生物信息学课程生物技术与信息技术的协同发展Bioinformatics生物信息起源期生物信息初创期生物信息成熟期：高通量时代Fortran:BackusJ(1957)R:GentlemanR和 IhakaR(~1980)Scala : Odersky M (2003)-C++:StroustrupB(1983)LISP:McCarthyJ (1958)云计算（CloudComputing）BASICGatesB等(1964)Objective C : Cox B和LoveT (1983).。亚马通AWS(2006) Google App Engine (2008)GNU协议：Stallman R(1985)PASCAL:WirthN(1970)T0。微软Azure(2009)Perl :Wall L (1987).区块链（Blockchain，2008）Python : Rossum G (1989)GO:Google(2009)..WWW技术：Berners-LeeT(~1990)2010-至今1970-19801990-2000整合生物学OOOO系统生物学1950-19701980-19902000-2010生物信息萌芽期生物信息发展期：基因组学兴起生物信息黄金期：大数据时代C : Ritchie D (1972)Linux :Torvalds L (1991)Swift : Apple (2014).-深度学习提出（2012）OSQL:Boyce R和 Chamberlain D (1972)VisualBasic：用户图形界面GUI（1991)-CNN(2012)Smalltalk : Kay A, Goldberg A 和 Ingalls DRuby : Matsumoto Y (1993)-。深度强化学习（2014）(1972)Java : Gosling J (1995)o Transformer (2017)JavaScript : Eich B (1995)深度学习主流框架-- TensarFlow (2015)PHP: LerdorfR (1995)o PyTorch (2016)C# Microsoft (2000)ChatGPT3.0(2020)人工智能时代崛起5
5 生物信息学 课程 Bioinformatics 1950-1970 1970-1980 1990-2000 ：Gosling J（1995） ▪ Linux： Torvalds L（1991） ▪ Visual Basic：⽤户图形界⾯ GUI（1991） ▪ Ruby：Matsumoto Y（1993） ▪ Java ▪ JavaScript：Eich B（1995） ▪ PHP：LerdorfR（1995） ▪ C#：Microsoft（2000） ▪ R：Gentleman R 和 Ihaka R（~1980） ▪ C++：Stroustrup B（1983） ▪ Objective C：Cox B 和 Love T（1983） ▪ GNU 协议：Stallman R（1985） ▪ Perl：Wall L（1987） ▪ Python：Rossum G（1989） ▪ WWW 技术：Berners-Lee T（~1990） 1980-1990 ⽣物信息萌芽期 ▪ C：Ritchie D（1972） ▪ SQL：Boyce R 和 Chamberlain D（1972） ▪ Smalltalk：Kay A, Goldberg A 和 Ingalls D （1972） ⽣物信息起源期 ▪ Fortran：Backus J（1957） ▪ LISP：McCarthy J（1958） ▪ BASIC：Gates B等（1964） ▪ PASCAL：WirthN（1970） 2000-2010 ⽣物信息发展期：基因组学兴起 ⽣物信息初创期 ⽣物信息成熟期：⾼通量时代 ▪ Scala：OderskyM（2003） ▪ 云计算（CloudComputing） o 亚⻢逊 AWS（2006） o Google App Engine（2008） o 微软 Azure（2009） ▪ 区块链（Blockchain，2008） ▪ GO：Google（2009） 2010-⾄今 生物信息黄金期：大数据时代 ▪ Swift：Apple（2014） ▪ 深度学习提出（2012） o CNN（2012） o 深度强化学习（2014） o Transformer（2017） ▪ 深度学习主流框架 o TensorFlow（2015） o PyTorch（2016） ▪ ChatGPT 3.0（2020） ▪ 人工智能时代崛起 整合生物学 系统生物学 生物技术与信息技术的协同发展
生物信息学课程生命科学的大数据与人工智能时代Bioinformatics达特茅斯会议机器学习和霍普菲尔德神AlexNet（提出人工智能概念）经网络ANN兴起Transformer198219861990s20121950195619572006201620172021C生COOCCCCChatGPT图灵测试感知机模型BP神经网络深度学习AlphaGo2020AlphaFold2人工智能赋能的生命科学biobank物种起源DNA双螺旋结构人类基因组计划TCGAUKBiobank空间转录组学OOOOOOOOO197720122016185919001953199020052006孟德尔定律DNASanger测序CRISPR基因编辑第二代测序技术6
6 生物信息学 课程 Bioinformatics 生命科学的大数据与人工智能时代 人工智能赋能 的生命科学 1859 1900 孟德尔定律 物种起源 DNA双螺旋结构 1953 1977 1990 DNASanger测序 人类基因组计划 2005 2006 第二代测序技术 TCGA UKBiobank 2012 2016 CRISPR基因编辑 空间转录组学 图灵测试 达特茅斯会议 （提出人工智能概念） 1950 1956 1957 感知机模型 BP神经网络 霍普菲尔德神 机器学习和 经网络 ANN兴起 1982 1986 1990s 2006 深度学习 AlexNet 2012 2016 AlphaGo 2017 Transformer 2021 AlphaFold2 ChatGPT 2020
生物信息学课程本章主要内容Bioinformatics·第一节：生物信息学编程概述·第二节：Linux系统及编程语言简介（Linux、Python、R）·第三节：数据分析流程搭建（组学“大”数据→知识发现）·第四节：数据库开发基础（生物数据/知识图谱>数据再利用）组学数据教攝共享与第四节格第三节操作JT系统及编程语言（第二节）知识数据库图谱数据存储与管理
7 生物信息学 课程 Bioinformatics 本章主要内容 • 第一节：生物信息学编程概述 • 第二节：Linux系统及编程语言简介（Linux、Python、R） • 第三节：数据分析流程搭建（组学“大”数据 → 知识发现） • 第四节：数据库开发基础（生物数据/知识图谱 → 数据再利用） 操作 系统及 编程语言 （第二节） 组学 数据 知识 图谱 数据 库 第三节 第四节 数据存储与管理
第一节生物信息学编程概述（生物技术与信息技术融合）目录第二节Linux系统及编程语言简介（生物问题>信息表示）数据分析流程搭建第三节（生物数据→知识发现）第四节数据库开发基础（生物数据/知识图谱→数据再利用
目 录 第一节 生物信息学编程概述（生物技术与信息技术融合） 第二节 Linux系统及编程语言简介（生物问题 → 信息表示） 第四节 数据库开发基础（生物数据/知识图谱 → 数据再利用） 第三节 数据分析流程搭建（生物数据 → 知识发现）
生物信息学课程第二节：Linux系统及编程语言简介Bioinformatics生物信息学编程技术：AD·Linux操作系统D·Shell脚本语言?茶·R编程语言·Python编程语言
生物信息学 课程 Bioinformatics 第二节：Linux系统及编程语言简介 生物信息学编程技术： • Linux操作系统 • Shell脚本语言 • R编程语言 • Python编程语言 9