生物信息学课程Linux系统组成Bioinformatics·内核（Kernel）：操作系统的核心部分，它负责管理硬件资源，包括处理器、内存、设备驱动程序、文件系统等·Shell：用户与Linux系统之间的交互界面，接受用户的命令并将其传递给内核执行。如Bash、Zsh、Fish等·文件系统：Linux使用文件系统来组织和管理文件和目录·系统库：应用程序开发的代码和函数，包括C语言标准库以及其他用于网络、图形、多媒体等功能的库·用户空间工具和应用程序：Linux系统提供了大量的命令行工具和图形应用程序，用于执行各种任务，包括文件管理、文本编辑、网络通信、编程开发等。一些常见的用户空间工具包括ls、cp、mv、grep、sed、awk等。15
15 生物信息学 课程 Bioinformatics Linux系统组成 • 内核（Kernel）：操作系统的核心部分，它负责管理硬件资源，包括处理器、内存、设备 驱动程序、文件系统等 • Shell：用户与Linux系统之间的交互界面，接受用户的命令并将其传递给内核执行。如 Bash、Zsh、Fish等 • 文件系统：Linux使用文件系统来组织和管理文件和目录 • 系统库：应用程序开发的代码和函数，包括C语言标准库以及其他用于网络、图形、多媒体 等功能的库 • 用户空间工具和应用程序：Linux系统提供了大量的命令行工具和图形应用程序，用于执行 各种任务，包括文件管理、文本编辑、网络通信、编程开发等。一些常见的用户空间工具包 括ls、cp、mv、grep、sed、awk等
生物信息学课程Linux系统组成Bioinformatics服务和守护进程：如Web服务器（如Apache、Nginx）、数据库服务器（如MySQLPostgreSQL）、邮件服务器（如Postfix、Exim）、日志服务（如syslogd）等图形界面（可选）：常见的LinuX桌面环境包括GNOME、KDE、Xfce等网络协议栈：支持各种网络通信，包括TCP/IP协议、HTTP、FTP、SSH等·设备驱动程序：Linux内核支持许多不同类型的硬件设备包管理器：包括APT（Debian/Ubuntu）、YUM/DNF（RedHat/CentOS）等16
16 生物信息学 课程 Bioinformatics Linux系统组成 • 服务和守护进程：如Web服务器（如Apache、Nginx）、数据库服务器（如MySQL、 PostgreSQL）、邮件服务器（如Postfix、Exim）、日志服务（如syslogd）等 • 图形界面（可选）：常见的Linux桌面环境包括GNOME、KDE、Xfce等 • 网络协议栈：支持各种网络通信，包括TCP/IP协议、HTTP、FTP、SSH等 • 设备驱动程序：Linux内核支持许多不同类型的硬件设备 • 包管理器：包括APT（Debian/Ubuntu）、YUM/DNF（Red Hat/CentOS）等
生物信息学课程Linux文件系统BioinformaticsLinux文件系统是Linux操作系统用于管理和存储数据的结构化方法。它负责组织文件目录，以及数据在硬盘或其他存储设备上的存储和检索。Linux文件系统采用层次结构，通常被称为“文件系统层次标准”（FilesystemHierarchyStandard，FHS）。所有文件和目root录都位于根目录/下，并按照一定的标准分布在不同的目录中。Letcl/boouIdevlMib//mnt/homelImedial·普通文件Tbint·目录文件lopt/sbin//srvl/tmp//root/usrlvarl·链接文件/sbin//bin/lincludelMlibl/tmp//cachel/log//spool·特殊文件17
生物信息学 课程 Bioinformatics Linux文件系统 Linux文件系统是Linux操作系统用于管理和存储数据的结构化方法。它负责组织文件、 目录，以及数据在硬盘或其他存储设备上的存储和检索。 • Linux文件系统采用层次结构，通常被称为“文件系统层次标准” （Filesystem Hierarchy Standard，FHS）。所有文件和目 录都位于根目录 / 下，并按照一定的标准分布在不同的目录中。 • 普通文件 • 目录文件 • 链接文件 • 特殊文件 17
生物信息学课程文件权限BioinformaticsLinux文件系统采用三种基本权限来管理对文件和目录的访问：r-xrwxr-xr--rwxr-.·读（r）：允许查看文件内容或列出目录内容3组：其他用户1组：文件所有者2组：同组用户写（w）：允许修改文件内容或目录内容74+2+1rwx读、写、执行：执行（x）：允许执行文件或进入目录64+2+0rw-读、写54+1r-x每个文件和目录都有三个级别的权限：读、执行44+0+0r-只读：用户（Owner）：文件的所有者权限32+1-WX写、执行20+2+0：群组（Group）：文件所属群组的权限-W-只写00+0+0禁止读、写、执行：其他（Others）：系统中其他用户的权限18
生物信息学 课程 Bioinformatics 文件权限 Linux 文件系统采用三种基本权限来管理 对文件和目录的访问： • 读（r）：允许查看文件内容或列出目录内容 • 写（w）：允许修改文件内容或目录内容 • 执行（x）：允许执行文件或进入目录 每个文件和目录都有三个级别的权限： • 用户（Owner）：文件的所有者权限 • 群组（Group）：文件所属群组的权限 • 其他（Others）：系统中其他用户的权限 18
生物信息学课程Shell指令BioinformaticsShell是一个应用程序，它连接了用户和Linux内核，让用户能够更加友好的图形化界面高效、安全、低成本地使用Linux内核。Shell脚本语言是一种在Linux操作系统中由Shell（命令解释器）执行的编程语言，用于实现I t自动化任务、批处理操作以及系统管理等功能。ShellI t·终端命令格式：核心kernecommand[-options][parameter]说明：I tcommand：命令名，相应功能的英文单词或单词的缩写计算机硬件D【-options]：选项，可用来对命令进行控制，也可以省略，口代表可选parameter：传给命令的参数，可以是零个、一个或者多个D19
生物信息学 课程 Bioinformatics Shell指令 Shell是一个应用程序，它连接了用户和Linux内核，让用户能够更加 高效、安全、低成本地使用Linux内核。Shell脚本语言是一种在 Linux操作系统中由Shell（命令解释器）执行的编程语言，用于实现 自动化任务、批处理操作以及系统管理等功能。 • 终端命令格式： 19