(二)有根树和无根树 a 树根 b 1 A 2 1 2 3 o 3 A B D DO
（二）有根树和无根树
(三)物种树和基因/蛋白树 真核生物域 细菌域 古生菌域 动物 真菌 植物 其他细菌 蓝细菌 嗜泉古细菌 朊细菌 广域古细菌 公薄类 纤毛虫 生叶绿体的细菌 其他单细胞 生线粒体的细菌 真核生物 初生古生菌 超嗜热细菌 共同祖先 图9-2 生命系统树
（三）物种树和基因/蛋白树
第二节分子系统发育树的构建方法 利用生物大分子数据重建系统进化树，目前最常用 的有4种方法，即距离法、最大简约法、最大似然法 和贝叶斯法，其中，最大简约法主要适用于序列相 似性很高的情况；距离法在序列具有比较高的相似 性时适用；最大似然法和贝叶斯法可用于任何相关 的数据序列集合。从计算速度来看，距离法的计算 速度最快，其次是最大简约法和贝叶斯方法，然后 是最大似然法
第二节 分子系统发育树的构建方法 利用生物大分子数据重建系统进化树，目前最常用 的有4种方法，即距离法、最大简约法、最大似然法 和贝叶斯法，其中，最大简约法主要适用于序列相 似性很高的情况；距离法在序列具有比较高的相似 性时适用；最大似然法和贝叶斯法可用于任何相关 的数据序列集合。从计算速度来看，距离法的计算 速度最快，其次是最大简约法和贝叶斯方法，然后 是最大似然法
一、基于距离的系统发育树构建方法 (一)非加权分组平均法 UPGMA:主要适用于在基因替代速率恒定时，尤其是 用基因频率数据来构建分子系统发育树时
一、基于距离的系统发育树构建方法 （一）非加权分组平均法 UPGMA主要适用于在基因替代速率恒定时，尤其是 用基因频率数据来构建分子系统发育树时
1、算法 序列1 序列2 序列3 序列4 序列2 d 序列3 di d23 序列4 du d24 d34 序列5 dis d2s das d45 集合( 序列3 序列4 序列3 dn 序列4 di d2s 序列5 dis d35 d45
1、算法