1突变基因表达的细胞蛋白自发的基因突变肿瘤抗原明确2)理化因素诱导的突变肿瘤抗原随机Penetration of UvIntothe SkinBeforeincomingUVPhoton
1 . 突变基因表达的细胞蛋白 1 ） 自发的基因突变 2） 理化因素诱导的突变 肿瘤抗原明确 肿瘤抗原随机
肿瘤突变负荷(Tumor mutation burden,TMB)：每百万个bp中非同义突变的数量。低（<10mutation/Mb）中（1019mutation/Mb）高（≥20mutation/Mb）与患者对检查点治疗的有效性相关。高TMB与较好的反应性相关产生新的肿瘤抗原肿瘤新抗原负荷tumorneuantigenburdon,TNB
• 每百万个bp中非同义突变的数量。 低（<10mutation/Mb） 中（10`19mutation/Mb） 高（≥20mutation/Mb） • 与患者对检查点治疗的有效性相关。 高TMB与较好的反应性相关 • 产生新的肿瘤抗原 肿瘤新抗原负荷 tumor neuantigen burdon，TNB 肿瘤突变负荷 （Tumor mutation burden，TMB）
TMB的检测方法：1.全外显子测序对全基因组的外显子测序，发现非同义突变。是TMB检测的金标准2.靶基因群测序对某段基因组测序（>1Mb），发现非同义突变各公司产品平台所测区域不同
TMB的检测方法： 1. 全外显子测序 对全基因组的外显子测序，发现非同义突变。是TMB检测的金标准。 2. 靶基因群测序 对某段基因组测序（>1Mb），发现非同义突变 各公司产品平台所测区域不同
LaboratoryTypeofexonicPanel nameNumberofTotalregionTMBregioncovered (Mb)covered(Mbmutationsgenesincluded inTMBestimationACT4401.121.80Non-ACTOnco+GenomicssynonymoussynonymousCaris1.601.40SureSelectXT592Non-synonymous2.200.80FoundationFoundationo324Non-neCDx?Medicinesynonymous,synonymousGuardant5002.151.00GuardantoMNon-NIHealthsynonymous,synonymous5231.97IlluminaTSO5001.33Non-(TruSightsynonymous,Oncologysynonymous500)1.531.14MemorialMSK-IMPACT468Non-SloansynonymousshKettering J.Kuck,StenzingerA SinicropeFABiomarkerinSolidTumo12):1808-1825orMutafinnalBurdenasaEfs.CancerDiscov.2020Dec;10
Laboratory Panel name Number of genes Total region covered (Mb) TMB region covered * (Mb ) Type of exonic mutations included in TMB estimation ACT Genomics ACTOnco+ 440 1.80 1.12 Nonsynonymous † , synonymous Caris SureSelect XT 592 1.60 1.40 Nonsynonymous † Foundation Medicine FoundationO ne CDx®‡ 324 2.20 0.80 Nonsynonymous, synonymous Guardant Health GuardantOM NI§ 500 2.15 1.00 Nonsynonymous, synonymous Illumina TSO500 (TruSight Oncology 500) 523 1.97 1.33 Nonsynonymous, synonymous Memorial Sloan Kettering Cancer Center MSK-IMPACT¶ 468 1.53 1.14 Nonsynonymous Sha D, Jin Z, Budczies J, Kluck K, StenzingerA, Sinicrope FA. Tumor Mutational Burden as a Predictive Biomarker in Solid Tumors. Cancer Discov. 2020 Dec;10(12):1808-1825
肿瘤新抗原的预测是基于肽与MHC的结合能力HLA-IBHLA-IISideviewpeptide肿瘤抗原肽被与MHC分Sideviewpeptideβ,M子呈递结合呈递给T细胞。能与MHC结合的分子被TopviewTopview认定为抗原肽a.chainPeptidebindinggrooveβchain
• 肿瘤抗原肽被与MHC分 子诶呈递结合呈递给T 细胞。 • 能与MHC结合的分子被 认定为抗原肽 肿瘤新抗原的预测是基于肽与MHC的结合能力