生物信息学课程PDB号搜索蛋白结构Bioinformaticse.g.1AE5Sue Snn1AE5ePbBVHUMANHEPARN BINOING PROTEINWwloeshDeposiQSearenVhuatziAnalyeDoLeamohetfinetonaiproterwesserneproteinsseto.L.tann.A.m.a.RimaPEwe.FFmaaLiast58-101Doni40PDB数据库还含有许多重要的QSoarc资源，已成为学习蛋自结构知PVAn识的重要社区。Explor8-10NEYLewnFeatures102024/9/7
10 生物信息学 课程 Bioinformatics PDB号搜索蛋白结构 2024/9/7 e.g.1AE5 PDB数据库还含有许多重要的 资源，已成为学习蛋白结构知 识的重要社区
生物信息学课程原子坐标文件是PDB文件最核心部分BioinformaticsPDB文件格式ATOHHNNILEMH1.11.91228.49538.531ATOMILECA13.04727.99739.2801340ATOH13.46928.94440.382ATOM30.07440.10413.8461) 0 Co1MATOHILE14.28927.73338.411ILEATOH26.60814.06337.40270CG2ILEHHNNNNNATOM15.47327.37639.306CD1ILEATOH14.10425.22938.0719NATOMVAL13.40928.45241.63410cATOHVAL13.94029.265.7354211cATOHVAL15.38028.97243.17512oVALATOM15.84827.832.1804313CBATOMVAL13.01429.44343.930NN14co1ATONVAL11.76420.50243.936单位是AATOH15CG2VAL45.21013.81129.3553m16NGLYATOM16.09530.03743.539ATOH17CAGLY17.45444.02629.903mmATOH18UOGLY42.95718.47029.58519GLYATOH19.58829.15543.254ATOM20NGLY41.70918.10929.821ATOHGLY40.65021CA19,03729.50544ATOH3UOGLY30.68940.02319.767GLYATOH19.69831.85940.44955ATOH2NARG38.97620.45730.311ARGATOHCA31.15638.16221.224C555ATOHARG31.13036.73420.672oATOMARG36.25620.02330.202555ATOM28CBARG22.63130.62838.231ATOHCGARG31.65737.84023.6400ATOM30CDARG24.93530.98037.455NEATOH31ARG30.67438.61925.7490056ATON32czARG26.69629.73938.63233ATOMNHIARG26.90928.97337.56534ATOMNH2ARG27.38029.57539.762NATOY35LYS20.93132.18736.040ATOH36LYS666666CA20.50532.31834.687uo37ATOMLYS21.30231.40133.774ATOH38LYS22.52531.37733.820ATO39CELYS20.79833.74934.258ATON40CGLYS19.97334.23033.0811141ATOMCDLYS20.789.115.1683532
11 生物信息学 课程 Bioinformatics 原子坐标文件是PDB文件最核心部分 PDB文件格式 单位是Å
生物信息学课程SCOP蛋白质结构分类数据库BioinformaticsSCOP(StructuralClassificationOfProteins)福》拓展版SCOPe（http://scop.berkeley.edu）>目前版本e2.08，包含107643个蛋白结构，346905个结构域TRUETURALCASSITCATIONOFPROTINClassesinSCOPe2.08:1.wa:All alpha proteins [46456] (290 tolds)7Classes2o:Allbetaproteins[48724](180folds)3. /1 :c: Alpha and beta proteins:(a/b) [51349] (148 folds)4. /4 d: Alphia and beta proteins (a+b) [53931) (396 folds)1257Folds5. , e: Muti-domain proteins (aipha and beta) [56572] (74 tolds)6.t:Membraneand.cellsurtaceproteinsand peptides[56835) (69folds)7.g:Small proteins[56992] (100folds)2067Superfamilies8.mwwh:Coledcollproteins[57942] (7folds)9. a Low 'resolution protein structures [58117] (25 folds)10.]Peptides[58231] (151folds)5084Families11.kDesigned proteins [58788] (44 tolds)12tArtacts[310555] (1told)ChandoniaJM,GuanL,LinS,YuC,FoxNK,BrennerSE折叠子的数目是有限的！122022/NucleicAcidsResearch50:D553-559
12 生物信息学 课程 Bioinformatics SCOP蛋白质结构分类数据库 2024/9 / 7 7 Classes 1257 Folds 2067 Superfamilies 5084 Families Chandonia JM, Guan L, Lin S, Yu C, Fox NK, Brenner SE. 2022. Nucleic Acids Research 50:D553–559. 折叠子的数目是有限的！ ➢ SCOP (Structural Classification Of Proteins) ➢ 拓展版SCOPe (http://scop.berkeley.edu) ➢ 目前版本e2.08，包含107643 个蛋白结构，346905个结构域
生物信息学课程蛋白质空间结构显示（从PDB文件到图形）Bioinformatics>线（Lines）>棍子（Sticks）>Cartoon（α螺旋：螺旋或圆柱体；β折叠片：箭头）》只显示主链的走向》显示分子可及表面>根据需要标上不同颜色根据原子不同不同结构域V》不同二级结构》彩虹着色（从N端到C端，蓝到红）13
13 生物信息学 课程 Bioinformatics 蛋白质空间结构显示（从PDB文件到图形） ➢ 线（ Lines ） ➢ 棍子（ Sticks ） ➢ Cartoon (螺旋：螺旋或圆柱体；折叠片：箭头） ➢ 只显示主链的走向 ➢ 显示分子可及表面 ➢ 根据需要标上不同颜色 ➢ 根据原子不同 ➢ 不同结构域 ➢ 不同二级结构 ➢ 彩虹着色（从N端到C端,蓝到红）
生物信息学课程不同的结构显示举例Bioinformatics142024/9/7
14 生物信息学 课程 Bioinformatics 不同的结构显示举例 2024/9/7