第二节：生物信息学中的编程语言 00-、Perl 1、Perl简介 The Perl Programming Language www.perl.org HOME LEARN DOCUMENTATION CPAN COMMUNITY GET INVOLVED DOWNLOAD ABOUT PERL Current Perl version Flexible Powerful 5.18.1-download now That's why we love Perl 5 Find out more Leam Get started DOWNLOAD PERL Documentation Community Perl 5 is a highly capable,feature-rich programming language with over 25 years Events of development.More about why we love Perl... Tip Database interfaces Learning Perl 5 The Perl Community DBIx:Class provides With free online books,over 25,000 Perl has an active world wide an Object Relational extension modules,and a large community with over 300 local Mapper (ORM)to developer community,there are groups,mailing lists and databases (e.g.Oracle, many ways to leam Perl 5. support/discussion websites SQL Server,MySQL, Postgress,Access etc) Documentation Contribute to Perl Sponsor Core documentation,FAQs and Perl is being actively developed. translations. There are many ways to get involved. phyber
一、Perl 第二节：生物信息学中的编程语言 7 1、Perl简介
第二节：生物信息学中的编程语言 O0\-、Perl 2、Perl基础 数据类型： 字符串($string)、数组(@aray)、哈希表(%hash) 正则表达式： 表13-2字符串比较运算符 m// 运算符 返回值 左边和右边相等，则返回真 ne 左边和右边不相等，则返回真 子程序： cmp 左边小于、等于、大于右边，分别返回一1,0,1 Sub SUBNAME t 左边小于右边，则返回真 gt 左边大于右边，则返回真 le 左边小于或等于右边，则返回真 code; ge 左边大于或等于右边，则返回真 8
一、Perl 第二节：生物信息学中的编程语言 8 2、Perl基础 数据类型： 字符串($string)、数组(@array)、哈希表(%hash) 正则表达式： m//； 子程序： Sub SUBNAME { code; }
第二节：生物信息学中的编程语言 00八一、Perl 2、Perl基础 创建包及包函数： Package package1 sub subroutine1 sub subroutine2 调用包： require'/path/package1.pl';package1:subroutine1(; 内置函数： abs、sqrt、exp 文件处理： open(FH,"path../filename"); 模块： LWP:Simple LWP::UserAgent DBI 9
一、Perl 第二节：生物信息学中的编程语言 9 2、Perl基础 创建包及包函数： Package package1；sub subroutine1；sub subroutine2； 调用包： require'/path/package1. pl’；package1::subroutine1()； 内置函数： abs、sqrt、exp 文件处理： open(FH,”path../filename”); 模块： LWP::Simple LWP::UserAgent DBI
第二节：生物信息学中的编程语言 表13-3 BioPerl模块说明 00八一、Perl 应用 模块 1.序列操作 3、BioPerli概况 对序列进行统计 SeqStats.SeqWord 确定限制性内切核酸酶位点 Bio::Restriction 识别氨基酸裂解位点 Sigcleave 多样性序列功能 OddCodes.SeqPattern BioPerl是Perl的扩充， 转换坐标系 Coordinate::Pair,RelSegment 专门用于生物信息 2.搜索相似序列 的工具与函数集。 运行远程BLAST using RemoteBlast.pm 分析BLAST和FASTA结果 Search.SearchIO 分析BLAST结果 BPlite.BPpsilite,and BPbl2seq BioPerl在生物信息学 分析团M结果 HMMER:Results,SearchIO 的使用加速了生物 运行本地BLAST StandAloneBlast 3.序列比对 SimpleAlign 信息学、基因组学 4在基因组DNA寻找基因和其他结构 Genscan.Sim4.Grail,Genemark.ESTScan,MZEF,EPCR 及其他生命科学研 5.开发机器可读性的序列注释 究的发展。 表征序列注释 SeqFeature.RichSeq.Location 表征序列注释 Annotation::Collection 表示大的序列 LargeSeq 表示改变的序列 LiveSeq 表示相关联的序列一突变体，多态性 Allele,SeqDiff 在序列注释中加人特征数据 SeqWithQualiry 序列如红表征—生成和分析 SegIO:game.SegIO::bsml 使用GFF表示序列 Bio:DB:GFF 0
一、Perl 第二节：生物信息学中的编程语言 1 0 3、BioPerl概况 BioPerl是Perl的扩充， 专门用于生物信息 的工具与函数集。 BioPerl在生物信息学 的使用加速了生物 信息学、基因组学 及其他生命科学研 究的发展
第二节：生物信息学中的编程语言 00八一、Pel 3、BioPerl概况 BioPerl继承了Perl强大的正则表示式比对和字符串操作能力。 BioPerl继承了Perl能容错的特点。 续表 应用 模块 6.操作序列簇 Cluster.ClusterIO 7.在BioPe中表示非序列数据：结构。树和图谱 使用3D结构对象并读取PDB文件 Structurel,Structure::IO 树对象和系统发生树 Tree::Tree,TreelO.PAML 图谱对象操作遗传图谱 Map:MapI,MapIO 文献对象搜索文献数据库 Biblio 图形对象以图形代表序列对象 Graphics 1
一、Perl 第二节：生物信息学中的编程语言 1 1 3、BioPerl概况 BioPerl 继承了 Perl 强大的正则表示式比对和字符串操作能力。 BioPerl 继承了 Perl 能容错的特点