课程学习笔记 之 《生物信息学》第二版 (陈铭科学出版社) 普通高等教育“十二五”规划教材 BIOINFORMATICS 生物信息学 第三版 陈铭⊙主编 男科举÷祛 第一版 (如有改进或者建议，请发到邮箱bixiaan@hnu.edu.cn) 2019年12月8日
课程学习笔记 之 《生物信息学》第二版 （陈铭 科学出版社） 第一版 （如有改进或者建议，请发到邮箱 bixiaan@hnu.edu.cn） 2019 年 12 月 8 日
目录 第一章生物信息学的概念及其发展历史6 第一节生物信息学的发展历史 .6 第二节生物信息学的研究领域 第三节生物信息学的主要应用 .14 第四节生物信息学面临的挑战 .24 第二章生物学数据库及其检索 24 第一节生物学数据库简介 .24 第二节生物学数据库的内容与结构 25 第三节生物学数据库的检索. 27 第三章序列比对原理 33 第一节序列比对相关概念 33 第二节序列比对打分方法 .35 第三节序列比对算法 38 第四节序列比对工具 .39 第五节多序列比对 39 第四章蛋白质结构预测与分析 40 第一节蛋白质结构组织层次 40 第二节蛋白质的测定与理论预测. 47 第三节蛋白质对接 49 第五章真核生物基因组的注释… 53 第一节蛋白质编码基因的注释 .53
目 录 第一章 生物信息学的概念及其发展历史................................................6 第一节 生物信息学的发展历史............................................................6 第二节 生物信息学的研究领域............................................................8 第三节 生物信息学的主要应用..........................................................14 第四节 生物信息学面临的挑战..........................................................24 第二章 生物学数据库及其检索 ............................................................. 24 第一节 生物学数据库简介...................................................................24 第二节 生物学数据库的内容与结构.................................................25 第三节 生物学数据库的检索...............................................................27 第三章 序列比对原理.............................................................................. 33 第一节 序列比对相关概念...................................................................33 第二节 序列比对打分方法...................................................................35 第三节 序列比对算法............................................................................38 第四节 序列比对工具............................................................................39 第五节 多序列比对.................................................................................39 第四章 蛋白质结构预测与分析 ............................................................. 40 第一节 蛋白质结构组织层次...............................................................40 第二节 蛋白质的测定与理论预测......................................................47 第三节 蛋白质对接.................................................................................49 第五章 真核生物基因组的注释 ............................................................. 53 第一节 蛋白质编码基因的注释..........................................................53
第二节RNA基因的注释 57 第三节重复序列的注释. 58 第四节假基因的注释 59 第五节案例分析：黄瓜基因组的注释 .59 第六章蛋白质组学. 61 第一节蛋白质组学概述， 62 第二节蛋白质的大规模分离鉴定技术 64 第三节蛋白质的翻译后修饰！ 69 第四节蛋白质分选 69 第五节蛋白质相互作用.… 71 第七章系统生物学 72 第一节系统生物学基本概念 72 第二节系统生物学基本技术与方法 .72 第三节先进的成像技术 73 第四节基因表达调控网络 .73 第五节代谢网络 74 第六节信号传导途径 75 第七节蛋白质-蛋白质相互作用网络 .76 第八节虚拟细胞… 76 第八章合成生物学.… 76 第一节合成生物学概述… .76 第二节合成生物学基础研究经典实例 78
第二节 RNA 基因的注释......................................................................57 第三节 重复序列的注释........................................................................58 第四节 假基因的注释............................................................................59 第五节 案例分析：黄瓜基因组的注释.............................................59 第六章 蛋白质组学.................................................................................. 61 第一节 蛋白质组学概述........................................................................62 第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术.............................................64 第三节 蛋白质的翻译后修饰...............................................................69 第四节 蛋白质分选.................................................................................69 第五节 蛋白质相互作用........................................................................71 第七章 系统生物学.................................................................................. 72 第一节 系统生物学基本概念...............................................................72 第二节 系统生物学基本技术与方法.................................................72 第三节 先进的成像技术........................................................................73 第四节 基因表达调控网络...................................................................73 第五节 代谢网络.....................................................................................74 第六节 信号传导途径............................................................................75 第七节 蛋白质-蛋白质相互作用网络...............................................76 第八节 虚拟细胞.....................................................................................76 第八章 合成生物学.................................................................................. 76 第一节 合成生物学概述........................................................................76 第二节 合成生物学基础研究经典实例.............................................78
第三节合成生物学应用研究经典实例… 80 第九章分子进化与系统发育 80 第一节分子进化与系统发育… 80 第二节分子系统发育树的构建方法 81 第三节系统发育树构建及应用 81 第十章统计学习与推理… 81 第一节统计学习与推理基础 81 第二节统计模型与参数推断 .81 第三节聚类分析、主成分分析与Fisher判别 .82 第四节贝叶斯推理 82 第五节隐马尔科夫模型 82 第六节动态神经网络… 82 第七节支持向量机， .82 第八节MATLAB的应用实例 82 第十一章生物信息学编程基础… 82 第一节Linux操作系统 82 第二节生物信息学中的编程语言 82 第三节SQL及数据库编程 .82 第四节并行计算… 82 第十二章第二代测序技术及其应用 83 第一节测序技术概述 83 第二节第二代测序原理 .85
第三节 合成生物学应用研究经典实例.............................................80 第九章 分子进化与系统发育.................................................................. 80 第一节 分子进化与系统发育...............................................................80 第二节 分子系统发育树的构建方法.................................................81 第三节 系统发育树构建及应用..........................................................81 第十章 统计学习与推理.......................................................................... 81 第一节 统计学习与推理基础...............................................................81 第二节 统计模型与参数推断...............................................................81 第三节 聚类分析、主成分分析与 Fisher 判别 ..............................82 第四节 贝叶斯推理.................................................................................82 第五节 隐马尔科夫模型........................................................................82 第六节 动态神经网络............................................................................82 第七节 支持向量机.................................................................................82 第八节 MATLAB 的应用实例..............................................................82 第十一章 生物信息学编程基础 ............................................................. 82 第一节 Linux 操作系统.........................................................................82 第二节 生物信息学中的编程语言......................................................82 第三节 SQL 及数据库编程...................................................................82 第四节 并行计算.....................................................................................82 第十二章 第二代测序技术及其应用..................................................... 83 第一节 测序技术概述............................................................................83 第二节 第二代测序原理........................................................................85
第三节第二代测序技术的应用… 86 第四节生物信息学在第二代测序中的应用 87
第三节 第二代测序技术的应用..........................................................86 第四节 生物信息学在第二代测序中的应用....................................87