化学结构的一些表示方法 Representation non Name trimethylxanthine coffeine, theine. mateine Synonyms CHHIONO Empirical formula 3.7-dihydro-1, 3. 7-trimethyl-1H-purine-2, 6-dione IUPAC Name 58-08-2 CAS Regis try Number T56 BN DN FNVNVJ BI FIHI WIN Notation CNIC-NC2CIC-ON(C(O)N2C)C SMILES lSC8H10N402/c1-10-4-9-6- 5(10)7(13)12(3)8(14)11(6)2/h4H.1-3H3 Markush Structure Connection table OHJclccccl Fragment Code 0000l00l10100111 Fingerprint 5244987098423150 Hash code
16 化学结构的一些表示方法
(四)分子存储格式及其相互转换 每一软件系统都有自己的分子存储格式 MDL公司的MOL格式( MACSS格式) Tripos公司的MOL2格式 剑桥晶体数据库CSD的FDAT和CIF格式 蛋白质数据库PDB的PDB格式(ENT格式)
17 （四）分子存储格式及其相互转换 每一软件系统都有自己的分子存储格式 • MDL公司的MOL格式（MACSS格式） • Tripos公司的MOL2格式 • 剑桥晶体数据库CSD 的FDAT 和CIF格式 • 蛋白质数据库PDB 的PDB格式（ENT格式）
基本存储: 分子的元素组成、原子坐标、原子连接关系 还能存储: 分子子结构信息,能适用于生物大分子 原子电荷信息,调用时不必再计算 确定特定原子化学环境的原子类型信息
18 基本存储： 分子的元素组成、原子坐标、原子连接关系 还能存储： • 分子子结构信息，能适用于生物大分子 • 原子电荷信息，调用时不必再计算 • 确定特定原子化学环境的原子类型信息
二、化合物数据库的生成和管理 输入搜寻和 检索管理输出
19 二、化合物数据库的生成和管理 输入 搜寻和 检索 管理 输出
ISIS(Integrated Scientific Information Management System)MDL的综合性结构和反应管理软件 由三个主要分软件组成: 1)ISIS/DRAW用于输入结构式和搜寻询问条件 (2)ISIS/BASE—用于生成局部数据库及处理信息 (3)ISIS/HOST主服务器应用程序,进行通讯连 接,集中数据库数据并作处理
20 ISIS (Integrated Scientific Information Management System) —— MDL的综合性结构和反应管理软件 • 由三个主要分软件组成： (1) ISIS/DRAW——用于输入结构式和搜寻询问条件 (2) ISIS/BASE——用于生成局部数据库及处理信息 (3) ISIS/HOST——主服务器应用程序，进行通讯连 接，集中数据库数据并作处理