1.2主要研究 12.1获取人和各种生物的完整基因组。 大规模测序是基因组研究的最基本任务,它的 每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪 的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与 去除、拼接与组装、填补序列间隙、到重复序 小标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧 密依赖基因组信息学的软件和数据库的
1.2 主要研究内容 z 1.2.1 获取人和各种生物的完整基因组。 大规模测序是基因组研究的最基本任务，它的 每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪 的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与 去除、拼接与组装、填补序列间隙、到重复序 列标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧 密依赖基因组信息学的软件和数据库的
1)高度自动化的实验数据的获得、加工 和整理 如何将实验室中得到的生物学信息转化为计算 机能够处理的数字信息,是生物学的一个重要 课题。 ●体现在各种自动化分子生物学仪器应用上,如 DNA测序仪,PCR仪等。这类仪器将实验所得的 物理化学信号转化为数字信息,并对其作简单 分析,再将分析结果用于实验条件的控制,完 成高度自动化的实验过程
1）高度自动化的实验数据的获得、加工 ）高度自动化的实验数据的获得、加工 和整理 z 如何将实验室中得到的生物学信息转化为计算 如何将实验室中得到的生物学信息转化为计算 机能够处理的数字信息，是生物学的一个重要 机能够处理的数字信息，是生物学的一个重要 课题。 z 体现在各种自动化分子生物学仪器应用上，如 体现在各种自动化分子生物学仪器应用上，如 DNA测序仪，PCR仪等。这类仪器将实验所得的 仪等。这类仪器将实验所得的 物理化学信号转化为数字信息，并对其作简单 物理化学信号转化为数字信息，并对其作简单 分析，再将分析结果用于实验条件的控制，完 分析，再将分析结果用于实验条件的控制，完 成高度自动化的实验过程 成高度自动化的实验过程
2)序列片段的拼接 目前DNA自动测序仪每个反应只能测序500b左右。如 何将这些序列片段拼接成完整的DNA顺序就成为接下来 的一个重要工作。 传统的测序技术通常将克隆进行亚克隆并对亚克隆进 行排序。这些工作需要大量的人力物力。 ●现在生物信息学提供了自动而高速地拼接序列的算 法,不仅避免了亚克隆排序所需的大量繁琐的工作, 还能使序列具有一定的冗余性( redundancy,即一定 数量的重复)以保证序列中每个碱基的准确性
2）序列片段的拼接 ）序列片段的拼接 z 目前DNA自动测序仪每个反应只能测序500bp左右。如 何将这些序列片段拼接成完整的DNA顺序就成为接下来 的一个重要工作。 z 传统的测序技术通常将克隆进行亚克隆并对亚克隆进 行排序。这些工作需要大量的人力物力。 z 现在生物信息学提供了自动而高速地拼接序列的算 法，不仅避免了亚克隆排序所需的大量繁琐的工作， 还能使序列具有一定的冗余性（redundancy，即一定 数量的重复）以保证序列中每个碱基的准确性