公共数据库与专业数据库 000 公共数据库中大多数的蛋白质序列是将核酸序列中的编码序列区域 (coding sequence region,CDS)进行蛋白质翻译后，通过后续的 些计算分析（如利用BLAST进行序列相似性分析），主观人为地为序 列加上蛋白质产物名称及功能注释。也就是说，它们不是通过实验 来确定的。例如：UniProt下属的KnowledgeBase数据库，是由众多 蛋白质专家人工校正注释的高质量Swiss-Prot和由计算预测得到各种 蛋白质功能信息的TrEMBL两部分组成，是目前最大的二级蛋白质序 列数据库。 专业数据库被开发出来以满足不同生物学研究团体对特定类型信息 的需求。例如，专门研究小RNA的数据库或专门存储基因表达谱数 据的数据库，以及专门为果蝇、线虫、拟南芥等基因组研究提供各 类信息的专业数据库等
公共数据库与专业数据库 7 • 公共数据库中大多数的蛋白质序列是将核酸序列中的编码序列区域 （coding sequence region，CDS）进行蛋白质翻译后，通过后续的一 些计算分析（如利用BLAST 进行序列相似性分析），主观人为地为序 列加上蛋白质产物名称及功能注释。也就是说，它们不是通过实验 来确定的。例如：UniProt下属的KnowledgeBase数据库，是由众多 蛋白质专家人工校正注释的高质量Swiss-Prot和由计算预测得到各种 蛋白质功能信息的TrEMBL两部分组成，是目前最大的二级蛋白质序 列数据库。 • 专业数据库被开发出来以满足不同生物学研究团体对特定类型信息 的需求。例如，专门研究小RNA 的数据库或专门存储基因表达谱数 据的数据库，以及专门为果蝇、线虫、拟南芥等基因组研究提供各 类信息的专业数据库等
(二)如何查找与研究相关的生物学资源 000 ·利用公共搜索引擎 ·了解重要的生物信息学门户站点 ·利用Nucleic Acid Research杂志每年的数据库专辑/网络服 务器专辑 Nucleic Acids Research ORLMIE排D41AA55LU车ANUAR行意0期 @⑤ Nucleic Acid Research Database Issue 2020 OXFORD Open Access 8
（二）如何查找与研究相关的生物学资源 8 • 利用公共搜索引擎 • 了解重要的生物信息学门户站点 • 利用Nucleic Acid Research 杂志每年的数据库专辑/ 网络服 务器专辑 Nucleic Acid Research Database Issue 2020
四、重要的生物信息站点 000队 ·NCBI一一美国国家生物技术信息中心 ·EB1一一欧洲生物信息研究所 ·EMBnet-一一欧洲分子生物学信息网络 ·NGDC一一国家基因组科学数据中心（国家生物信息中心） 9
四、重要的生物信息站点 9 • NCBI——美国国家生物技术信息中心 • EBI——欧洲生物信息研究所 • EMBnet——欧洲分子生物学信息网络 • NGDC ——国家基因组科学数据中心（国家生物信息中心）
(-)NCBI 000 NCBI (National Center for Biotechnology Information, http:/www.ncbi.nlm.nih.gov）建立于1988年11月4日，隶属于美国 国立卫生研究院(National Institutes of Health,NIH)的美国国家医 学图书馆(National Library of Medicine,NLM),主要任务是创建公 共可接入数据库，引导在计算生物学及基因组数据分析方面的软件 开发，同时发布各类生物医学信息。 NCBI的数据资源主要包括数据库、数据下载、数据提交及分析工具4 个部分，每个部分的资源都有更为细致的分类 National Library of Medicine Waleome to NCBI 重 eve NCBI主页 0
1 0 • NCBI（National Center for Biotechnology Information， http://www.ncbi.nlm.nih.gov）建立于1988 年11 月4 日，隶属于美国 国立卫生研究院（National Institutes of Health，NIH）的美国国家医 学图书馆（National Library of Medicine，NLM），主要任务是创建公 共可接入数据库，引导在计算生物学及基因组数据分析方面的软件 开发，同时发布各类生物医学信息。 • NCBI 的数据资源主要包括数据库、数据下载、数据提交及分析工具4 个部分，每个部分的资源都有更为细致的分类。 NCBI 主页 （一）NCBI
(二)EBI 000 ● EBI (European Bioinformatics Institute,http://www.ebi.ac.uk) ,是隶 属于欧洲分子生物学研究室(EMBL)的一个非营利性的学术机构， 专门从事生物信息学方面的研究与服务。EB1的主要任务包括为科研 团体免费提供数据及生物信息学服务；从生物信息学的角度为推动 特定科研项目的发展作出努力，为各阶层的科研人员提供高级生物 信息学培训，以及帮助向工业界发布最新技术等。EB1的网站在数据 规模和承担的任务方面都与NCBI相当，而全部资源及工具则显示在 其Services A to Z页面(http:/www.ebi.ac.uk/services/all)中。 EMDE'European Bioinformatics Institute EMBL-EBI Unleashing the potential of big data in blology Find a gene,protoin or chemical Search Find data resources Submit data● Explore our research Train with us EBI主页 11
（二）EBI 11 • EBI（European Bioinformatics Institute，http://www.ebi.ac.uk），是隶 属于欧洲分子生物学研究室（EMBL）的一个非营利性的学术机构， 专门从事生物信息学方面的研究与服务。EBI 的主要任务包括为科研 团体免费提供数据及生物信息学服务；从生物信息学的角度为推动 特定科研项目的发展作出努力，为各阶层的科研人员提供高级生物 信息学培训，以及帮助向工业界发布最新技术等。EBI 的网站在数据 规模和承担的任务方面都与NCBI 相当，而全部资源及工具则显示在 其Services A to Z 页面（http://www.ebi.ac.uk/services/all）中。 EBI主页