第3章生物信息学资源与数据挖掘工具 本章提要：介绍了生物信息学资源的发展趋势。 详细介绍了包括基因组数据库、蛋白质序列数据库 、蛋白质二级、三级数据库、蛋白质结构分类数据 库、核酸和蛋白质结构数据库等各类生物信息学资 源的、基本格式、检索方式等。介绍了“整合生物 数 主要内容信息学”的基本概念，较详细地介绍了 理 生 BLAST软件的内容及使用方法，并学习了几种通用 的序列查询软件和对各级序列数据库进行综合查询 的基本思路。 院 2025/5/27 BIOINFORMATICS
第3章生物信息学资源与数据挖掘工具 2025/5/27 BIOINFORMATICS 1 数 理 与 生 物 工 程 学 院 本章提要：介绍了生物信息学资源的发展趋势。 详细介绍了包括基因组数据库、蛋白质序列数据库 、蛋白质二级、三级数据库、蛋白质结构分类数据 库、核酸和蛋白质结构数据库等各类生物信息学资 源的、基本格式、检索方式等。介绍了“整合生物 主要内容信息学”的基本概念，较详细地介绍了 BLAST软件的内容及使用方法，并学习了几种通用 的序列查询软件和对各级序列数据库进行综合查询 的基本思路
§3.1引言 近20年来，有关分子生物学的诸如人类基因 组计划、其它模式生物基因组计划大规模合作研 究项目已在世界范围内开展起来。这些跨单位、 跨地区甚至跨国的科研协作均需在保证实验数据 可靠性和完整性的前提下，及时实现信息资源共 数 享。因此，计算机数据管理技术在这一领域中得 理 以广泛应用。各种分子生物学数据库业已建立并 物 仍在不断发展之中，它们也已成为相关研究中的 主要数据来源和数据交换手段。 院 2025/5/27 BIOINFORMATICS
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 2 §3.1 引言 近20年来，有关分子生物学的诸如人类基因 组计划、其它模式生物基因组计划大规模合作研 究项目已在世界范围内开展起来。这些跨单位、 跨地区甚至跨国的科研协作均需在保证实验数据 可靠性和完整性的前提下，及时实现信息资源共 享。因此，计算机数据管理技术在这一领域中得 以广泛应用。各种分子生物学数据库业已建立并 仍在不断发展之中，它们也已成为相关研究中的 主要数据来源和数据交换手段
现阶段已建立的分子数据库种类繁多，内容 广泛。例如，“Nucleic Acids Research”杂志每 年一月出版分子数据库专集，“Bioinformatics” 杂志（原名Computer Applications in the BioSciences,CABIOS)几乎每期均刊登分子数据 数 库及相关软件的论文。这些数据库中收录的信息 与生 大致包括： 工 程 院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 6 3
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 3 现阶段已建立的分子数据库种类繁多，内容 广泛。例如， “Nucleic Acids Research”杂志每 年一月出版分子数据库专集， “Bioinformatics” 杂 志 ( 原 名 Computer Applications in the BioSciences，CABIOS)几乎每期均刊登分子数据 库及相关软件的论文。这些数据库中收录的信息 大致包括：
基因与基因组序列 蛋白质编码序列 质谱与蛋白质组资料 大分子结构 大分子特殊活性及其他特性 小分子及结晶分析等几方面的数据以及参考文献等 数理与生 还有不少专门管理分子数据库的数据库或索网站 (搜索引擎)。 程 院 2025/5/27 BIOINFORMATICS
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 4 基因与基因组序列 蛋白质编码序列 质谱与蛋白质组资料 大分子结构 大分子特殊活性及其他特性 小分子及结晶分析等几方面的数据以及参考文献等 还有不少专门管理分子数据库的数据库或索引网站 （搜索引擎）
European Molecular Biology network EMBne There is no doubt that molecular biology is one of the fastest developing fields of scientific research.Innovation and development are required to cope with the demand for relable and accurate analysis of data. Molecular biologists require support to help them analyse,collate,and distribute the information they generate at the bench.This support includes providing regularly updated databases,software,training and documentation.It also involves establishing a legitimate target for questions and a recognised source of information about new developments. This document gives some basic information about EMBnet R&D Research and development in EMBnet Training programs encouraged by EMBnet P&PR Publicity and public relations in EMBnet 图3-1(a)欧洲分子生物学网络
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