就不同类型的编辑操作定义函数w,表示代价(cost)。 (a,a)=0 w(a,b)=1(a≠b) (a,-）=w(-,b)=1 另外，还以使用函数p来表示得分(score),如下所示： (a,a)=1 (a,b)=0(a≠b) (a,-)=(-,b)=-1
(四)全局序列比对 给定两个序列A=a1a2…am和B=b1b2…bm,S(i,j)表示两个序列任何比对的最好分数 在设定初值后可以用以下递归关系计算： S(t1,i1)+(ai,b) S(i,j)=max S(i1,j)+p(ai,-) S(i,广1)+(-，b） 式中，p代表比对的评分
（四）全局序列比对
(五)局部序列比对 局部比对的具体算法与全局比对几乎一样，给定两个序列A=a1a2…am和B=b1b2…bm,S (,)表示两个序例任何比对的最好分数。在设定初值后可以用以下递归关系计算： 0 S(t1,广1)+(ai,b） S(i,j)=max S(t1,j)+(ai,-） S(i,i1)+(-,b) 式中，p代表比对的评分
（五）局部序列比对
三、序列比对的相关概念 (一)同源性、同一性、相似性 相似性（similarity).是指两序列间直接的数量关系 如部分相同、相似的百分比或其他一些合适的度量。 同一性(identity)是指两序列在同一位点核苷酸或氨 基酸残基完全相同的序列比例。 同源性(homology)是指从某个共同祖先经趋异进化 而形成的不同序列
三、序列比对的相关概念 （一）同源性、同一性、相似性 相似性（similarity）是指两序列间直接的数量关系， 如部分相同、相似的百分比或其他一些合适的度量。 同一性（identity）是指两序列在同一位点核苷酸或氨 基酸残基完全相同的序列比例。 同源性（homology）是指从某个共同祖先经趋异进化 而形成的不同序列
(二)直系同源、旁系同源 直系同源基因(orthologous gene)是指在不同物种 中有相同功能的同源基因，它是在物种形成过程中 形成的。 旁系同源基因(paralogous gene)是指一个物种内 的同源基因。 直系同源基因和旁系同源基因统称为同源基因 (homolog)
（二）直系同源、旁系同源 直系同源基因（orthologous gene）是指在不同物种 中有相同功能的同源基因，它是在物种形成过程中 形成的。 旁系同源基因（paralogous gene）是指一个物种内 的同源基因。 直系同源基因和旁系同源基因统称为同源基因 （homolog）