Seurat分析1oxVisium数据(5）空间转录组数据根据组织切片取子集：先选择cluster的子集，然后可以根据空间位置进行进一步细分cortex<-subset(cortex, anterior1_imagerow>275 &cortex<-subset(brain,idents=c(1,2,3,4, 6,7))anterior1 imagecol > 370, invert = TRUE)col1501row400cortex <- subset(cortex, anterior1 imagerow> 4eecortex<-subset(cortex,anterior1 imagerow > 25o &anterior1 imagecol <15e,invert =TRUE)anteriorl imagecol > 44, invert =TRUE):2>上节回顾》空间转录组数据分析单细胞ATAC数据分析单细胞甲基化数据分析
Seurat 分析 10X Visium 数据 上节回顾 空间转录组数据分析 单细胞ATAC数据分析 单细胞甲基化数据分析 （5）空间转录组数据根据组织切片取子集：先选择cluster的子集，然后可以根据空间位置进行进一步细分 cortex <- subset(brain, idents = c(1, 2, 3, 4, 6, 7)) cortex <- subset(cortex, anterior1_imagerow > 400 | anterior1_imagecol < 150, invert = TRUE) cortex <- subset(cortex, anterior1_imagerow > 275 & anterior1_imagecol > 370, invert = TRUE) cortex <- subset(cortex, anterior1_imagerow > 250 & anterior1_imagecol > 440, invert = TRUE) 0 col150 row400
Seurat分析10xVisium数据（6）多张芯片数据整合：小鼠大脑的多张切片整合前后脑两张切片：分别SCT标准化之后merge整合，之后降维、聚类、可视化identorig.identantenorPoigtenor!UMAP_1UMAP_上节回顾单细胞ATAC数据分析单细胞甲基化数据分析空间转录组数据分析
Seurat 分析 10X Visium 数据 上节回顾 空间转录组数据分析 单细胞ATAC数据分析 单细胞甲基化数据分析 （6）多张芯片数据整合：小鼠大脑的多张切片 • 整合前后脑两张切片：分别SCT标准化之后merge整合，之后降维、聚类、可视化