泳分离。待测基因的单链DNA上单个碱基的改变 可导致构象的改变,其电泳迁移率也会发生改变。通过比较这两者的 迁移率,即可判断是否发生基因突变。在SSCP法检测到突变位点存在 的基础上,即可通过DNA序列测定得知确切的突变。 ②诊断未知的突变 DNA芯片技术用于大规模未知突变的筛查,则更显示出该技术的优 越性。筛查n个碱基长度序列的每个碱基的变异,需要4×n个探针。如 在1.28cm2的支持物上原位合成16000个寡核苷酸探针,通过一次杂交 即可快速确定4kb序列内所有的点突变及其部位
(2)少数核苷酸缺失或插入的诊断 可以采用检测点 突变的方法。 (3)大片段丢失或插入的诊断 利用DN缺失区域5'和3'端引物进行PCR,通过凝胶电泳观察扩增 DNA片段出现与否以及片段的大小,就可诊断出0.5~1.5 kbDNA片段 的中等程度的缺失。现又发展了多重PC技术,即用多对引物同时进 行PCR,对某一特定基因的不同DA区域进行缺失诊断。 引物1 引物3 致病基因 3' 引物4 引物2
利用DNA缺失区域5'和3'端引物进行PCR,通过凝胶电泳观察扩增 DNA片段出现与否以及片段的大小,就可诊断出0.5~1.5kbDNA片段 的中等程度的缺失。现又发展了多重PCR技术,即用多对引物同时进 行PCR,对某一特定基因的不同DNA区域进行缺失诊断。 (2)少数核苷酸缺失或插入的诊断 可以采用检测点 突变的方法。 (3)大片段丢失或插入的诊断 5′ 3′ 引物1 致病基因 引物2 引物3 引物4
引物1和2:可确定有无缺失及缺失片段的相对大小。引物3 和4:确定缺失部位。引物3和4的设计要通过研究来加以确 定。对于一些较长的基因,设计两端引物(1和2)进行扩增是 不合适的,PCR扩增2kb以上的片段比较困难。在这种情况 下可采用多重PCR的方法。 (4)基因重排(染色体易位)的诊断 利用PCR可以检测基因重排,其前提是已知重排基因和重排 位点的序列。可设计3条PCR引物进行2个PCR反应
引物1和2:可确定有无缺失及缺失片段的相对大小。引物3 和4:确定缺失部位。引物3和4的设计要通过研究来加以确 定。对于一些较长的基因,设计两端引物(1和2)进行扩增是 不合适的,PCR扩增2kb以上的片段比较困难。在这种情况 下可采用多重PCR的方法。 利用PCR可以检测基因重排,其前提是已知重排基因和重排 位点的序列。可设计3条PCR引物进行2个PCR反应。 (4)基因重排(染色体易位)的诊断
引物1引物2 3 引物3 引物1:正常位点的序列; 引物2:重排位点的序列; 引物3:基因内的序列。 引物(1+3)可扩增得到正常基因的PCR产物; 引物(2+3)可扩增得到重排基因的PCR产物。 也可单用引物(2+3)有无产物判断有无重排。但同时用(1+3)和(2+3) 进行PCR反应,互为阴性对照和阳性对照,结果更可靠
5′ 3′ 引物1 引物2 引物3 引物1:正常位点的序列; 引物2:重排位点的序列; 引物3:基因内的序列。 引物(1+3)可扩增得到正常基因的PCR产物; 引物(2+3)可扩增得到重排基因的PCR产物。 也可单用引物(2+3)有无产物判断有无重排。但同时用(1+3)和(2+3) 进行PCR反应,互为阴性对照和阳性对照,结果更可靠