武汉大学wunan University(SSR)SimpleSeguenceRepeats结构RepeatUnique flanking regions不同个体间单元重复数高度可变..SS...E....设计与侧翼区域配对的引物CRESEDREISENERRRIEFEREOHENRRHDEIEBEESESREOOERRIOEOOONESRRFED1扩增重复区域SSR标记的基因变异来源于基因组DNA复制时的滑动
Simple Sequence Repeats（SSR） = Repeat 结构 Unique flanking regions 不同个体间单元重复数高度可变 设计与侧翼区域配对的引物 ( ) 扩增重复区域 SSR标记的基因变异来源于基因组DNA复制时的滑动
(a)(CA)153'5'CACACACACACACACACACACACACACACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT...5'3'StrandseparationandbeainningofreplicationNewly(b)CAGACAGAGAGACAsynthesizedPolymerasestrand63'SSR序列产生的机理之一CACACACACACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGITGTGTGTGTGT53.DNA复制过程中的滑序Polymerasepauses;atleadingendofnewstrand,double helix"unzips"abit(c)CACACACACA5..."3CACACGTGTIGTIGTGTGTGTGTIGTIGTGTIGTGTIGTGT5'3Bychance,onoccasion,strandsreanneal outofregisterPolymerizationQACACACACACAcontinues5".*3CACANCACACAGTGTGTGTGTGTOTGTIGTGTIGTIGTIGTGTGT.-53-Completionofreplication(d).35'.YCACACACACACACACACACACACACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT3....5DNArepairoftemplatestrand(e)New(CA)17allele3'5'CACACACACACACACACACACACACACACACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT.53'(GT)17
SSR序列产生的机理之一 DNA复制过程中的滑序
武汉大学wunan University显然，利用SSR标记的关键是引物的设计对于已经进行基因组全序列测定的生物或遗传学研究比较经典的生物，可以直接从其基因组进行查找和利用有关程序进行引物的设计或利用别人已经发表的引物来进行实验；而对于没有基因组序列信息的生物，就需要进行有关引物的设计工作
显然，利用SSR标记的关键是引物的设计。 对于已经进行基因组全序列测定的生物 或遗传学研究比较经典的生物，可以直接从 其基因组进行查找和利用有关程序进行引物 的设计或利用别人已经发表的引物来进行实 验；而对于没有基因组序列信息的生物，就 需要进行有关引物的设计工作
武汉大学wunan UniversitySSR标记应用：微卫星DNA存在于绝大多数真核生物基因组中，已广泛应用于：遗传图谱构建品种指纹图谱绘制品种纯度检测及自标性状分子标记筛选遗传多样性分析重要性状基因的定位等
SSR标记应用： 微卫星DNA 存在于绝大多数真核生物 基因组中，已广泛应用于： 遗传图谱构建 品种指纹图谱绘制 品种纯度检测及目标性状分子标记筛选 遗传多样性分析 重要性状基因的定位等
武汉大学wunan University(3)SNP (single nucleotide polymorphism标记：单核苷酸多态性。同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷酸存在差别的现象。或者说不同个体基因组DNA序列同一位置上的单个核苷酸的差别。其比较的不是DNA的片段长度，而是相同序列长度里的单个碱基的差别。(SNP
⑶ SNP（single nucleotide polymorphism） 标记:单核苷酸多态性。 同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷 酸存在差别的现象。或者説不同个体基因组DNA序列同一 位置上的单个核苷酸的差别。其比较的不是DNA的片段长 度，而是相同序列长度里的单个碱基的差别。 (SNP_)