Recursion and dynamic programming Applied dynamic programming: global alignments: Needleman-Wunsch Applied dynamic programming: local alignments Smith -Waterman Substitution matrices PAM. blosUM, Gonnet Gaps- linear and affine Alignment statistics
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Outline Multiple Sequence AlignmentCarillo-& Lipman, Clustal(W) Position-Specific Scoring Matrices(PSSM) Information content, Shannon entropy Sequence logos Hidden Markov Models Other approaches: Genetic algorithms, expectation maximization, MEME, Gibbs sampler
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This lecture: Mount pp 1-7, 29-35, 45-48, Next lecture: Mount pp 8-9, 65-89, 96-115, +more TheProteinDataBank(pdb-http.://ww.pdb.org/)isthesingle worldwide repository for the processing and distribution of 3-D biological macromolecular structure data Berman, H. M, J. Westbrook, Z Feng, G. Gilliland, T N. Bhat
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长期以来,各种传统的特殊染色技术、免疫组 织化学、原位杂交等研究方法均建立在常规病理组 织切片基础上,一张玻片上只能载有限的组织做 种测试,仅用于日常临床病理诊断尚可胜任,但要 从事大规模、多样本的科研则费时、费力。自1998 年由 Kononen等叫构建了第一个组织微阵列后,组 织芯片技术得到极大发展,其无疑给病理学研究开 辟了新天地。目前已有大量应用这一技术进行肿瘤 病理学研究的报道,短短数年国内关于运用组 图1b单个组织芯(乳腺浸润性导管癌)HE染色。 织芯片的文章已达126篇之多(截止2004年12 月)9其主要集中于免疫组织化学和原位杂交技 术在组织芯片上对各种不同肿瘤的研究,并充分体 现了该技术高通量( high-throughput)、快速、省时 用途广等优点,同时运用该技术也发现了一些肿瘤 特异性基因产物和与肿瘤生物学行为有关的免疫 标志物。当然在运用该技术时也发现了一些问题
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生物化学可以认为是生命的化学,是研究微生物植物、动物及人体等的化学组成和生命 过程中的化学变化的一门科学 生命是发展的,生命起源、生物进化、人类起源等说明生命是在发展,因此,我们对生命化 学的认识也是在发展之中 现代科学是从15世纪下半叶才开始的:那时,资本主义兴起,自然科学冲破了中世纪封 建宗教的束缚而较快地发展起来:而现代生物化学可以从拉瓦锡研究燃烧和呼吸叙述起,那 是18世纪的下半叶,约相当清乾隆年间 法国的著名化学家拉瓦(Attoine-Laurent- Lavoisier,1431794年曾对农业和工 业的发展作出贡献;他还对街道的照明系统付出了聪明才智,从而导致他钻研燃烧现象,并进 一步研究呼吸作用,也就是不发光的燃烧作用
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NMR supplement The second decade into the third millenium Kurt Wuthrich NMR spectroscopy is one of the principal experimental techniques of structural biology, with abilities to determine atomic resolution structures as well as investigate dynamics and intermolecular interactions of
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nature publishing group http://structbio.nature.com news and views Department of Biological Sciences. chem.276146-116200 Columbia University, New York, New York 6. Chen,.. Sharma, 5. Quiocho, F.A. Davidson. A.L. 15. Jones. P.M. George. A.M. FEMS Microbiol. Lett
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MACINETIC RESONANCE ELSEVIER Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy 32(1998)287-387 The use of nmr methods for conformational studies of nucleic acids Sybren S. Wijmenga*, Bernd N M. van Buuren Umed University, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, S 90187 Umed, Sweden
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SPE'TROSCO)Y LSI in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy 32(1998)193-275 Technical aspects of nmr spectroscopy with biological macromolecules and studies of hydration in solution erhard Wider Institut fur Molekularbiologie und Biophysik, Eidgenossische Technische Hochschule, Honggerberg, CH-8093 Zurich, Switzerland
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NMR spectroscopy in structure-based drug design Gordon CK Roberts NMR methods for the study of motion in proteins continue Structure and dynamics of the binding site improve, and a n d complexes Methodological developments in NMR of macromolecules relevant to drug design
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