4.计算化学软件的一般功能口建立和显示分子结构口优化分子构型口研究分子的反应性(如从轨道能量、组合系数、节点性质等根据前线轨道理论研究分子不同取代基的相对反应性、反应选择性以及亲核、亲电试剂的反应位置等)口计算产生和显示分子轨道、电荷分布、静电势图等口估计化学反应途径和机理1口研究分子的动态性质口研究分子的结构-性质(活性)关系(QSPR/QSAR)5. 应用制药、材料口可以预测尚未合成的化合物的性质生命科学口可用于更全面地了解分子的性质口最终目的是设计
4. 计算化学软件的一般功能: ❑ 建立和显示分子结构 ❑ 优化分子构型 ❑ 研究分子的反应性(如从轨道能量、组合系数、节点性质等根据前线轨道 理论研究分子不同取代基的相对反应性、反应选择性以及亲核、亲电试 剂的反应位置等) ❑ 计算产生和显示分子轨道、电荷分布、静电势图等 ❑ 估计化学反应途径和机理 ❑ 研究分子的动态性质 ❑ 研究分子的结构-性质(活性)关系(QSPR/QSAR) 5. 应用 ❑ 可以预测尚未合成的化合物的性质 制药、材料 ❑ 可用于更全面地了解分子的性质 生命科学 ❑ 最终目的是设计
PC常用分子模拟软件http://gaussian.com/Gaussian 03 Gauss View3.x,4.x.Gaussian 09 Gauss View5.xGaussian16GaussView6.xCl.Gsussian 16 Revision A.03 WIN64File Process. Uilties View. Help信KDOXSEUARO+3-PXBDE.Dax43Active Job:OuputFieC-duldw.).:AddponalStep330G16Wi502exeisprocesinProgest:@ GTNn) Uub -1:M11 Clob a2-CledrerieSeedrnoulot8.8221218.681548086256lB.999735xpmin=4.93D-82Expak-8.24D-B4ExpMxC-1.24D+841coUV-Vis SpectrumNarris functianal usth lExCor-482and1HadAna46, 000HarPok.TExBnccbe30.001Ra41000m0.ECEDT:BtScaDFK-1898981829881BE16,060Fa.0FIFPlag*BFHFlag8FMEINL1000ut30,90,B DoJE-t BrapBP-f KetDIF-T PulRan-T0NFxF1gB.B1Cnp158010gc1-25,000011CentMAtn1NMatTINMatDeINHNMats20.0002sed In PooPecte lisEa415,00Hs denaltynatrlx-d.Bab-B88within128stednatrix-1.BaD-0atesmxdensityonergenot16; 000energy-1.nnD-0fted5,000if energy plaesongiaTactionL180200500100TedFavelength (nn)heratvelySoling theSel-ConsistentFieid EqastonsEacitedstate1,SingletWeleng (402OlatorSength.8744elaeSeledAlon
PC常用分子模拟软件 • Gaussian 03 Gauss View 3.x, 4.x • Gaussian 09 Gauss View 5.x • Gaussian 16 Gauss View 6.x http://gaussian.com/
HyperChemProfessional8.010http://www.hyper.com/GAMESS ver. September 30,2023R2Freehttp:/www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/PC GAMESS/Fireflyversion 8.2.0http:/classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.htmlNWChem 6.8.1 FreeNWCHEMhttp://www.nwchem-sw.orgMaterialsStudio图形计算平台,密度泛函,分子,溶剂,材料InsightⅡI图形计算平台,生物分子SchrodingerSuite图形计算平台SYBYL图形计算平台
• HyperChem Professional 8.010 http://www.hyper.com/ • GAMESS ver. September 30, 2023 R2 Free http://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/ • PC GAMESS/Firefly version 8.2.0 http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html • NWChem 6.8.1 Free http://www.nwchem-sw.org • Materials Studio 图形计算平台,密度泛函,分子,溶剂,材料 • Insight II 图形计算平台,生物分子 • Schrödinger Suite 图形计算平台 • SYBYL 图形计算平台
GROMACS2025.2TINKER25.2FreeFreehttp://dasher.wustledu/tinker/http://www.gromacs.org/FASTFLEXIBLEFREEGROMACSAMBER24FreeNAMD 3.0.1http://ambermd.org/http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
GROMACS 2025.2 Free http://www.gromacs.org/ TINKER 25.2 Free http://dasher.wustl.edu/tinker/ AMBER 24 http://ambermd.org/ NAMD 3.0.1 Free http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
ADF密度泛函,分子,溶剂,周期体系,相对论,图形用户界面AIM2000分子中的原子,图形用户界面AMPAC半经验方法,图形用户界面Q-CHEMArgusLab从头计算,半经验方法,分子力学,图形用户界面CHARMM分子力学,蒙特卡罗CRYSTAL从头计算,密度泛函,周期体系DMoI密度泛函,分子,周期体系Jaguar从头计算,密度泛函,分子,溶剂Stci 4.0MOLPRO从头计算,密度泛函PCMODEL半经验方法,分子力学,图形用户界面TheCompletePyMol分子模型显示PredlctlveSclenceSolutionforDrugDiscoveryQ-Chem从头计算,密度泛函,分子,溶剂Spartan从头计算,密度泛函,半经验方法。蒙特卡罗,分子力学,图形用户界面,分子,溶剂?VASP(VAMIP)密度泛函,分子动力学,质势,平面波,材料REGISTERFORWEBINARDiscoveryStudioQSAR,图形用户界面邹文利(Zork)量子化学软件中文网http://qchem.pw/
ADF密度泛函,分子,溶剂,周期体系,相对论,图形用户界面 AIM2000 分子中的原子,图形用户界面 AMPAC 半经验方法,图形用户界面 ArgusLab 从头计算,半经验方法,分子力学,图形用户界面 CHARMM 分子力学,蒙特卡罗 CRYSTAL 从头计算,密度泛函,周期体系 DMol 密度泛函,分子,周期体系 Jaguar 从头计算,密度泛函,分子,溶剂 MOLPRO 从头计算,密度泛函 PCMODEL 半经验方法,分子力学,图形用户界面 PyMol 分子模型显示 Q-Chem 从头计算,密度泛函,分子,溶剂 Spartan 从头计算,密度泛函,半经验方法, 蒙特卡罗,分子力学,图形用户界面,分子,溶剂 VASP (VAMP) 密度泛函,分子动力学,赝势,平面波,材料 Discovery Studio QSAR,图形用户界面 邹文利(Zork) 量子化学软件中文网 http://qchem.pw/