《生物信息学 Bioinformatics》课程教学课件（PPT讲稿）第六章 基因组学及宏基因组学

生物信息学课程基因组的组装、预测和注释Bioinformatics基因组的组装Reads-deBruijnGraphATTGGAGCAAnalysisATGGCGATGCAGCGATGCAGDeBruijngraph（DBG）图构建示例16

生物信息学 课程 Bioinformatics 基因组的组装、预测和注释 基因组的组装 De Bruijn graph（DBG）图构建示例 16

生物信息学课程基因组的组装、预测和注释Bioinformatics基因组的组装软件应用备注SOAPdenovo二代测序数据基因组组装可应用于所有生物SPAdes主要应用于原核生物二代测序数据基因组组装Flye三代测序数据基因组组装canu三代测序数据基因组组装部分代表性基因组组装软件17

17 生物信息学 课程 Bioinformatics 基因组的组装、预测和注释 基因组的组装 部分代表性基因组组装软件 软件 应用 备注 SOAPdenovo 二代测序数据基因组组装 可应用于所有生物 SPAdes 二代测序数据基因组组装 主要应用于原核生物 Flye 三代测序数据基因组组装 canu 三代测序数据基因组组装

生物信息学课程基因组的组装、预测和注释Bioinformatics基因的预测codonsStartcodonDonor siteCGCCATGCCCTTCTCCAACAGGTGAGTGAG4TranscriptionstartExon5'UTRPromoterCCTCCCAGCCCTGCCCAGAcceptor siteIntronPoly-A siteStopcodonGGCAGAAACAATAAAACCACAGATCCCCATGCCTGAGGGCCCCTCAATEE3'UTR基因预测原理18

18 生物信息学 课程 Bioinformatics 基因组的组装、预测和注释 基因的预测 基因预测原理

生物信息学课程基因组的组装、预测和注释Bioinformatics基因的预测Nucleotides(A,C,G,T)aretheobservablesDifferent states generatesgenerate nucleotidesat different frequenciesA simple HMM forunsplicedgenes:CCC TAA XXXXXXXXxXXXXXXXATG.CCCHCCCinter-region arcundcodingregion aroundgenicregionstart codonstopcodonAAAGCATGCATTTAACGAGAGCACAAGGGCTCTAATGCCGThesequenceofstatesisanannotationofthegeneratedstring-eachnucleotideisgenerated inintergenic,start/stop,codingstate基因预测原理（HMM）19

生物信息学 课程 Bioinformatics 基因组的组装、预测和注释 基因的预测 基因预测原理（HMM） 19

生物信息学课程基因组的组装、预测和注释Bioinformatics基因的预测A=0.05A=0.40.25AC0.25C=OG-0.25G=0.950.25T=0.4T=Ostateno10.909CTTCATGTGAAAGCAGACGTAAGTCAsequence:log.PstatopathEEEEEEEEEEEEEEEEEESIITTITI-41.2243.90parsing46%28%posterior149decoding:基因预测原理（HMM）20

生物信息学 课程 Bioinformatics 基因组的组装、预测和注释 基因的预测 基因预测原理（HMM） 20