Marmur-Doty Formula lx SSC (0.15 M Nacl+0.015 M Sodium Limonate GC%=30~70% Tm=693+0.41×GC% OD what is meaning 1.185 Evaluation GC%o of DNA 1.0 Tm, tm
Marmur-Doty Formula Evaluation GC% of DNA 1x SSC GC% = 3070% ( 0.15 M Nacl + 0.015 M Sodium Limonate ) Tm1 ＜ Tm2 1.0 ℃ 1.185 1.37 OD what is meaning ? Tm = 69.3 + 0.41 × GC%
●增色效应的跳跃现象( Jump of Hyperchromicity 高分子量的DNA分子在热变性过程中,富含AT区 城首先发生变性,然后逐步扩展,表现增色效应的跳 跃现象,使变形过程加快 richat richat
l 增色效应的跳跃现象( Jump of Hyperchromicity ) 高分子量的DNA分子在热变性过程中, 富含AT区 域首先发生 变性, 然后逐步扩展, 表现增色效应的跳 跃现象, 使变形过程加快. rich AT rich AT
影响Tm值的因素 ☆在A,T,C,G随机分布的情况下 GC%愈高 Tm值愈大 GC%愈低→Tm值愈小 ☆GC%含量相同的情况下 AT形成变性核心,变性加快,Tm值小 碱基排列对Tm值具有明显影响(除变性核心外)
● 影响 Tm值的因素 ☆ 在 A, T, C, G 随机分布的情况下 ☆ GC%含量相同的情况下 GC%愈高 → Tm值愈大 GC%愈低 → Tm 值愈小 AT形成变性核心，变性加快，Tm 值小 碱基排列对Tm值具有明显影响（除变性核心外）
碱基排列对Tm值具有明显影响 5′GC13 5′CG3 CG)n GC n T 5TA3′ 5′「AT13′ AT n TA 37.6℃C 57℃C 碱基堆积面和碱基积压程度的差异 例:常温下,活体内 DS DNA分子中富含AT的变性 核心区( promoter, terminator region) 常表现氢键的断裂与形成的“DNA呼吸现象
5 CG 3 GC n 5 GC 3 CG n 5 TA 3 AT n 5 AT 3 TA n 碱基堆积面和 碱基积压程度的差异 例：常温下，活体内D.S DNA分子中富含AT的变性 核心区（promoter, terminator region ） 常表现氢键的断裂与形成的“DNA呼吸现象” 37.6 ℃ 57 ℃ Tm ＞＞ ＜＜ 碱基排列对Tm值具有明显影响
☆大片段 DS DNA分子之间比较 片段长短对ITm值的影响较小,但与组成和排列相关 ☆小于100bp的 DS DNA分子比较 片段愈短,变性愈快,Tm值愈小 ☆变性液中含有尿素,酰胺等 尿素,酰胺与碱基间形成氢键 改变碱基对间的氢键 Tm值可降至40℃左右
☆ 大片段D.S DNA分子之间比较 片段长短对Tm值的影响较小, 但与组成和排列相关 ☆ 小于100bp 的 D.S DNA分子比较 片段愈短， 变性愈快，Tm值愈小 ☆ 变性液中含有尿素，酰胺等 尿素，酰胺与碱基间形成氢键 改变碱基对间的氢键 Tm 值 可降至40℃左右