2.4指纹图谱技术(DGGE)
2.4 指纹图谱技术（DGGE）
-MicrobialFingerprint MethodscommunityExtracttotalcommunityDNAAmplifybyPCRusing fluorescentlyDNAtaggedprimersAmplify165RNADNA多态性，生物的不genes using generalPCRprimers (forexample,Bacteria-specific)or同个体或种群在DNA结morerestrictiveRestrictionSampleprimers (to targetenzymedigest andendospore-forming1234构上的差异。Bacteria)runongelGelAll16SSamplerRNA以DNA的多态性为基础1234福genesT-RFLPgelSample产生具有高度个体特异1234性的DNA指纹图谱。DifferentDGGEgel16SrRNAExcisebandsgenesandclone16SExciserRNAgenesDGGE, SSCP, T-RFLPbandsSequenceSequenceBacillussubtilisEnv1GenerateGenerateBacilus cereustreefromtreefromresultsresultsBacillusmegateriumusingusingEnv2endospore-endospore-Clostridiumhistolyticumspecificspecificprimers-Env3primers4
Fingerprint Methods DNA多态性，生物的不 同个体或种群在DNA结 构上的差异。 以DNA的多态性为基础， 产生具有高度个体特异 性的DNA指纹图谱。 DGGE, SSCP, T-RFLP, 4
变性梯度凝胶电泳denaturedgradientgelelectrophoresis,DGGE5
变性梯度凝胶电泳 (denatured gradient gel electrophoresis, DGGE) 5
概述变性梯度凝胶电泳（denaturedgradientgelelectrophoresis，DGGE），最初是Lerman等人于20世纪80年代初期发明的，起初主要用来检测DNA片段中的点突变。Muyzer等人在1993年首次将其应用于微生物群落结构研究。后来又发展出其衍生技术，温度梯度凝胶电泳（temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)。此后十年间，该技术被广泛应用于环境微生物学研究的各个领域，目前已经发展成为研究微生物群落结构的常用分子生物学方法之一。6
概述 变性梯度凝胶电泳（denatured gradient gel electrophoresis，DGGE）, 最初 是Lerman等人于20世纪80年代初期发明的，起初主要用来检测DNA片段 中的点突变。Muyzer 等人在1993年首次将其应用于微生物群落结构研究。 后来又发展出其衍生技术，温度梯度凝胶电泳（temperature gradient gel electrophoresis, TGGE)。 此后十年间，该技术被广泛应用于环境微生物学研究的各个领域，目前 已经发展成为研究微生物群落结构的常用分子生物学方法之一。 6
DGGE原理DNA片段的序列组成决定了其解链区域（meltingdomain）和解链行为OAFAOOFSingle strands1.2(meltingbehavior)。Melting一个几百个碱基对的DNA片段一般有几个解链区域，每个解链区域有一段特异1.0Tm=85.0°的碱基组成。当变性剂逐渐增加达到其最低的解链条件时，该区域这一段碱基Doublestrand对发生解链。0.8当变性剂浓度再升高依次达到各其它解72768084889296'C链区域解链条件时，这些区域也依次发生解链，直到双链DNA完全解链。7
DNA片段的序列组成决定了其解链区 域（melting domain）和解链行为 （melting behavior)。 一个几百个碱基对的DNA片段一般有 几 个解链区域，每个解链区域有一段特 异 的碱基组成。当变性剂逐渐增加达到 其 最低的解链条件时，该区域这一段碱 基 对发生解链。 当变性剂浓度再升高依次达到各其它解 链区域解链条件时，这些区域也依次发 生解链，直到双链DNA完全解链。 DGGE原理 7