第一节：Linux操作系统 00八一、Linux简介 Linux源于古老的UNIX系统，其最初的版本是1991年Linus在Minix的基 础上开发的。 Liux最基本的优点就是经济，因为Liux的内核是完全免费的，其用户或厂 商能够自行地搭配其他应用程序的特性。 Liux的发行版有很多，根据软件包管理方式的不同可以分为两类： ()使用RPM方式，包括Red Hat、Fedora、SuSE; (2)使用dpkg方式，包括Debian、Ubuntu等。 选择哪一种Liux发行版并没有太大影响。 2
一、Linux简介 第一节：Linux 操作系统 2 Linux 源于古老的 UNIX 系统，其最初的版本是 1991 年 Linus 在 Minix 的基 础上开发的。 Linux 最基本的优点就是经济，因为 Linux 的内核是完全免费的，其用户或厂 商能够自行地搭配其他应用程序的特性。 Linux 的发行版有很多，根据软件包管理方式的不同可以分为两类： （1）使用 RPM 方式，包括 Red Hat、 Fedora、 SuSE； （2）使用 dpkg 方式，包括 Debian、 Ubuntu 等。 选择哪一种 Linux 发行版并没有太大影响
第一节：Linux操作系统 0个队二、Linux常用命令行操作 表13-1 Linux与DOS常用命令比较 Linux命令符 DOS命令符 功能 Linux命令符 DOS命令符 功能 Is dir 显示文件及目录 mv move 移动文件 ed ed 改变当前目录 cp copy 复制文件 mkdi缸 md 新建目录 less type 阅读文件 rmdir rd 删除目录 echo echo 输出字符串 n del 删除文件 su:切换用户 man:命令帮助 help:内置命令帮助 Gzip、BZip2、tar:压缩、打包 vi:文件编辑器 3
二、Linux常用命令行操作 第一节：Linux 操作系统 3 su：切换用户 man：命令帮助 help：内置命令帮助 Gzip、BZip2、tar：压缩、打包 vi：文件编辑器
第一节：Linux操作系统 OO似三、在Linux下使用SAMtools (一)SAMtools的下载与安装 1、先配置好国内镜像源，然后执行apt-get update; 2、下载SAMtools:并解压： wget https://nchc.dI.sourceforge.net/project/samtools/samtools/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2 wget https://nchc.dI.sourceforge.net/project/samtools/samtools/1.3.2/htslib-1.3.2.tar.bz2 tar-ixvf samtools-1.3.1.tar.bz2 tar-jxvf htslib-1.3.2.tar.bz2 (二)SAMtools的编译与运行 1、进入文件夹并编辑配置、编译、试运行、安装： cd samtools-1.3.1 ./configure -enable-plugins -enable-libcurl-with-plugin-path=../htslib-1.3.2 make all /samtools make install
三、在 Linux 下使用 SAMtools 第一节：Linux 操作系统 4 （一） SAMtools 的下载与安装 1、先配置好国内镜像源，然后执行 apt-get update； 2、下载SAMtools并解压： wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/samtools/samtools/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2 wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/samtools/samtools/1.3.2/htslib-1.3.2.tar.bz2 tar-jxvf samtools-1.3.1.tar.bz2 tar-jxvf htslib-1.3.2.tar.bz2 （二） SAMtools 的编译与运行 1、进入文件夹并编辑配置、编译、试运行、安装： cd samtools-1.3.1 ./configure --enable-plugins --enable-libcurl --with-plugin-path＝../htslib-1.3.2 make all ./samtools make install
第一节：inux操作系统 00八 四、使用conda管理软件和安装环境 1.为什么我们需要conda 有必要使用一个工具对不同版本的包和安装环境进行管理，方便切换并减少错误的发生。 2.conda的安装 下载conda: wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 64.sh 依据安装界面提示完成安装： bash Miniconda3-latest-Linux-x86 64.sh 3.conda的使用 conda创建环境：conda create-n env name list of packages 配置一个用于RNA-seq分析的环境，需要安装3.7版本的Python和3.6版本的R: conda create-n RNAseg r-base =3.6 python 3.7 激活RNAseg环境：conda activate RNAseq 退出环境：conda deactivate 在环境配置好后，安装其他软件包：conda install package name 卸载软件包：conda remove package name 5
四、使用conda管理软件和安装环境 第一节：Linux 操作系统 5 1．为什么我们需要conda 有必要使用一个工具对不同版本的包和安装环境进行管理，方便切换并减少错误的发生。 2． conda的安装 下载conda： wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 依据安装界面提示完成安装： bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 3． conda的使用 conda 创建环境：conda create -n env_name list of packages 配置一个用于 RNA-seq 分析的环境，需要安装 3.7 版本的Python 和 3.6 版本的 R ： conda create -n RNAseq r-base ＝ 3.6 python ＝ 3.7 激活RNAseq环境：conda activate RNAseq 退出环境：conda deactivate 在环境配置好后，安装其他软件包：conda install package_name 卸载软件包：conda remove package_name
第一节：Linux操作系统 阶似五、容器化技术介绍 目前最流行的Linux:容器解决方案是Docker,它提供了简单易用的容器使用 接口。 Liux容器不是一个完整的操作系统，而是与系统其他部分隔离开的一系列 进程。运行这些进程所需的所有文件都由另一个镜像提供，对于容器里面 的进程来说，它接触到的各种资源都是虚拟的，从而实现了与底层系统的 隔离。 对于生物信息学来说，Docker3主要有两个用途： ①快速部署生物信息学软件； ②开发生物信息学软件时提供测试环境和打包服务。 Docker CE的安装可以参考官方文档 https://docs.docker.com/engine/install. 6
五、容器化技术介绍 第一节：Linux 操作系统 6 目前最流行的Linux容器解决方案是Docker，它提供了简单易用的容器使用 接口。 Linux容器不是一个完整的操作系统，而是与系统其他部分隔离开的一系列 进程。运行这些进程所需的所有文件都由另一个镜像提供，对于容器里面 的进程来说，它接触到的各种资源都是虚拟的，从而实现了与底层系统的 隔离。 对于生物信息学来说， Docker主要有两个用途： ①快速部署生物信息学软件； ②开发生物信息学软件时提供测试环境和打包服务。 Docker CE 的安装可以参考官方文档 https://docs.docker.com/engine/install