2520 15 10 L▣口 200 300 400 Alignment score 图68比对计分的统计比较。计算重排序列比对的计分值，产生该计分值出现的次数。用出 现次数对比对计分值作图。该图表示随机重排序列比对的积分分布。一链和肌红蛋白序列 比对计分（红色）远远高于随机重排的计分，强烈提示这两个蛋白序列相似性明显。 采用替代矩阵确定进化关系 上述打分方案只关心一致位点和缺口，没有考虑那些不一致的位点。但是，并不是所有 不一致位点（即替代位点）都是等效的。有些替代是保守替代，即用性质和结构相似的氨基 酸进行的替代。保守替代对蛋白质功能影响最小。有些替代用性质和结构完全不同的氨基酸 进行替代。此外，有些替代只需更换一个核苷酸，有些替代要更换两个或三个核苷酸。保守 替代或单核苷酸替代发生频率比非保守性替代的频率高。那么，当我们进行序列比对时，如 何评价不同的替代？要解决这个问题，首先要考察有进化关系的蛋白质分子中已经存在的氨 基酸替代。 基于序列适当比对的数据，人们提出了替代矩阵。在该矩阵中，那些发生频率高的替代， 得分高；那些发生频率非常少的替代，失分就多。图69是Blosum-62替代矩阵。从该表可 以看出半胱氨酸和色氨酸比丝氨酸和丙氨酸保守得多。而且结构上保守的替代，如赖氨酸替 代精氨酸、异亮氨酸替代颉氨酸，得分就比较高。在进行两个序列比对时，要给每个替代打 分。对缺口的打分也细化了。一个氨基酸残基缺口扣12分，在此基础上缺口每增加一个残 基加扣2分。采用这种打分方式，图6.6比对就能够获得115分。大多数替代是保守替代（得 分是正值)，极少数替代是稀有替代（得分是负值）（图6.10）
图 6.8 比对计分的统计比较。计算重排序列比对的计分值，产生该计分值出现的次数。用出 现次数对比对计分值作图。该图表示随机重排序列比对的积分分布。链和肌红蛋白序列 比对计分（红色）远远高于随机重排的计分，强烈提示这两个蛋白序列相似性明显。 采用替代矩阵确定进化关系 上述打分方案只关心一致位点和缺口，没有考虑那些不一致的位点。但是，并不是所有 不一致位点（即替代位点）都是等效的。有些替代是保守替代，即用性质和结构相似的氨基 酸进行的替代。保守替代对蛋白质功能影响最小。有些替代用性质和结构完全不同的氨基酸 进行替代。此外，有些替代只需更换一个核苷酸，有些替代要更换两个或三个核苷酸。保守 替代或单核苷酸替代发生频率比非保守性替代的频率高。那么，当我们进行序列比对时，如 何评价不同的替代？要解决这个问题，首先要考察有进化关系的蛋白质分子中已经存在的氨 基酸替代。 基于序列适当比对的数据，人们提出了替代矩阵。在该矩阵中，那些发生频率高的替代， 得分高；那些发生频率非常少的替代，失分就多。图 6.9 是 Blosum-62 替代矩阵。从该表可 以看出半胱氨酸和色氨酸比丝氨酸和丙氨酸保守得多。而且结构上保守的替代，如赖氨酸替 代精氨酸、异亮氨酸替代颉氨酸，得分就比较高。在进行两个序列比对时，要给每个替代打 分。对缺口的打分也细化了。一个氨基酸残基缺口扣 12 分，在此基础上缺口每增加一个残 基加扣 2 分。采用这种打分方式，图 6.6 比对就能够获得 115 分。大多数替代是保守替代(得 分是正值），极少数替代是稀有替代（得分是负值）（图 6.10）
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图 6.9 Blosum-62 替代矩阵。考察同源蛋白各种替代发生的机会，制定该打分方案。氨基酸 归为四类：带电氨基酸（红色）；极性氨基酸（绿色）；大的非极性氨基酸（蓝色）；其它氨 基酸（黑色）。只需要改变一个核苷酸的替代用阴影标出。当你寻找一种替代应该给出的打 分时，你在顶部寻找原来的氨基酸（在每列的顶部），然后向下寻找替代氨基酸，从表格左 边查找相应的得分