生物信息岸 普通高等教育 “十二五”规划教材 生物信息学 Bioinformatics 第二章生物学数据库及其检索
普通高等教育 “十二五”规划教材 生物信息学 Bioinformatics 第二章 生物学数据库及其检索
第一节生物数据库简介 。什么是数据库 冬数据库类型 。生物学数据库 ÷重要的生物信息站点
第一节 生物数据库简介 ❖ 什么是数据库 ❖ 数据库类型 ❖ 生物学数据库 ❖ 重要的生物信息站点
一、什么是数据库 g数据库(database)是一类用于存储和管理数据的 计算机文档，是统一管理的相关数据的集合。其存 储形式有利于数据信息的检索与调用。数据库开发 的主要任务就是将数据以结构化记录的形式进行组 织以便于信息的检索。数据库的每一条记录 (record),也可以叫做条目(entry),则包含了 多个描述某一类的数据特性或属性的字段(field),比 如基因名，来源物种，序列的创建日期等，这也是 数据结构化的基础：而值(vaue)则是指每个记录 中某个字段的具体内容
一、什么是数据库 ❖ 数据库（database）是一类用于存储和管理数据的 计算机文档，是统一管理的相关数据的集合。其存 储形式有利于数据信息的检索与调用。数据库开发 的主要任务就是将数据以结构化记录的形式进行组 织以便于信息的检索。数据库的每一条记录 （record），也可以叫做条目（entry），则包含了 多个描述某一类的数据特性或属性的字段(field)，比 如基因名，来源物种，序列的创建日期等，这也是 数据结构化的基础；而值（value）则是指每个记录 中某个字段的具体内容
二、数据库的类型 到目前为止，生物学数据库使用了4种不同的 数据库结构类型：平面文件、关系型数据库、 面向对象数据库和基于Internet平台的XML
二、数据库的类型 ❖ 到目前为止，生物学数据库使用了4种不同的 数据库结构类型：平面文件、关系型数据库、 面向对象数据库和基于Internet平台的XML
三、生物学数据库 ÷根据存放数据类型的不同，可以分为序列（如 GenBank,SWISSPROT等)、（三维）结构（如 PDB)、文献（如NCBI的PubMed)、序列特征 (如PROSITE,Pam等)、基因组图谱（如 MapViewer,Ensembl等)、表达谱等多种数据库， 每一种还可以进行更细致层次的划分。而根据数据 库存储的具体内容则还可以分为一级数据库和二级 数据库(primary and secondary databases)以及 用户针对性更强的专用数据库(specialized databases)
三、生物学数据库 ❖ 根据存放数据类型的不同，可以分为序列（如 GenBank， SWISSPROT等）、（三维）结构（如 PDB）、文献（如NCBI的PubMed）、序列特征 （如PROSITE， Pfam等）、基因组图谱（如 MapViewer, Ensembl等）、表达谱等多种数据库， 每一种还可以进行更细致层次的划分。而根据数据 库存储的具体内容则还可以分为一级数据库和二级 数据库（primary and secondary databases）以及 用户针对性更强的专用数据库（specialized databases）