普通高等教育 “十三五”规划教材 Bioinformatics Thi时i 生物信息学 生物信息学 Bioinformatics 司#年，长上 O0队非编码RNA0心 01/29,2019 邵朝纲、陈铭
非编码RNA 01/29, 2019 邵朝纲、陈铭 普通高等教育 “十三五”规划教材 生物信息学 Bioinformatics
Wing Ches'4 Group of Bioinformatics @College of Life Science,Zhejiang University 000八 1.细胞内的RNA类群 RNA Coding Non-coding RNA RNA >200nt mRNA Translation related Short non-coding Long non-coding RNAs RNA CircRNA RNA rRNA tRNA siRNA miRNA piRNA snRNA snoRNA Integenic Intronic LneRNA LneRNA 非编码RNA的分类 I.形状和长短：环状RNA,线性RNA(短非编码RNA和长非编码RNA) 2.细胞内的分布：核仁小RNA,核小RNA,细胞质小RNA,Cajal小体 3.功能和表达特征：看家ncRNA,调节ncRNA,看家和调节ncRNA 2
1.细胞内的RNA类群 Ming Chen’s Group of Bioinformatics @College of Life Science, Zhejiang University 2 1.形状和长短：环状RNA，线性RNA（短非编码RNA和长非编码RNA） 2.细胞内的分布：核仁小RNA，核小RNA，细胞质小RNA，Cajal小体 非编码RNA的分类 3. 功能和表达特征：看家ncRNA, 调节ncRNA, 看家和调节ncRNA
WigChe'4 Group of Bioinformatics @College of Life Science,Zhejiang University 00队 2.非编码RNA的识别 理论预测 实验检测 已知ncRNA提取特征，进行搜索 构建ncRNA的cDNA文库，克隆测序 snoScan,snoGPS,tRNAScan, mirScan,RNAz,RNAmotif等软件 分离纯化ncRNA直接测序 全基因组tiling array芯片技术 3
理论预测 已知ncRNA 提取特征，进行搜索 snoScan, snoGPS, tRNAScan, mirScan, RNAz, RNAmotif等软件 实验检测 构建ncRNA的cDNA文库，克隆测序 分离纯化ncRNA直接测序 全基因组tiling array芯片技术 2. 非编码RNA的识别 Ming Chen’s Group of Bioinformatics @College of Life Science, Zhejiang University 3
Winsg Che'4 Group of Bioinformatics @College of Life Science,Zhejiang University 000八 3.非编码RNA的功能预测 通过互作、共 获得ncRNA相关的一组基 表达、共定位 因和其它互作因子 功能富集 (miRNA等) 收集功能注释数 建立编码非编码 赋予模块内 据和相关性数据 网络，划分功能 模块 ncRNA功能 基于ncRNA序列，预测与其他 RNA或蛋白的结合 根据已知因子，推测ncRNA功能 相关预测平台：noncode,ChIPBase,starBase,LncRNADisease, DIANA-LncBase等 4
3.非编码RNA的功能预测 Ming Chen’s Group of Bioinformatics @College of Life Science, Zhejiang University 4 通过互作、共 表达、共定位 获得ncRNA相关的一组基 因和其它互作因子 （miRNA等） 功能富集 收集功能注释数 据和相关性数据 建立编码-非编码 网络，划分功能 模块 赋予模块内 ncRNA 功能 基于ncRNA序列，预测与其他 RNA或蛋白的结合 根据已知因子，推测ncRNA功能 相关预测平台：noncode, ChIPBase, starBase, LncRNADisease, DIANA-LncBase等
WigChe'4 Group of Bioinformatics @College of Life Science,Zhejiang University 00 、4.非编码RNA的编码潜能 IncRNA circRNA 2015年，发现骨骼肌特异表达IncRNA 编码46氨基酸的微肽(MLN) Circ-ZNF609编码蛋白，参与肌肉发生 2016年，发现另LncRNA,编码微肽 果蝇大脑中也发现大量circRNA:编码 DWORF,可增强ATP酶SERCA?活性。 蛋白质或多肽 1.常规ORF预测方法和标准实验方法容易忽略小于100氨基酸的微肽 2.核糖体测序(Ribo-seq)技术发现越来越多的ncRNA具有编码潜力 3.mRNA与ncRNA.界限变得模糊，可能需要重新定义。 5
lncRNA 2015年，发现骨骼肌特异表达lncRNA 编码46氨基酸的微肽（MLN） 2016年，发现另LncRNA ,编码微肽 DWORF,可增强ATP酶SERCA活性。 circRNA Circ-ZNF609编码蛋白，参与肌肉发生 果蝇大脑中也发现大量circRNA编码 蛋白质或多肽 4.非编码RNA的编码潜能 Ming Chen’s Group of Bioinformatics @College of Life Science, Zhejiang University 5 1. 常规ORF预测方法和标准实验方法容易忽略小于100氨基酸的微肽 2. 核糖体测序（Ribo-seq）技术发现越来越多的ncRNA具有编码潜力 3. mRNA与ncRNA界限变得模糊，可能需要重新定义