生物信息学课程常见生物网络及数据库Bioinformatics完全网络多反应物网络主要反应物网络LUMPATRNMaADP-UDPATPNMaAOPUTPATPNHEMa24ADPOrthophosphateCTP013249O416
生物信息学 课程 Bioinformatics 常见生物网络及数据库 完全网络 多反应物网络 主要反应物网络 16
生物信息学课程常见生物网络及数据库Bioinformatics信号传导通路ChenohresocestianomnnsGroetFactonSuniaFacsorExtraopllar(eg imterteikins(eOTGFA.EGF)(eg.1GF1)Matserotonin,etr.)WNDistHadipshogMEKRAAPYMKCytoita.EPCSTATLTCFie-aCytochrome CBECDKAnGene RegulationCatpaselApoptosiscelFADDProliferatoBic-253BaBasAbnomityFARara17
生物信息学 课程 Bioinformatics 常见生物网络及数据库 信号传导通路 17
生物信息学课程常见生物网络及数据库Bioinformatics口生物信号的传递不仅发生在细胞内部，同样也出现在不同细胞之间口细胞间通讯是生物体调节细胞基本活性、协调细胞活动的信息传递机制根据细胞间的距离可以分为：Delta直接接触（邻分泌通讯）NotchSerrate近距离通讯（旁分泌通讯）proteolysis远距离通讯（内分泌通讯）Hairless自分泌通讯E(spl)18
生物信息学 课程 Bioinformatics 常见生物网络及数据库 生物信号的传递不仅发生在细胞内部，同样也出现在不同细胞之间 细胞间通讯是生物体调节细胞基本活性、协调细胞活动的信息传递机制 根据细胞间的距离可以分为： 直接接触（邻分泌通讯） 近距离通讯（旁分泌通讯） 远距离通讯（内分泌通讯） 自分泌通讯 18
生物信息学课程网络的拓扑属性Bioinformatics口节点v的连通度（degree）是指网络中直接与v相连的边的数目√连通度是描述单一节点的最基本的拓扑性质√对于有向网络往往还要区分边的方向，由节点v发出的边的数目称为节点v的出度，指向节点V的边数则称为节点V的入度口在生物分子网络中，连通度较大的节点往往发挥着重要的作用，可以作为一种重要的指标来识别生物分子网络中的关键节点/中心节点（hub，连通度较高的节点）往往是必需基因或其翻译产物的编码基因它们对于支持生命基本活动至关重要19
生物信息学 课程 Bioinformatics 网络的拓扑属性 节点v的连通度（degree）是指网络中直接与v相连的边的数目 ✓连通度是描述单一节点的最基本的拓扑性质 ✓对于有向网络往往还要区分边的方向，由节点v发出的边的数目称为节点v的出 度，指向节点V的边数则称为节点V的入度 在生物分子网络中，连通度较大的节点往往发挥着重要的作用，可以作 为一种重要的指标来识别生物分子网络中的关键节点 ✓中心节点（hub，连通度较高的节点）往往是必需基因或其翻译产物的编码基因 它们对于支持生命基本活动至关重要 19
生物信息学课程网络的拓扑属性Bioinformatics口网络中聚类系数（clusteringcoefficient，CC）是用来衡量网络中三角关系数量的指标V如果节点v1连接于节点v2，节点v2连接于节点v3，那么节点v3很可能与v1相连接。这种现象被称为三角关系，它体现了部分节点间存在的密集连接性质，口对于无向网络，节点V的聚类系数定义为：2nnCC,=ck(k-1)口对于有向网络，聚类系数定义为：nnCCv=P2kout(kout-1)20
生物信息学 课程 Bioinformatics 网络的拓扑属性 网络中聚类系数（clustering coefficient，CC）是用来衡量网络中三角 关系数量的指标 ✓如果节点v1连接于节点v2，节点v2连接于节点v3，那么节点v3很可能与v1相 连接。这种现象被称为三角关系，它体现了部分节点间存在的密集连接性质。 对于无向网络，节点v的聚类系数定义为： 对于有向网络，聚类系数定义为： 20