第六章分子系统发生分析 本章提要：本章首先介绍了分子系统发 生分析的基本内容，几种分子进化模型。 重点学习分子系统树的构建方法，最后介 绍分子系统发生树的分析软件。 2025/5/27 BIOINFORMATICS
第六章分子系统发生分析 2025/5/27 BIOINFORMATICS 1 本章提要：本章首先介绍了分子系统发 生分析的基本内容，几种分子进化模型。 重点学习分子系统树的构建方法，最后介 绍分子系统发生树的分析软件
系统发生（或种系发生、系统发育， phylogeny)是指生物形成或进化的历史。系 统发生学(phylogenetics)研究物种之间的进 化关系，其基本思想是比较物种的特征， 并认为特征相似的物种在遗传学上接近。 数理与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 2 系统发生（或种系发生、系统发育， phylogeny)是指生物形成或进化的历史。系 统发生学(phylogenetics)研究物种之间的进 化关系，其基本思想是比较物种的特征， 并认为特征相似的物种在遗传学上接近
系统发生研究的结果往往以系统发生树 (phylogenetic tree)表示，用它描述物种之间 的进化关系。通过对生物学数据的建模提取 特征，进而比较这些特征，研究生物形成或 进化的历史。在分子水平上进行系统发生分 析具有许多优势，所得到的结果更加科学、 可靠。分子系统发生分析主要分成3个步聚： 分子序列或特征数据的分析，系统发生树的 数理与生 构造以及结果的检验。 工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 3 系统发生研究的结果往往以系统发生树 （phylogenetic tree）表示，用它描述物种之间 的进化关系。通过对生物学数据的建模提取 特征，进而比较这些特征，研究生物形成或 进化的历史。在分子水平上进行系统发生分 析具有许多优势，所得到的结果更加科学、 可靠。分子系统发生分析主要分成3个步骤： 分子序列或特征数据的分析，系统发生树的 构造以及结果的检验
§6.1分子系统发生与系统发生树 6.1.1分子系统发生分析 系统发生学是进化生物学的一个重要研究 领域，系统发生分析早在达尔文时期就已经开 始。从那时起，科学家们就开始寻找物种的源 头，分析物种之间的进化关系，给各个物种分 门别类。经典系统发生学研究所涉及的特征主 数 要是生物表型(phenotype)特征，所谓的表型特 征主要指形态学的（结构的）特征，如生物体 与生 的大小、颜色、触角个数，也包括某些生理的 、生化的以及行为习性的特征。 程 院 2025/5/27 BIOINFORMATICS
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 4 §6.1分子系统发生与系统发生树 6.1.1分子系统发生分析 系统发生学是进化生物学的一个重要研究 领域，系统发生分析早在达尔文时期就已经开 始。从那时起，科学家们就开始寻找物种的源 头，分析物种之间的进化关系，给各个物种分 门别类。经典系统发生学研究所涉及的特征主 要是生物表型(phenotype)特征，所谓的表型特 征主要指形态学的（结构的）特征，如生物体 的大小、颜色、触角个数，也包括某些生理的 、生化的以及行为习性的特征
通过表型比较来推断生物体的基因型 (genotype),研究物种之间的进化关系。但是 ,利用表型特征是有局限性的。有时候关系 很远的物种也能进化出相似的表型，这是由 称为趋同进化(convergent evolution)的过程造 成的。 数理与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 5 通过表型比较来推断生物体的基因型 (genotype)，研究物种之间的进化关系。但是 ，利用表型特征是有局限性的。有时候关系 很远的物种也能进化出相似的表型，这是由 称为趋同进化(convergent evolution)的过程造 成的