定义: Ontology这个词来自于哲学,称为:本体论、实体论或存在论, 在哲学中指的是对客观存在的系统的解释和说明.在Al领域,Neches 等人将Ontology解释为“Ontology定义了包含相关领域词汇的基本 术语和关系,以及组合这些术语和关系定义词汇外延的规则”。B Chandrasekaran等人的观点和Neches类似,认为“Ontology属于人 工智能领域中的内容理论,它研究特定领域指示的对象、对象属性和 对象间的关系,它为领域知识的描述提供术语”。 基本思想: 先建立相关领域的Ontology,根据Ontology对收集的信息进行 标注,用户的检索请求按照Ontology转换成规定的格式,在Ontology 的帮助下匹配符合条件的数据集合返回给用户。 功能: 主要是实现某种程度的知识共享和重用,它能使得计算机对信息 和对语言的理解上升到语义层次。因此,Ontology在一些涉及到信息 的互操作、知识理解等方面的领域具有很大的应用前景。 5、鸟枪法(P6) 鸟枪法是将目的DNA随机地处理成大小不同的片段,再将这些 片段的序列连接起来的测序方法,属于第一代测序技术。 “鸟枪法”是将基因组按染色体分开后,将它全部打乱,切成碎片, 进行随机测序,测序后再将它们拼接起来。它的好处是速度快,在很
定义: Ontology 这个词来自于哲学,称为:本体论、实体论或存在论, 在哲学中指的是对客观存在的系统的解释和说明。在 AI 领域,Neches 等人将 Ontology 解释为“Ontology 定义了包含相关领域词汇的基本 术语和关系,以及组合这些术语和关系定义词汇外延的规则”。B. Chandrasekaran 等人的观点和 Neches 类似,认为“Ontology 属于人 工智能领域中的内容理论,它研究特定领域指示的对象、对象属性和 对象间的关系,它为领域知识的描述提供术语”。 基本思想: 先建立相关领域的 Ontology,根据 Ontology 对收集的信息进行 标注,用户的检索请求按照 Ontology 转换成规定的格式,在 Ontology 的帮助下匹配符合条件的数据集合返回给用户。 功能: 主要是实现某种程度的知识共享和重用,它能使得计算机对信息 和对语言的理解上升到语义层次。因此,Ontology 在一些涉及到信息 的互操作、知识理解等方面的领域具有很大的应用前景。 5、鸟枪法(P6) 鸟枪法是将目的 DNA 随机地处理成大小不同的片段,再将这些 片段的序列连接起来的测序方法,属于第一代测序技术。 “鸟枪法”是将基因组按染色体分开后,将它全部打乱,切成碎片, 进行随机测序,测序后再将它们拼接起来。它的好处是速度快,在很
短的时间里就能拿到生物细胞基因组。该法的思路独特,好像树林里 停了一大群鸟,很多人乱枪射击,在很短的时间内,就可以将林子中 的大部分鸟打中。“鸟枪法”又有点类似人们玩的拼图游戏。拼图游戏 是将一个完整的画面分成杂乱无章的碎块,然后重新拼装复原。而“鸟 枪法"则是先将整个基因组打乱,切成随机碎片,然后测定每个小片 段序列,最终利用计算机对这些切片进行排序和组装,并确定它们在 基因组中的正确位置。 6、PSI-BLAST(P6) BLAST:Bell Labs Layered Space-Time,即贝尔实验室分层空时, 是贝尔实验室提出的一种能够达到极高数据传输速率的无线通信技 术。这种技术在一个带限无线信道内,通过多天线技术充分利用空间 复用,使得信道容量随着天线数的增加呈线性增长,有着极高的频谱 效率。 PSl-BLAST:Position-Specific Iterated BALST,即特殊位置重复 BLAST。 7、基因重组算法(P6) 基因重组,是指在生物体进行有性生殖的过程中,控制不同性状 的基因重新组合。主要发生在减数第一次分裂前期的交叉互换和后期 的非同源染色体自由组合
短的时间里就能拿到生物细胞基因组。该法的思路独特,好像树林里 停了一大群鸟,很多人乱枪射击,在很短的时间内,就可以将林子中 的大部分鸟打中。“鸟枪法”又有点类似人们玩的拼图游戏。拼图游戏 是将一个完整的画面分成杂乱无章的碎块,然后重新拼装复原。而“鸟 枪法”则是先将整个基因组打乱,切成随机碎片,然后测定每个小片 段序列,最终利用计算机对这些切片进行排序和组装,并确定它们在 基因组中的正确位置。 6、PSI-BLAST(P6) BLAST:Bell Labs Layered Space-Time,即贝尔实验室分层空时, 是贝尔实验室提出的一种能够达到极高数据传输速率的无线通信技 术。这种技术在一个带限无线信道内,通过多天线技术充分利用空间 复用,使得信道容量随着天线数的增加呈线性增长,有着极高的频谱 效率。 PSI-BLAST: Position-Specific Iterated BALST,即特殊位置重复 BLAST。 7、基因重组算法(P6) 基因重组,是指在生物体进行有性生殖的过程中,控制不同性状 的基因重新组合。主要发生在减数第一次分裂前期的交叉互换和后期 的非同源染色体自由组合
