第一节：分子进化与系统发育 0八二、分子系统发育分析的基本概念 (三)物种树和基因/蛋白树 基于单个同源基因差异构建的系统发生树 真核生物域 细随域 古生菌域 动物 真菌 植物 其他细菌 蓝细菌 嗜泉古细菌 朊细菌 广域古细菌 类 生叶绿体的细菌 纤毛虫 其他单细胞 线粒体的细 真核生物 初生古生菊 超嗜热细菌 共同祖先 图9-2生命系统树
二、分子系统发育分析的基本概念 第一节：分子进化与系统发育 7 （三）物种树和基因/蛋白树 基于单个同源基因差异构建的系统发生树
第二节：分子系统发育树的构建方法 0似分子系统发育树的构建方法 利用生物大分子数据重建系统进化树，目前最常用的有4种方法 距离法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法。 最大简约法主要适用于序列相似性很高的情况； 距离法在序列具有比较高的相似性时适用； 最大似然法和贝叶斯法可用于任何相关的数据序列集合。 从计算速度来看，距离法的计算速度最快，其次是最大简约法和贝 叶斯方法，然后是最大似然法。 8
分子系统发育树的构建方法 第二节：分子系统发育树的构建方法 8 利用生物大分子数据重建系统进化树，目前最常用的有4种方法 距离法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法。 最大简约法主要适用于序列相似性很高的情况； 距离法在序列具有比较高的相似性时适用； 最大似然法和贝叶斯法可用于任何相关的数据序列集合。 从计算速度来看，距离法的计算速度最快，其次是最大简约法和贝 叶斯方法，然后是最大似然法
第二节：分子系统发育树的构建方法 例心一、基于距离的系统发育树构建方法 (一)非加权分组平均法 UPGMA主要适用于在基因替代速率恒定时，尤其是用基因频率数据 来构建分子系统发育树时。所有分支突变率相等的假设上 算注 序列1 序列2 序列3 序列4 序列2 di2 序列3 d13 d23 序列4 d14 d24 d34 序列5 d15 d2s d35 d45 假设d12在所有距离最小， 1和2聚合形成距离b=d2/2的一个分支点 1和2成为复合序列1.1和另一个序列k的距离是d1k=(d1k+d2w)/2 9
一、基于距离的系统发育树构建方法 第二节：分子系统发育树的构建方法 9 （一）非加权分组平均法 UPGMA主要适用于在基因替代速率恒定时，尤其是用基因频率数据 来构建分子系统发育树时。所有分支突变率相等的假设上 算法 假设d12在所有距离最小， 1和2聚合形成距离b=d12/2的一个分支点 1和2成为复合序列l。l和另一个序列k的距离是dlk=（d1k+d2k）/2
第二节：分子系统发育树的构建方法 例队一、基于距离的系统发育树构建方法 集合1 序列3 序列4 序列3 dis 序列4 di d23 序列5 dis d35 d45 假设d3在上一个距离矩阵最小， b=d13/2的一个分支点。新集合和另一个序列k的距离是d1k(d1k+d2+dk)/3 集合m 序列4 序列4 dmA 序列5 dm5 d45 假设d4为以上3个距离最小，m和4产生新集合 b=d4/2的一个分支点。序列5最后并入进化树 b=d15+d25+d35+d45）/(4*2) 1 0
一、基于距离的系统发育树构建方法 第二节：分子系统发育树的构建方法 1 0 假设dl3在上一个距离矩阵最小， b=dl3/2的一个分支点。新集合和另一个序列k的距离是dlk=（d1k+d2k+d3k）/3 假设dm4为以上3个距离最小，m和4产生新集合 b=dm4/2的一个分支点。序列5最后并入进化树 b=d15+d25+d35+d45）/（4*2）
第二节：分子系统发育树的构建方法 0心一、基于距离的系统发育树构建方法 集合L 序列3 序列3 di 集合m dim d3m d13不是最小，d4s才是，4和5成为新集合，则b4s/2,新的矩阵如图，dm (d35+d4s)/2 d1m（d14+d15+d24+d25)/4 1 1
一、基于距离的系统发育树构建方法 第二节：分子系统发育树的构建方法 1 1 dl3不是最小，d45才是，4和5成为新集合，则b45/2，新的矩阵如图，d3m = (d35+d45)/2 dlm=（d14+d15+d24+d25）/4