WigChe'4 Group of Bioinformatics @College of Life Science,Zhejiang University 00M八 5.非编码RNA的注释 一▣X tp://wwwnoncode.org P-C￡NONCODE 个★可 文件份组日查看M收夹（内工具（①帮助刊 ONCODE An integrated knowledge database dedicated to ncitNAs.especiatly incRNAs Home Browse DB Search 下unction Disease Coaservation Blast Genome NETWATCH ID conversion ILneRNA Dowalead Statistles Authors FAQ Science NCM NONCODE (current version v5.0)is an integrated knowledge database dedicated to non-coding News RNAs(excluding tRNAs and rRNAs).Now,there are 17 species in NONCODE(human,mouse,cow, rat,chicken fruitfly,zebrafish,celegans,yeast). 65Gp2017 NONCCOE ha updated to NONCOGEV5 NONCODE2016 webute has been moved to http://www.biainta.crq/NONCODE2116 Search a gene/transcript,eg.NONHSAG0001482 Search 6Apr2017 NONCOOE has been maintained foe lump to section for this gene/transcript several days 23Dec2016 Nw Species plg was added to NONCODE Allases Crthologs Function Dsease 31u02015 线125%， 里s0·1”a 1.NONCODE数据库：http:lwww.noncode.orgl 2. 17个物种ncRNA信息（人、小鼠、牛、大鼠、鸡、果蝇、斑马鱼、线 虫、酵母、拟南芥、黑猩猩等) 3. ncRNA定位、序列、表达谱、外泌体表达谱、保守信息、功能预测、 疾病关联、RNA结构，以及Blast分析和LncRNA鉴定 6
5. 非编码RNA的注释 Ming Chen’s Group of Bioinformatics @College of Life Science, Zhejiang University 6 1. NONCODE数据库：http://www.noncode.org/ 2. 17个物种ncRNA信息（人、小鼠、牛、大鼠、鸡、果蝇、斑马鱼、线 虫、酵母、拟南芥、黑猩猩等） 3. ncRNA 定位、序列、表达谱、外泌体表达谱、保守信息、功能预测、 疾病关联、RNA结构，以及Blast分析和LncRNA鉴定
Winsg Che'4 Group of Bioinformatics @College of Life Science,Zhejiang University RNA基因 niRNA基因 000八 6.1 miRNA →RNA聚合D 一RNA聚合酶I1 转录 (1)内源性21-25nt小RNA niRNA初始转录物 niRNA初始转录物 S正所白 Drosha蛋白 m7G AAAAAA AAAAAA 一DCLI蛋白 m7G o- (2)前体具有发夹结构 DGCR界蛋自 奶级加工 初极加如工 果继中Ph蛋自 1NA前体 DCLI蛋白 (3)通过与Ago蛋白结合， miRNA前体 一HYLI蛋白 特异性调控基因的表达。 Exportin 5-RanGTP 二次加了 蛋白 (4)动物(a)和植物(b) 细胞核 HENI蛋白 miRNA的生物合成路径 细麻断 甲基化 AG014蛋白 (5)植物中，miRNA与靶 Dicer蛋白 IASY蛋白 果第中AGO1蛋自 果绳中Dicer 1蛋门 基因互补性高，指导AGO蛋 TRBP or PACT蛋白 果解中10QS蛋百 坛输 白切割靶基因mRNA;动物 二次加工 细响核 中互补性低，主要引起靶基 miRNA:miRNA°三案体 细胞质 AGO4雀白 因mRNA翻译抑制。 Dicer蛋直 果编中AG01蛋自 miRNA:miRNA◆二聚体 果中Dir1领白 解旋？ TRBP or PACT蛋白 解旋南？ 果蝇中400S蛋百 AGO蛋白 (6)一个miRNA可以调控多 个靶基因，一个基因也可以 -AGO1-4蛋白 AGO蛋白 被多个miRNA调控。 miRNA- 果蝇中10QS蛋自 miRNA- 复合物中成熟的■NA 复合物中成熟的iRNA
6. 1 miRNA Ming Chen’s Group of Bioinformatics @College of Life Science, Zhejiang University 7 （ 1）内源性21 -25 nt 小RNA （ 2）前体具有发夹结构 （ 3）通过与Ago蛋白结合， 特异性调控基因的表达。 （4）动物（a）和植物（ b ） miRNA的生物合成路径 （5）植物中， miRNA与靶 基因互补性高，指导AGO 蛋 白切割靶基因mRNA；动物 中互补性低，主要引起靶基 因mRNA翻译抑制。 （6）一个miRNA可以调控多 个靶基因，一个基因也可以 被多个miRNA调控
WigChe'4 Group of Bioinformatics @College of Life Science,Zhejiang University 000八 6.2 miRNA的生物信息学分析方法 mOmm miRBase miRBase MANCHETER Home Search Browse Help Download Blog Submit Latest miRBase blog posts miRNA count:28645 entries Dym0h3,2314 Release 21:June 2014 a last-gasp bug.Thoe data are now,tagged with the label "high"on the entry pages,and for a甘he FTP che.Thet国number of tin lb2 ed "hich confidence"hss increanod】 Search by miRNA name or keyword niRBase 21 fnally arrivits oysem [June2饭Z01d Go Exampie oogies for the longet-than-Nl.hRB力各fo指ilnble on the web,,all tata avelable for download on he FTP site.As usal,the release notes descrbe the mere chenges.of partinur note this tme.the Gencme Raference Download published miRNA data Download page I EIP ste miRBase:the microRNA database Twests by鱼nl由ae miRBase provides the following services: The miRBase database is a searchable database of published miRNA sequences and annotation,Each entry in the miRBase Sequence database represents a predicted hairpin portion of a miRNA transcript(termed mir in the database),with information on the location and sequence of the mature miRNA secuence (termed miR).Both hairpin and mature sequences are avallable for searching and browsing,and entries can also be retrieved by name,keyword,references and annotation.All sequence and annotation data are also available for download. The miRBase Registry provides miRNA gene hunters with unique names for novel miRNA genes prior to publication of resuits.Visit the help (1)获取miRNA的序列信息： miRNA权威数据库：miRBase(http:www.mirbase.org) 21.0版，涵盖223物种，包含28645条miRNA发夹前体，35828 条成熟miRNA。 6
6.2 miRNA的生物信息学分析方法 Ming Chen’s Group of Bioinformatics @College of Life Science, Zhejiang University 8 （1）获取miRNA的序列信息： miRNA 权威数据库：miRBase (http://www.mirbase.org/） 21.0版，涵盖223物种，包含28645条miRNA发夹前体，35828 条成熟miRNA
Wing Che'4 Group of Bioinformatics @College of Life Science,Zhejiang University 00八 (②)miRNA新基因的预测和鉴定 前体具有典型的发夹结构 能找到miRNA/miRNA*二聚中间体 在AGO蛋白中富集 Dicer或DCL1酶加工依赖性 9
(2) miRNA 新基因的预测和鉴定 Ming Chen’s Group of Bioinformatics @College of Life Science, Zhejiang University 9 前体具有典型的发夹结构 能找到miRNA/miRNA*二聚中间体 在AGO蛋白中富集 Dicer 或DCL1酶加工依赖性