随机重组 减数第一次分裂的后期: 非同源染色体上的非等位基因自由组合 B Ab 和 aB 1阳和的 位于非同源染色体上的非等位基因之间发生了基因的重组 基因重组算法的定义没有找到。 非同源染色体:同源染色体指减数分裂时发生配对的染色体。基 因数目一样,而同样的基因或等位基因又是以同样顺序排列着的称为 完全同源的染色体。部分相同的染色体则称为部分同源的染色体 (partially homologous chro-mosomes)。部分同源的染色体只是在 同源部分能够配对,非同源的部分是分离的,所以常形成一端接在一 起的二价染色体。二倍体是具有二个染色体组,分别来自双亲的配子。 多倍体具有二个以上的染色体组。自然的多倍体多具有部分同源染色 体。 减数第一次分裂:减数分裂是生物细胞中染色体数目减半的分裂 方式。生殖细胞分裂时,染色体只复制一次,细胞连续分裂两次,这 是染色体数目减半的一种特殊分裂方式。减数分裂不仅是保证物种染 色体数目稳定的机制,同时也是物种适应环境变化不断进化的机制。 减数分裂的结果是:成熟生殖细胞中的染色体数目比原始生殖细胞的
基因重组算法的定义没有找到。 非同源染色体:同源染色体指减数分裂时发生配对的染色体。基 因数目一样,而同样的基因或等位基因又是以同样顺序排列着的称为 完全同源的染色体。部分相同的染色体则称为部分同源的染色体 (partially homologous chro-mosomes)。部分同源的染色体只是在 同源部分能够配对,非同源的部分是分离的,所以常形成一端接在一 起的二价染色体。二倍体是具有二个染色体组,分别来自双亲的配子。 多倍体具有二个以上的染色体组。自然的多倍体多具有部分同源染色 体。 减数第一次分裂:减数分裂是生物细胞中染色体数目减半的分裂 方式。生殖细胞分裂时,染色体只复制一次,细胞连续分裂两次,这 是染色体数目减半的一种特殊分裂方式。减数分裂不仅是保证物种染 色体数目稳定的机制,同时也是物种适应环境变化不断进化的机制。 减数分裂的结果是:成熟生殖细胞中的染色体数目比原始生殖细胞的
减少一半。减数分裂(Meiosis)范围是进行有性生殖的生物;时期 是从原始生殖细胞发展到成熟生殖细胞。 8、基因注释(P7) 基因组测序只能测出整个DNA的碱基对排列顺序,不能直接测 出DNA上的基因及其功能,必须通过生物信息学方法,结合蛋白组 学、转录组学,对测出来的序列进行分析,将基因及其功能加以挖掘, 这称作基因注释。 9、基因组(P7) 基因组是指细胞内所有遗传信息,这种遗传信息以核苷酸序列形 式存储。细胞或生物体中,一套完整单体的遗传物质的总和即为基因 组。 10、基因组学(P7) 基因组学阐明整个基因组的结构、结构与功能的关系以及基因之 间相互作用的科学。 换言之,基因组学是以分子生物学技术、电子计算机技术和信息 网络技术为手段,以生物体内基因组的全部基因为研究对象,从整体 水平上探索全基因组在生命活动的作用及其内在规律和内外环境影 响机制的科学
减少一半。减数分裂(Meiosis) 范围是进行有性生殖的生物;时期 是从原始生殖细胞发展到成熟生殖细胞。 8、基因注释(P7) 基因组测序只能测出整个 DNA 的碱基对排列顺序,不能直接测 出 DNA 上的基因及其功能,必须通过生物信息学方法,结合蛋白组 学、转录组学,对测出来的序列进行分析,将基因及其功能加以挖掘, 这称作基因注释。 9、基因组(P7) 基因组是指细胞内所有遗传信息,这种遗传信息以核苷酸序列形 式存储。细胞或生物体中,一套完整单体的遗传物质的总和即为基因 组。 10、基因组学(P7) 基因组学阐明整个基因组的结构、结构与功能的关系以及基因之 间相互作用的科学。 换言之,基因组学是以分子生物学技术、电子计算机技术和信息 网络技术为手段,以生物体内基因组的全部基因为研究对象,从整体 水平上探索全基因组在生命活动的作用及其内在规律和内外环境影 响机制的科学
11、比较基因组学(P7) 比较基因组学是基于基因组图谱和测序基础上,对已知的基因和 基因组结构进行比较,来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学 科。 12、全基因组(P7) 全基因组和基因组是一个意思,只不过针对的问题有些不同,全 基因组一般是说测序测全部的基因,因而一般都会说要测全基因组; 而基因组一般只是说大小多少,几倍体,跟要测的内容没多大关系。 13、全基因组学(P7) 全基因组学,是以生物体内所有基因组的全部基因为研究对象, 从整体水平而不是单个基因水平上探索基因组在生命活动的作用及 其内在规律和内外环境影响机制的科学。 14、微阵列(P7) 微阵列,也叫寡核苷酸阵列,是生物芯片中的一种。微阵列技术 是人类基因组计划的逐步实施和分子生物学的迅猛发展及运用的产 物,是第三次革命(基因组革命)中的主要技术之一。 15、生物芯片(P7) 生物芯片,又称蛋白芯片或基因芯片,所谓生物芯片一般指高密
11、比较基因组学(P7) 比较基因组学是基于基因组图谱和测序基础上,对已知的基因和 基因组结构进行比较,来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学 科。 12、全基因组(P7) 全基因组和基因组是一个意思,只不过针对的问题有些不同,全 基因组一般是说测序测全部的基因,因而一般都会说要测全基因组; 而基因组一般只是说大小多少,几倍体,跟要测的内容没多大关系。 13、全基因组学(P7) 全基因组学,是以生物体内所有基因组的全部基因为研究对象, 从整体水平而不是单个基因水平上探索基因组在生命活动的作用及 其内在规律和内外环境影响机制的科学。 14、微阵列(P7) 微阵列,也叫寡核苷酸阵列,是生物芯片中的一种。微阵列技术 是人类基因组计划的逐步实施和分子生物学的迅猛发展及运用的产 物,是第三次革命(基因组革命)中的主要技术之一。 15、生物芯片(P7) 生物芯片,又称蛋白芯片或基因芯片,所谓生物芯片一般指高密