第二节：序列比对打分方法 二、打分矩阵 2.1DNA打分矩阵 两个核酸序列的比对较为简单。序列中嘌呤被嘧啶替换或反之，称为 颠换(transversion),如A→C、G→T;嘌呤或嘧啶自己互换称为置换 (transition),如A→G、C→T。可对核苷酸的颠换与置换给予不同的 评分。如果不考虑字母替换，可以用单位矩阵作打分矩阵或取代矩阵， 即令 A A C G 0 2
第二节：序列比对打分方法 1 2 二、打分矩阵 2.1 DNA打分矩阵 两个核酸序列的比对较为简单。序列中嘌呤被嘧啶替换或反之，称为 颠换（transversion），如A→C、G→T；嘌呤或嘧啶自己互换称为置换 （transition），如A→G、C→T。可对核苷酸的颠换与置换给予不同的 评分。如果不考虑字母替换，可以用单位矩阵作打分矩阵或取代矩阵， 即令
第二节：序列比对打分方法 二、打分矩阵 2.1DNA打分矩阵 即令即两个序列中相应的核苷酸相同，计1分；否则计0分。也有用如 下的核酸比对打分矩阵的情况： A C G T A 0.99 0.0033 0.0033 0.0033 C 0.0033 0.99 0.0033 0.0033 G 0.0033 0.0033 0.99 0.0033 T 0.0033 0.0033 0.0033 0.99 如果考虑颠换和置换，可采用以下打分矩阵： A C G T A 0.99 0.006 0.002 0.002 C 0.002 0.99 0.006 0.002 G 0.006 0.002 0.99 0.002 T 0.002 0.006 0.002 0.99 3
第二节：序列比对打分方法 1 3 二、打分矩阵 2.1 DNA打分矩阵 即令即两个序列中相应的核苷酸相同，计1 分；否则计0 分。也有用如 下的核酸比对打分矩阵的情况： 如果考虑颠换和置换，可采用以下打分矩阵：
屋 第二节：序列比对打分方法 二、打分矩阵 2.2氨基酸序列打分矩阵 2.2.1PAM矩阵 (Dayhoff突变数据矩阵) C12 0 2 PAM250矩阵 -2 1 -3 0 A G 3 1 5 N 4 0 0 -5 0 -5 -1 R -4 -5 0 0 M -5 2 一3 2 -2 0 0 -1 -2-2 -6 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 v-2 -1 -2 -2-2 -2-2 -4 一3 一3 -4 -5 -4-6 -5-5 -2-4-5 01 2 -1 9 -3-3 -5 -2 一4一44 0 一4 一4 -2-1-1-2 10 -2 -5 -6-6-7 -4-7-7 -5 -3-1-3 -4-5-2-6 0017 PA G N D E Q 4 IL V 4
第二节：序列比对打分方法 1 4 二、打分矩阵 2.2 氨基酸序列打分矩阵 2.2.1 PAM矩阵（Dayhoff突变数据矩阵） PAM250矩阵