生物信息学课程Linux起源BioinformaticsLinux是一个开源的类Unix操作系统·Unix是由KenThompson和DennisRitchie于1969年在贝尔实验室开发的操作系统（商用）·1980年代末，计算机科学家AndrewS.Tanenbaum开发了开源的MINIX，这是一种基于Unix的小型操作系统，主要用于教学自的·1991年，芬兰计算机科学学生LinusTorvalds在赫尔辛基大学开始开发一个新的操作系统内核这个项目后来被称为"Linux"·1991年9月17日，Torvalds发布了Linux0.01版本，在GNU通用公共许可证（GPL）下发布，任何人都可以自由地使用、修改和分发Linux源代码·随着Linux内核的不断发展和成熟，各种Linux发行版开始出现，如Debian、RedHat等。这些发行版将Linux内核与应用程序、系统工具等软件打包在一起，提供了功能齐全的操作系统10
10 生物信息学 课程 Bioinformatics Linux起源 Linux 是一个开源的类 Unix 操作系统 • Unix 是由Ken Thompson和Dennis Ritchie于1969年在贝尔实验室开发的操作系统（商用） • 1980年代末，计算机科学家Andrew S. Tanenbaum开发了开源的MINIX，这是一种基于 Unix的小型操作系统，主要用于教学目的 • 1991年，芬兰计算机科学学生Linus Torvalds在赫尔辛基大学开始开发一个新的操作系统内核， 这个项目后来被称为 "Linux” • 1991年9月17日，Torvalds发布了Linux 0.01版本，在GNU通用公共许可证（GPL）下发布， 任何人都可以自由地使用、修改和分发Linux源代码 • 随着Linux内核的不断发展和成熟，各种Linux发行版开始出现，如Debian、Red Hat等。这些 发行版将Linux内核与应用程序、系统工具等软件打包在一起，提供了功能齐全的操作系统
生物信息学课程Linux内核与系统Bioinformatics·严格来讲，Linux只能说是一种操作系统的内核（kernel），通常所说的“Linux操作系统”一般指的是采用Linux作为内核的操作系统LinusTorvaldsLinux发行版本11
11 生物信息学 课程 Bioinformatics Linux内核与系统 • 严格来讲，Linux 只能说是一种操作系统的内核（kernel），通常所说的“Linux 操作系统” 一般指的是采用Linux 作为内核的操作系统 Linus Torvalds Linux发行版本
生物信息学课程Linux系统BioinformaticsLinux是生物信息学实验的首选操作系统之一。由于开源性、稳定性和强大的命令行工具，Linux成为了生物信息学研究人员开展实验的理想平台。口稳定性和性能HighHighEaseofRunsonAnyLinuxis口开源软件生态系统SecurityStabilityMaintenanceHardwareCompletelyFree口强大的命令行工具8口软件包管理和更新口社区和支持OpenEaseofCustomizationEducationSupportSourceUse口自定义和灵活性12
生物信息学 课程 Bioinformatics Linux系统 Linux是生物信息学实验的首选操作系统之一。由于开源性、稳定性和强大 的命令行工具，Linux成为了生物信息学研究人员开展实验的理想平台。 ❑ 稳定性和性能 ❑ 开源软件生态系统 ❑ 强大的命令行工具 ❑ 软件包管理和更新 ❑ 社区和支持 ❑ 自定义和灵活性 12
生物信息学课程Linux与Windows比较Bioinformatics比较LinuxWindows用户界面主要依熟命令行界面（CL）：学习典线较随图形用户界面（GU）：用户友好，易于操作软件生态系统支持许多商业软件，如Geneious、CLCGenomicsWorkbench广泛的开源软件支持，如BLAST、Bowtie、GATK命令行工具强大的命令行工具和脚本支持，如awk、sed、grep命令行工具功能有限，PowerShell虽强大但不及Linux高性能计算支持支持高性能计算集群和并行计算框架，如MPI、Hadoop对高性能计算集群的支持不如Linux，主要依赖第三方解决方案硬件兼容性部分硬件驱动支持较弱，需手动配置驱动支持全面，设备兼容性好系统稳定性高稳定性，适合长时间运行计算任务较高稳定性，但系统更新可能影响长时间运行的任务安全性权限管理和安全机制完善，开源使得安全漏洞修复迅速安全机制较完善，但需要依赖定期的系统更新和杀毒软件成本开源和免费，软件采购成本低商业投授权需要费用，增加软件采购成本开发工具支持多种开发工具和编程语言，如GCC、Python、R强大的集成开发环境（IDE）如VisualStudio，广泛的编程语言支持支持LaTex等科学写作工具，也支持文献管理工具Zotero、支持MicrosoftOffice、EndNote、Mendeley、Zotero等文献管理和文献管理和写作写作工具Mendeley等支持Excel、GraphPadPrism、OriginLab等图形界面的数据可视化和数据可视化和分析支持强大的数据分析能力，但是图形化工具比较少分析工具学习曲线需要掌握一定的系统管理和命令行操作知识用户界面友好，适合不熟悉命令行操作的用户网络共享和远程访间通过SSH、NFS、Samba等实现高效的网络共享和远程访间通过远程桌面、Samba等实现网络共享和远程访间，但配置较复杂开源工具支持广泛的开源工具和库，性能和兼容性较好部分开源工具在Windows上的兼容性和性能不如Linux数据处理和自动化能力有限，依赖第三方工具如PowerShell和批处数据处理和自动化强大的数据处理和自动化能力，通过脚本实现复杂任务理脚本平台无关性适合高性能计算环境和服务器，广泛用于科学研究和数据分析适合个人电脑和工作站，适合日常办公和商业软件使用
13 生物信息学 课程 Bioinformatics Linux与Windows比较
生物信息学课程Linux系统组成BioinformaticsLinuxOperating SystemLinux系统的组成部分包括操作系统的各个层次和组件，它们共同协SystemUserUserCompilersUtilitySoftwaresProcess作以提供一个功能齐全、稳定和高效的计算环境。SystemLibrariesKernelKernelModulesCPUVORAMHardware
生物信息学 课程 Bioinformatics Linux系统组成 Linux系统的组成部分包括操作系 统的各个层次和组件，它们共同协 作以提供一个功能齐全、稳定和高 效的计算环境。 14