第二节化学信息处理 化学信息学 Chemoinformatics, chemical informatics Cheminformatics, chemi-informatics 利用计算机信息处理技术对化学分子结构 和相关信息进行管理的一种综合性技术和学科 应用化学信息学可促进化学信息的获取 转化与共享 Procedia engineering, 2012, 1264-1275
6 化学信息学 Chemoinformatics，chemical informatics， Cheminformatics， chemi-informatics 利用计算机信息处理技术对化学分子结构 和相关信息进行管理的一种综合性技术和学科 应用化学信息学可促进化学信息的获取、 转化与共享 第二节 化学信息处理 Procedia Engineering , 2012, 1264 – 1275
化学信息学的应用 化合物合成路线设计 活性化合物片段分析 √识别配体活性构象 识别活性化合物的药效团 预测化合物ADME性质 从生物分子中产生先导物(全新药物设计) √验证配体受体相互作用(对接,虚拟筛选) 与生物信息学交互应用
7 化学信息学的应用 化合物合成路线设计 活性化合物片段分析 识别配体活性构象 识别活性化合物的药效团 预测化合物ADME/T性质 从生物分子中产生先导物（全新药物设计） 验证配体 -受体相互作用（对接，虚拟筛选） 与生物信息学交互应用
2D和3D分子结构的计算机处理方法 化学分子结构的层次 ID: CHCHO O 2D: H3C 3D:
8 化学分子结构的层次 • 1D ： CH 3CHO • 2D ： • 3D ： H 3C C O H 一、2D 和3D分子结构的计算机处理方法
(-)以一维形式表示 对2D结构进行编码—储存和交换化学结构式数据 的命名法 SMILES Simplified Molecular Input Line Entry System 简化分子线性输入系统) SLN( Sybyl linear notation, Sybyl线性标记法)
9 （一）以一维形式表示 对2D结构进行编码——储存和交换化学结构式数据 的命名法 • SMILES （ Simplified Molecular Input Line Entry System， 简化分子线性输入系统） • SLN （Sybyl linear notation ，Sybyl线性标记法）
SMILES 按化合价模型,每个原子被氢原子饱和;双键用= 表示;三键用#表示;环化分子用闭合原子标号表 示;芳香环中不饱和原子用小写字母表示 甲烷CH4 乙醇C2 HOH CCo 氰化氢HCNC#N 环已烷C6H12 CICCCCC1 吡啶C5 Hn ncccc l
10 SMILES • 按化合价模型，每个原子被氢原子饱和；双键用= 表示；三键用#表示；环化分子用闭合原子标号表 示；芳香环中不饱和原子用小写字母表示 甲烷 CH4 C 乙醇 C2H5OH CCO 氰化氢 HCN C#N 环已烷 C6H12 C1CCCCC1 吡啶 C5H5N n1ccccc1