PCR扩增示意图40-bpGC-clamp0p2p316SrRNA基因V3变区1536338p416SrDNA
PCR扩增示意图 16S rRNA基因V3变区
PCR扩增产物凝胶电泳图象
PCR扩增产物凝胶电泳图象
电泳方式DGGE有两种电泳形式：垂直电泳和水平电泳。前者是指变性剂梯度的方向和电泳方向垂直；后者是指两个方向是平行的。在分析微生物群落的PCR产物时，一般先用垂直电泳来确定一个大概的变性剂范围或温度范围。垂直电泳时，胶从左到右是变性剂梯度。15
电泳方式 DGGE有两种电泳形式：垂直电泳和水平电泳。前者是指 变性剂梯度的方向和电泳方向垂直；后者是指两个方向是 平行的。 在分析微生物群落的PCR产物时，一般先用垂直电泳来确 定一个大概的变性剂范围或温度范围。垂直电泳时，胶从 左到右是变性剂梯度。 15
DGGEoptimization电泳变性剂浓度变性剂浓度低的一侧，DNA片段是双链形式，因此沿着电泳方向一直迁移。在胶的另一边，由于变性剂浓度高，DNA一进入胶立刻就发生部分解链，因此迁移很慢。在胶的中间，DNA片段有不同程度的解链。在变性剂浓度临界于DNA片段最低的解链区域时，DNA的迁移速率有急剧的变化。因此，DNA片段在垂直胶中染色后呈S形的曲线。根据垂直电泳确定的范围，再用水平电泳来对比分析不同的样品。16
电泳变性剂浓度 变性剂浓度低的一侧，DNA片段是双链形式，因此沿着电 泳方向一直迁移。在胶的另一边，由于变性剂浓度高， DNA一进入胶立刻就发生部分解链，因此迁移很慢。在胶 的中间，DNA片段有不同程度的解链。 在变性剂浓度临界于DNA片段最低的解链区域时，DNA 的迁移速率有急剧的变化。因此，DNA片段在垂直胶中染 色后呈S形的曲线。根据垂直电泳确定的范围，再用水平 电泳来对比分析不同的样品。 16 DGGE optimization
D.desulfuricansPerpendicularDGGEE.coliseparation pattern ofamixtureof PCR-amnlifiedSSDNA16SrDNAfragmentsfromE. coli (Ec) and Ddesulfuricans (Dd),V-011工1Dd25EC35154555%denaturant17
Perpendicular DGGE separation pattern of a mixture of PCR-amplified D. desulfuricans E. coli 16S rDNAfragments from E. coli (Ec) and D. desulfuricans (Dd), 17