2.作为进化标尺的生物大分子的选择原则 1)在所需研究的种群范围内，它必须是普遍存的。 2)在所有物种中该分子的功能是相同的。 3)为了鉴定大分子序列的同源位置或同源区，要求所 选择的分子序列必须能严格线性排列，以便进行进 一步的分析比较。 4)分子上序列的改变（突变）频率应与进化的测量尺 度相适应。 大量的资料表明：功能重要的大分子、或者大分子中功能重要 的区域，比功能不重要的分子或分子区域进化变化速度低
2. 作为进化标尺的生物大分子的选择原则 1）在所需研究的种群范围内，它必须是普遍存的。 2）在所有物种中该分子的功能是相同的。 3）为了鉴定大分子序列的同源位置或同源区，要求所 选择的分子序列必须能严格线性排列，以便进行进 一步的分析比较。 4）分子上序列的改变（突变）频率应与进化的测量尺 度相适应。 大量的资料表明：功能重要的大分子、或者大分子中功能重要 的区域，比功能不重要的分子或分子区域进化变化速度低
二、RNA作为进化的指征 16 S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺” 1)rRNA具有重要且恒定的生理功能； 2)在16SRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度 保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的 各类生物亲缘关系的研究： 3)16 SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； 4)rRNA在细胞中含量大（约占细胞中RNA的906，也易于提取； 5)16SRNA普遍存在于真核生物和原核生物中（真核生物中其同 源分子是18SRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具
二、RNA作为进化的指征 16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”： 1）rRNA具有重要且恒定的生理功能； 2）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度 保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的 各类生物亲缘关系的研究； 3）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； 4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取； 5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具
三、rRNA和系统发育树 1.rRNA的顺序和进化 培养微生物 提取并纯化rRNA rRNA序列测定 分析比较 微生物之间的系统发育关系
三、rRNA和系统发育树 1. rRNA的顺序和进化 培养微生物 提取并纯化rRNA rRNA序列测定 分析比较 微生物之间的系统发育关系
2.特征序列或序列印记(signature sequence) 通过对rRNA全序列资料的分析比较（特别是采用 计算机)发现的在不同种群水平上的特异特征性寡 核苷酸序列，或在某些特定的序列位点上出现的单 碱基印记。 特征序列有助于迅速确定某种微生物的 分类归属，或建立新的分类单位
2. 特征序列或序列印记（signature sequence） 通过对r RNA全序列资料的分析比较（特别是采用 计算机）发现的在不同种群水平上的特异特征性寡 核苷酸序列，或在某些特定的序列位点上出现的单 碱基印记。 特征序列有助于迅速确定某种微生物的 分类归属，或建立新的分类单位
3.系统发育树(phylogenetic tree)) 通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为 分子系统树，其特点是用一种树状分枝的图型来概括各 种（类）生物之间的亲缘关系。 图型中，分枝的末端和分枝的连结点称为结(node), 代表生物类群，分枝末端的结代表仍生存的种类。系 统树可能有时间比例，或者用两个结之间的分枝长度 变化来表示分子序列的差异数值
3. 系统发育树(phylogenetic tree) 通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为 分子系统树，其特点是用一种树状分枝的图型来概括各 种(类)生物之间的亲缘关系。 图型中，分枝的末端和分枝的连结点称为结(node)， 代表生物类群，分枝末端的结代表仍生存的种类。系 统树可能有时间比例，或者用两个结之间的分枝长度 变化来表示分子序列的差异数值