复杂网络的社团结构分析 Community structure in complex networks 章祥荪 http://zhangroup.aporc.org 中国科学院数学与系统科学研究院 全国复杂网络会议,苏州大学,2010,10,17
1 章祥荪 复杂网络的社团结构分析 Community structure in complex networks http://zhangroup.aporc.org 中国科学院 数学与系统科学研究院 全国复杂网络会议，苏州大学，2010，10, 17
Bio-molecular networks(生物分子网) 许多生物问题,特别是人类的疾病,在分子层面 上都可归于“ "systems problems'”- Leroy hood 许多生物问题可以表达成生物分子网络(bio molecular networks)的问题。 生物分子网络包括:蛋白质相互作用网( protein interaction networks),新陈代谢网( metabolic networks),基因调控网( gene regulatory networks),et;他们都有共同的性质 更为有趣的是,许多这样的网是“复杂”网络
Bio-molecular networks （生物分子网） 许多生物问题, 特别是人类的疾病, 在分子层面 上都可归于 “systems problems” -- Leroy Hood 许多生物问题可以表达成生物分子网络（biomolecular networks）的问题。 生物分子网络包括：蛋白质相互作用网（ protein interaction networks）, 新陈代谢网（metabolic networks），基因调控网（ gene regulatory networks）, e.t.; 他们都有共同的性质 更为有趣的是，许多这样的网是“复杂”网络 2
复杂网络的典型代表生物分子网络之 蛋白 质相互作用网( Scale-free) 酵母细胞中的蛋白质相互作用网络(A.L. Barabasi, NATURE REVIEWS GENETICS, 2004)
3 复杂网络的典型代表:生物分子网络之一 ---- 蛋白 质相互作用网 （Scale-free) 酵母细胞中的蛋白质相互作用网络 (A.-L. Barabási, NATURE REVIEWS GENETICS, 2004)
Jeong, 2000, Nature 包括太古代( Archae),细菌( Bacterium), 真核生物( Eukaryote)在内的43个物种的新 陈代谢网( Metabolic network)都是 Scale reel 的
Jeong, 2000, Nature 包括太古代（Archae），细菌（ Becterium), 真核生物（Eukaryote）在内的43个物种的新 陈代谢网（ Metabolic network ）都是 Scalefree的。 4
Protein-protein interaction networks Rui-Sheng Wang, Yong Wang, Ling-Yun Wu, Xiang-Sun Zhang, Luonan Chen Analysis on multi-domain cooperation for predicting protein-protein interaction: BMC Bioinformatics.8: 391.2007 Shihua Zhang, Xue-Mei Ning and Xiang-Sun Zhang Identification of functional modules in a PPI network by clique percolation clustering Computational biology and chemistry, 30(6),445-451, 2006 Luonan Chen, Ling-Yun Wu, Yong Wang and Xiang-Sun Zhang Inferring Protein Interactions from Experimental Data by Association Probabilistic Method Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Vol. 62, Pp. 833-837, 2006 Xiang-Sun Zhang, Rui-Sheng Wang, Ling-Yun Wu, Shihua Zhang and Luonan Chen Inferring Protein-Protein Interactions by Combinatorial Models IFMBE Proceedings, Vol 14, 2006, 183-186, Springer Berlin Heidelberg
Protein-protein interaction networks Rui-Sheng Wang, Yong Wang, Ling-Yun Wu, Xiang-Sun Zhang, Luonan Chen. Analysis on multi-domain cooperation for predicting protein-protein interactions. BMC Bioinformatics, 8:391, 2007 Shihua Zhang, Xue-Mei Ning and Xiang-Sun Zhang. Identification of functional modules in a PPI network by clique percolation clustering. Computational biology and chemistry, 30(6), 445-451, 2006. Luonan Chen, Ling-Yun Wu, Yong Wang and Xiang-Sun Zhang. Inferring Protein Interactions from Experimental Data by Association Probabilistic Method. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Vol. 62, pp. 833-837, 2006. Xiang-Sun Zhang, Rui-Sheng Wang, Ling-Yun Wu, Shihua Zhang and Luonan Chen. Inferring Protein-Protein Interactions by Combinatorial Models. IFMBE Proceedings, Vol.14, 2006, 183--186, Springer Berlin Heidelberg. 5