第二节：分子系统发育树的构建方法 价队一、基于距离的系统发育树构建方法 设有4段序列，分别为A:TAGG;B:TACG:C:AAGC:D:AGCC。利用UPGMA方法构建 系统发育树。 A B C B 1 C 2 3 D 4 3 2 2
一、基于距离的系统发育树构建方法 第二节：分子系统发育树的构建方法 1 2
第二节：分子系统发育树的构建方法 0似一、基于距离的系统发育树构建方法 A B C B 1 b=1/2=0.5 集合到c: （2+3)/2=2.5 C 2 3 集合到D:（4+3)/2=3.5 D 4 3 2 所以c和D之间最短 b=2/2=1 AB C AB,CD的距离（3.5+2.5)/2=3 C 2.5 b=3/2=1.5 D 3.5 2 B 1.5 1.0 0.5 0.0 图93利用UPGMA发方法构建的系统发育树 3
一、基于距离的系统发育树构建方法 第二节：分子系统发育树的构建方法 1 3 b=1/2=0.5 集合到c：（2+3）/2=2.5 集合到D：（4+3）/2=3.5 所以C和D之间最短 b=2/2=1 AB,CD的距离（ 3.5+2.5）/2=3 b=3/2=1.5
第二节：分子系统发育树的构建方法 例队一、基于距离的系统发育树构建方法 二)最小二乘法 将成对距离的矩阵作为给定数据。通过匹配那些尽可能近的距离估 计树的枝长，对给定的和预测的距离差数的平方和最小化 R,-∑∑(d,-e,)2=min R,=∑∑m,d,-e) 4
一、基于距离的系统发育树构建方法 第二节：分子系统发育树的构建方法 1 4 二）最小二乘法 将成对距离的矩阵作为给定数据。通过匹配那些尽可能近的距离估 计树的枝长，对给定的和预测的距离差数的平方和最小化
第二节：分子系统发育树的构建方法 00八一、 基于距离的系统发育树构建方法 表9-1 Brown等所测线粒体DNA序列的成对距离 人 黑猩猩 大猩猩 黑猩猩 0.0965 大猩猩 0.1140 0.1180 猩猩 0.1849 0.2009 0.1947 人 大猩猩 1s to 黑猩猩 1猩猩 5
一、基于距离的系统发育树构建方法 第二节：分子系统发育树的构建方法 1 5
第二节：分子系统发育树的构建方法 例八一、基于距离的系统发育树构建方法 在这棵树上，人与黑猩猩之间的预测距离为十2， 人与大猩猩之间的预测距离为t十。十，依此类推。 则距离的残差平方和为 R,=∑∑(d,-e,2 =1≠ =(d2-g)2+(d,-e2+(d4e)2 +(de)2+(de42+(d4e)月 d已知，则R是五个未知枝长to,t,t2,t 3,t4的函 数，通过最小二乘法拟合，则最小的R。其 to=0.008840,t1=0.0043266,t2=0.053280 t3=0.0058908,t4=0.135795R,=0.0003547 6
一、基于距离的系统发育树构建方法 第二节：分子系统发育树的构建方法 1 6 dij已知，则Rs是五个未知枝长t0，t1，t2，t3，t4的函 数，通过最小二乘法拟合，则最小的Rs。其 t0=0.008840，t1=0.0043266，t2=0.053280， t3=0.0058908，t4=0.135795 Rs=0.0003547