第一节：序列比对相关概念 一、序列比对类型 1.2全局序列比对 给定两个序列A=a1a2..an和B=b1b2.bm,S(i,j)表示两个序列所有比对的 最好分数。在设定初值后可以用以下递归关系计算： 「S(i-1,j-1)+p(a,b) S(i,j)=maxS(i-1,j)+p (a;,) S(i,i-1)+p(-,b〉 式中，p代表比对的评分
第一节：序列比对相关概念 7 一、序列比对类型 1.2 全局序列比对 给定两个序列A＝a1a2…an 和B＝b1b2…bm，S（i，j）表示两个序列所有比对的 最好分数。在设定初值后可以用以下递归关系计算： 式中，p 代表比对的评分
第一节：序列比对相关概念 一、序列比对类型 1.3局部序列比对 局部比对的具体算法与全局比对几乎一样，给定两个序列A=a1a2.…an和B= bb2bm,S(i,j)表示两个序列任何比对的最好分数。在设定初值后可以用 以下递归关系计算： 0 S(i-1,ji-1)+p(a,b） S(i,j)=max S(i-1,j)+p(a4,-） S(i,j-1)+p(-,b) 式中，p代表比对的评分。 8
第一节：序列比对相关概念 8 一、序列比对类型 1.3 局部序列比对 局部比对的具体算法与全局比对几乎一样，给定两个序列A＝a1a2…an 和B＝ b1b2…bm，S（i，j）表示两个序列任何比对的最好分数。在设定初值后可以用 以下递归关系计算： 式中，p 代表比对的评分
第一节：序列比对相关概念 二、相似、同一与同源 2.1相似性、同一性、同源性 相似性(similarity)是指两序列间直接的数量关系，如部分相同、 相似的百分比或其他一些合适的度量。 同一性(identity)是指两序列在同一位点核苷酸或氨基酸残基完全 相同的序列比例。 同源性(homology)是指从某个共同祖先经趋异进化而形成的不同 序列。 9
第一节：序列比对相关概念 9 二、相似、同一与同源 2.1 相似性、同一性、同源性 • 相似性（similarity）是指两序列间直接的数量关系，如部分相同、 相似的百分比或其他一些合适的度量。 • 同一性（identity）是指两序列在同一位点核苷酸或氨基酸残基完全 相同的序列比例。 • 同源性（homology）是指从某个共同祖先经趋异进化而形成的不同 序列
第一节：序列比对相关概念 二、相似、同一与同源 2.2直系同源、旁系同源 直系同源基因 】(orthologous gene)是指在不同物种中有相同功能的 同源基因，它是在物种形成过程中形成的。 旁系同源基因(paralogous gene)是指一个物种内的同源基因。 直系同源基因和旁系同源基因统称为同源基因(homolog)。 0
第一节：序列比对相关概念 1 0 二、相似、同一与同源 2.2 直系同源、旁系同源 • 直系同源基因（orthologous gene）是指在不同物种中有相同功能的 同源基因，它是在物种形成过程中形成的。 • 旁系同源基因（paralogous gene）是指一个物种内的同源基因。 直系同源基因和旁系同源基因统称为同源基因（homolog）
第二节：序列比对打分方法 一、序列比对打分目的 序列分析的目的是揭示核苷酸或氨基酸序列编码的高级结构或功能信 息目的。 二、打分矩阵 稀疏矩阵、相似性打分矩阵 1 1
第二节：序列比对打分方法 1 1 一、序列比对打分目的 序列分析的目的是揭示核苷酸或氨基酸序列编码的高级结构或功能信 息目的。 二、打分矩阵 稀疏矩阵、相似性打分矩阵