南3.能量的比较必须采用相同的计算方法和模型CH43-21G6-31G6-31G*6-311++g(3df,2pd)HF-39.9766-40.1802-40.1949-40.2126B3LYP-40.3016-40.5107-40.5184-40.5375MP2-40.0755-40.2791-40.3325-40.4116QCISD-40.4320AM1-0.01304PM3-0.0206511111111111111111《量子化学》第六章计算化学
《量子化学》第六章 计算化学 CH4 3-21G 6-31G 6-31G* 6-311++g(3df,2pd) HF -39.9766 -40.1802 -40.1949 -40.2126 B3LYP -40.3016 -40.5107 -40.5184 -40.5375 MP2 -40.0755 -40.2791 -40.3325 -40.4116 QCISD -40.4320 AM1 -0.01304 PM3 -0.02065 3. 能量的比较必须采用相同的计算方法和模型 11111111111111111
南赢构象搜索能量局部极小点全局极小点构象空间对于给定的分子，最低能量构象非常重要，因为在各种可能构象中，最低能量构象在所有可能出现的构象中，占有最大的比例。11111111111111111《量子化学》第六章计算化学
《量子化学》第六章 计算化学 构象空间 能 量 全局极小点 局部极小点 A B C D E F G 构象搜索 对于给定的分子，最低能量构象非常重要，因为在各种可能构象中，最低能量构象在 所有可能出现的构象中，占有最大的比例。 11111111111111111
南鼎网格法（GridSearches)网格搜索模型简单，计算量巨大随机搜索（RandomSearches)理论上只要搜索足够的数目，可以得到全局极小Conformation SpaceConformation Space11111111111111111《量子化学》第六章计算化学
《量子化学》第六章 计算化学 • 网格法(Grid Searches) 网格搜索模型简单，计算量巨大 • 随机搜索(Random Searches) 理论上只要搜索足够的数目，可以得到全局极小 Conformation Space E Conformation Space E 11111111111111111
南凰MonteCarloSearchesMC搜索比网格搜索更容易找到低能构象，得到的是近似的优化解但对大分子来说非常困难。Conformation SpaceMolecularDynamicsSimulation SearchesMID构象搜索在相同的时间，比MC效率更高ConformationSpace11111111111111111《量子化学》第六章计算化学
《量子化学》第六章 计算化学 Conformation Space E • Monte Carlo Searches MC搜索比网格搜索更容易 找到低能构象，得到的是近 似的优化解但对大分子来说 非常困难。 Conformation Space E • Molecular Dynamics Simulation Searches MD构象搜索在相同的时间， 比MC效率更高 11111111111111111
CYSSERPROGLYILETRPGLNLEUASPCYSTHRHISLEUGLUGLYLYSVALILELEUVALALAVALHISVALALASERGLYTYRILE南凰RecommandGLUALAGLUVALILEPROALAGLUTHRGLYGLNGLUTHRALATYRPHELEULEULYSLEUALAGLYARGTRPPROVALLYSTHR序列to the largest molecular systems:VALHISTHRASPASNGLYSERASNPHETHRSERTHRTHRVALLYSALAALACYSGIGLNGLUPHEGLYILEPROTYRASNPROGLNSERGLNGLYHomology-based startingVALILEGLUSERMEIASNLYSGLULEUILEILEGLYGLNVALARGASPGLNVSTVstructuresALAGLUHISLEULYSTHRALAVALGLNMETALAVALPHEILEHISASNLYSLYSARGLYSGLYGLYILEGLYGLYTYRSERALAGLYDistance-geometry algorithmsGLUARGILEVALASPILEILEALATHRASPILEGLNFragment-basedalgorithms非常困难Chain growth algorithms whereapplicableRule-based systemsGenetic algorithmsSimulated annealingMonte Carlo algorithmsGrid searchesX衍射(或中子衍射)11111111111111111《量子化学》第六章计算化学
《量子化学》第六章 计算化学 Recommand to the largest molecular systems: • Homology-based starting structures • Distance-geometry algorithms • Fragment-based algorithms • Chain growth algorithms where applicable • Rule-based systems • Genetic algorithms • Simulated annealing • Monte Carlo algorithms • Grid searches CYS SER PRO GLY ILE TRP GLN LEU ASP CYS THR HIS LEU GLU GLY LYS VAL ILE LEU VAL ALA VAL HIS VAL ALA SER GLY TYR ILE GLU ALA GLU VAL ILE PRO ALA GLU THR GLY GLN GLU THR ALA TYR PHE LEU LEU LYS LEU ALA GLY ARG TRP PRO VAL LYS THR VAL HIS THR ASP ASN GLY SER ASN PHE THR SER THR THR VAL LYS ALA ALA CYS GLU TRP GLY GLY ILE LYS GLN GLU PHE GLY ILE PRO TYR ASN PRO GLN SER GLN GLY VAL ILE GLU SER MET ASN LYS GLU LEU LYS LYS ILE ILE GLY GLN VAL ARG ASP GLN ALA GLU HIS LEU LYS THR ALA VAL GLN MET ALA VAL PHE ILE HIS ASN LYS LYS ARG LYS GLY GLY ILE GLY GLY TYR SER ALA GLY GLU ARG ILE VAL ASP ILE ILE ALA THR ASP ILE GLN X衍射(或中子衍射) 非常困难 序列 11111111111111111