第一节：非编码RNA概述 00M八 非编码RNA的特征 RNA Coding Non-coding RNA RNA >200nt mRNA Translation related Short non-coding CircRNA Long non-coding RNAs RNA RNA rRNA tRNA siRNA miRNA piRNA snRNA snoRNA Integenic Intronic LncRNA LneRNA 非编码RNA的分类 1.形状和长短：环状RNA,线性RNA(短非编码RNA和长非编码RNA) 2.细胞内的分布：核仁小RNA,核小RNA,细胞质小RNA,Cajal/小体 3.功能和表达特征：看家ncRNA,调节ncRNA,看家和调节ncRNA 2
非编码RNA的特征 第一节：非编码RNA概述 2 1.形状和长短：环状RNA，线性RNA（短非编码RNA和长非编码RNA） 2.细胞内的分布：核仁小RNA，核小RNA，细胞质小RNA，Cajal小体 非编码RNA的分类 3. 功能和表达特征：看家ncRNA, 调节ncRNA, 看家和调节ncRNA
第一节：非编码RNA概述 00M以 非编码RNA的识别 理论预测 实验检测 已知ncRNA提取特征，进行搜索 构建ncRNA的cDNA文库，克隆测序 snoScan,snoGPS,tRNAScan, mirScan,RNAz,RNAmotif等软件 分离纯化ncRNA直接测序 全基因组tiling array芯片技术 3
非编码RNA的识别 第一节：非编码RNA概述 3 理论预测 已知ncRNA 提取特征，进行搜索 snoScan, snoGPS, tRNAScan, mirScan, RNAz, RNAmotif等软件 实验检测 构建ncRNA的cDNA文库，克隆测序 分离纯化ncRNA直接测序 全基因组tiling array芯片技术
第一节：非编码RNA概述 000 、非编码RNA的功能预测 通过互作、共 获得ncRNA相关的一组基 表达、共定位 因和其它互作因子 功能富集 (miRNA等) 收集功能注释数 建立编码-非编码 赋予模块内 据和相关性数据 网络，划分功能 模块 ncRNA功能 基于ncRNA序列，预测与其他 RNA或蛋白的结合 根据已知因子，推测ncRNA功能 相关预测平台：noncode,.ChlPBase,starBase,LncRNADisease,DIANA- LncBase等
非编码RNA的功能预测 第一节：非编码RNA概述 4 通过互作、共 表达、共定位 获得ncRNA相关的一组基 因和其它互作因子 （miRNA等） 功能富集 收集功能注释数 据和相关性数据 建立编码-非编码 网络，划分功能 模块 赋予模块内 ncRNA 功能 基于ncRNA 序列，预测与其他 RNA或蛋白的结合 根据已知因子，推测ncRNA 功能 相关预测平台：noncode, ChIPBase, starBase, LncRNADisease, DIANALncBase等
第一节：非编码RNA概述 000 、非编码RNA的编码潜能 IncRNA circRNA 2015年，发现骨骼肌特异表达IncRNA 编码46氨基酸的微肽(MLN) circ-ZNF609编码蛋白，参与肌肉发生 2016年，发现另LncRNA,编码微肽 果蝇大脑中也发现大量circRNA编码 DWORF,可增强ATP酶SERCA活性。 蛋白质或多肽 1.常规0RF预测方法和标准实验方法容易忽略小于100氨基酸的微肽 2.核糖体测序(Ribo-seq)技术发现越来越多的ncRNA具有编码潜力 3.mRNA与ncRNA界限变得模糊，可能需要重新定义。 5
非编码RNA的编码潜能 第一节：非编码RNA概述 5 lncRNA 2015年，发现骨骼肌特异表达lncRNA 编码46氨基酸的微肽（MLN） 2016年，发现另LncRNA ,编码微肽 DWORF,可增强ATP酶SERCA活性。 circRNA Circ-ZNF609编码蛋白，参与肌肉发生 果蝇大脑中也发现大量circRNA编码 蛋白质或多肽 1. 常规ORF预测方法和标准实验方法容易忽略小于100氨基酸的微肽 2. 核糖体测序（Ribo-seq）技术发现越来越多的ncRNA具有编码潜力 3. mRNA与ncRNA界限变得模糊，可能需要重新定义
第一节：非编码RNA概述 000 、非编码RNA的注释 eax P·NONCODE n★o 文件万骗稻（日喜石M数藏夹A)工且而帮助H用 ONCODE Brewse DB Search Fnuctioa Disease Comseryatine Gesome NETWATCH ID comvetsson ILneRNA Dewnload Shhm里AO Stience NONCODE(current version v5C)is an integrated knowledge database dedicated to non coding News RNAs (excluding tRNAs and rRNAs)Now,there are 17 species in NONCODE(human,mouse,cow, rat,chickcen,fruitfly,zebrafish,celegans yeast)M 6p2017 0GOEm城e时a NONCODEVS NONCDDE2016 wrtnite tp/ww.bibint向erg/NONCODE70i日 Searth a gene/traeeript eg NONHSAG0001482 6A02017 NONCOOE has benn maintained for himp to section for this geneftranscript several dsys. 23Dt7016 ew Speciespigs added to NONCODE 3102015 飞175%* 50·”d 1.NONCODE数据库：http:lwww.noncode.orgl 2.17个物种ncRNA信息 （人、小鼠、牛、大鼠、鸡、果蝇、斑马鱼、线 虫、酵母、拟南芥、黑猩猩等) 3. ncRNA定位、序列、表达谱、外泌体表达谱、保守信息、功能预测、 疾病关联、RNA结构，以及Blast分析和LncRNA鉴定 6
非编码RNA的注释 第一节：非编码RNA概述 6 1. NONCODE数据库：http://www.noncode.org/ 2. 17个物种ncRNA信息（人、小鼠、牛、大鼠、鸡、果蝇、斑马鱼、线 虫、酵母、拟南芥、黑猩猩等） 3. ncRNA 定位、序列、表达谱、外泌体表达谱、保守信息、功能预测、 疾病关联、RNA结构，以及Blast分析和LncRNA鉴定