系统发生树有许多形式：可能是有根树 (rooted tree),也可能是无根树(unrooted tree); 可能是一般的树，也可能是二叉树；可能是有 权值的树（或标度树，scaled tree,树中标明分 支的长度)，也可能是无权值树（或非标度树 ,unscaled tree)。在有权值的树中，分支的长 度（或权值）一般与分类单元之间的变化成正 理 与生 比，它是关于生物进化时间或者遗传距离的一 种度量形式。一般假设存在一个分子钟，进化 的速率恒定。 院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 21
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 21 系统发生树有许多形式：可能是有根树 (rooted tree)，也可能是无根树（unrooted tree)； 可能是一般的树，也可能是二叉树；可能是有 权值的树（或标度树，scaled tree，树中标明分 支的长度），也可能是无权值树（或非标度树 ，unscaled tree）。在有权值的树中，分支的长 度（或权值）一般与分类单元之间的变化成正 比，它是关于生物进化时间或者遗传距离的一 种度量形式。一般假设存在一个分子钟，进化 的速率恒定
6.1.2.1类群 l、祖先类群(ancestral group) 如果一个类群（物种）至少有一个子裔类 群，这个原始的类群就称为祖先类群。 2、单系类群(monophyletic group) 包含一个祖先类群所有子裔的群组称为 单系类群，其成员间存在共同祖先关系。 数理与生物工程学 2025/5/27 BIOINFORMATICS 22
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 22 6.1.2.1 类群 1、祖先类群(ancestral group) 如果一个类群(物种)至少有一个子裔类 群，这个原始的类群就称为祖先类群。 2、单系类群(monophyletic group) 包含一个祖先类群所有子裔的群组称为 单系类群，其成员间存在共同祖先关系
3、并系类群(paraphyletic group)和复系 类群(polyphyletic group) 不满足单系类群要求，各成员间又具 有共同祖先特征的群组称为并系类群； 各成员既不具有共同衍生特征也不具有 共同祖先特征，只具有同型特征的分类 群组称为复系类群。 数理与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 23
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 23 3、并系类群(paraphyletic group)和复系 类群(polyphyletic group) 不满足单系类群要求，各成员间又具 有共同祖先特征的群组称为并系类群； 各成员既不具有共同衍生特征也不具有 共同祖先特征，只具有同型特征的分类 群组称为复系类群
4、内类群(ingroup)和外类群(outgroup) 一项研究所涉及的某一特定类群可称为内 类群；不包括在内类群中又与之有一定关系 的类群可称为外类群。外类群的建立是为了 比较内类群中各成员的特征差异。 数理与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 24
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 24 4、内类群(ingroup)和外类群(outgroup) 一项研究所涉及的某一特定类群可称为内 类群；不包括在内类群中又与之有一定关系 的类群可称为外类群。外类群的建立是为了 比较内类群中各成员的特征差异
5、 姊妹群(sister group) 与某一类群在谱系关系上最为密切的类 群称为姊妹群。 姊妹群是单系类群的一种常见类型。 数理与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 25
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 25 5、姊妹群(sister group) 与某一类群在谱系关系上最为密切的类 群称为姊妹群。 姊妹群是单系类群的一种常见类型