生物信息学课程101计划转录调控：转录因子结合模体从头发现Bioinformatics基于EM算法的结合模体从头发现>M-步骤：V以E-步骤得到的似然比为权重，计算结合模体各个位置不同碱基得分，得到新的矩阵。7例如，第1、2、5、8个短片段的第一个位置均为C，那么在结合模体第一个位置上C的分数为：T1 = LR1+LR2+LRS+LR8011LRi>选代√将M-步骤得到的新位置频率矩阵作为下一轮E-步骤的输入16√最终位置频率矩阵趋于收敛，即为结合模体
16 生物信息学 课程 Bioinformatics 转录调控：转录因子结合模体从头发现 基于EM算法的结合模体从头发现 ➢ M-步骤： ✓以E-步骤得到的似然比为权重，计算结合模体各个位置不同碱基得分， 得到新的矩阵。 ✓例如，第1、2、5、8个短片段的第一个位置均为C，那么在结合模体第 一个位置上C的分数为： 𝑇1 = 𝐿𝑅1+𝐿𝑅2+𝐿𝑅5+𝐿𝑅8 1 σ1 1 𝐿𝑅𝑖 ➢ 迭代 ✓ 将M-步骤得到的新位置频率矩阵作为下一轮E-步骤的输入 ✓ 最终位置频率矩阵趋于收敛，即为结合模体
生物信息学课程101计划转录调控：转录因子结合模体从头发现Bioinformatics基于EM算法的结合模体从头发现>MEME方法改进了EM算法遍历所有可能的起始矩阵，筛选出来具有统计学显著性的矩阵输入给EM算法，然后通过循环迭代得到最优解VMEME系列软件（https://meme-suite.org/meme）包括网页版和本地版TheMEMESuite17MEME系列软件网页版界面
17 生物信息学 课程 Bioinformatics 转录调控：转录因子结合模体从头发现 基于EM算法的结合模体从头发现 ➢ MEME方法改进了EM算法 ✓遍历所有可能的起始矩阵，筛选出来具有统计学显著性的矩阵输入给EM 算法，然后通过循环迭代得到最优解 ✓ MEME系列软件（https://meme-suite.org/meme）包括网页版和本地版 MEME系列软件网页版界面
生物信息学课程101计划转录调控：转录因子结合模体从头发现Bioinformatics基于吉布斯抽样法的结合模体从头发现>吉布斯抽样法通过随机采样，更新结合模体的位置频率矩阵和在各序列中匹配的位置：V从多条DNA序列中选出一条序列S1，随机从剩余的每条DNA序列选取给定长度为n的片段，得到一个位置频率矩阵V基于上述位置频率矩阵对序列S1的每个长度为n的片段计算似然比V按似然比从序列S1中随机取一段长度为n的片段，更新位置频率矩阵√进行多轮迭代，直至确定结合模体在序列S1上的匹配位置V将序列S1放回，将序列S2取出，进行同样的操作V依次对每一条DNA序列进行如上操作，确定每条序列上结合模体匹配的18位置，并得到结合模体
18 生物信息学 课程 Bioinformatics 转录调控：转录因子结合模体从头发现 基于吉布斯抽样法的结合模体从头发现 ➢吉布斯抽样法通过随机采样，更新结合模体的位置频率矩阵和在 各序列中匹配的位置： ✓从多条DNA序列中选出一条序列S1，随机从剩余的每条DNA序列选取给 定长度为n的片段，得到一个位置频率矩阵 ✓ 基于上述位置频率矩阵对序列S1的每个长度为n的片段计算似然比 ✓ 按似然比从序列S1中随机取一段长度为n的片段，更新位置频率矩阵 ✓ 进行多轮迭代，直至确定结合模体在序列S1上的匹配位置 ✓ 将序列S1放回，将序列S2取出，进行同样的操作 ✓依次对每一条DNA序列进行如上操作，确定每条序列上结合模体匹配的 位置，并得到结合模体
生物信息学课程101计划转录调控：转录因子ChIP-seq数据分析Bioinformatics识别转录因子全基因组结合位点的技术>ChlP-seg是最常用的识别转录因子全基因组结合位点的技术>ChlP-exo具有分辨率高的优势>CUT&RUN具有适用于稀缺样本的优势ChiP-seqChIP-exoCUT&RUN公具冒19识别转录因子全基因组结合位点的代表性方法
19 生物信息学 课程 Bioinformatics 转录调控：转录因子ChIP-seq数据分析 识别转录因子全基因组结合位点的代表性方法 识别转录因子全基因组结合位点的技术 ➢ ChIP-seq是最常用的识别转录因子全基因组结合位点的技术 ➢ ChIP-exo具有分辨率高的优势 ➢ CUT&RUN具有适用于稀缺样本的优势
生物信息学课程101计划转录调控：转录因子ChIP-seq数据分析Bioinformatics转录因子chlP-seq技术原理交联转录因子核小体超声破碎去交联纯化PCR扩增构建文库高通量测序IChlP-seq技术原理20
20 生物信息学 课程 Bioinformatics 转录调控：转录因子ChIP-seq数据分析 转录因子ChIP-seq技术原理 ChIP-seq技术原理 核小体 转录因子 交联 超声破碎 去交联 纯化 构建文库 PCR扩增 高通量测序