(a) FIGURE 2-9 Water binding in hemoglobin. The crystal structure of hemoglobin, shown (a)with bound water molecules (red spheres) and (b)without the water molecules. These water molecules are so firmly bound to the protein that they affect the x-ray diffraction pattern as though they were fixed parts of the crystal. The gray structures with red and orange atems are the four hemes of hemoglobin, discussed in detail in Chapter 5 在疏水相互作用下,蛋白质疏水氨基酸折叠在蛋白质 内部,而亲水氨基酸残基暴露在外
在疏水相互作用下，蛋白质疏水氨基酸折叠在蛋白质 内部，而亲水氨基酸残基暴露在外
范篇华力 广义范德华力包括定向效应、诱导效应 和分散效应等。 范德华力包括吸引力和斥力两种相互作 用,范德华力只有当两个非键合原子之 间处于一定距离时才能达到最大 虽然范德华力相对来说比较弱,但由于 范德华力相互作用数量大,并且具有加 和性,因此范德华力是一种不可忽视的 作用力
范德华力 • 广义范德华力包括定向效应、诱导效应 和分散效应等。 • 范德华力包括吸引力和斥力两种相互作 用，范德华力只有当两个非键合原子之 间处于一定距离时才能达到最大。 • 虽然范德华力相对来说比较弱，但由于 范德华力相互作用数量大，并且具有加 和性，因此范德华力是一种不可忽视的 作用力
离子链 ·离子键是带有相反电荷的侧链之间的离 子相互作用。 ·离子化的侧链一般都出现在球蛋白的表 面,与水分子形成水化层,对于整个球 蛋白的稳定性的贡献是最小的。 荷电的侧链也在蛋白质内部出现,一般 与其它基团形成强氢键
离子键 • 离子键是带有相反电荷的侧链之间的离 子相互作用。 • 离子化的侧链一般都出现在球蛋白的表 面，与水分子形成水化层，对于整个球 蛋白的稳定性的贡献是最小的。 • 荷电的侧链也在蛋白质内部出现，一般 与其它基团形成强氢键
蛋白质高级结构的原则 疏水残基主要被包埋在蛋白质的內部,远 离水的作用。极性或带电残基主要存在于 蛋白质的表面。 ·蛋白质分子中的氢键数量被最大化。 ·不溶性蛋白质或膜中的蛋白质由于它们的 作用或环境遵循不同的规则,但弱的作用 力对它们的结构仍然是关键的作用
蛋白质高级结构的原则 • 疏水残基主要被包埋在蛋白质的内部，远 离水的作用。极性或带电残基主要存在于 蛋白质的表面。 • 蛋白质分子中的氢键数量被最大化。 • 不溶性蛋白质或膜中的蛋白质由于它们的 作用或环境遵循不同的规则，但弱的作用 力对它们的结构仍然是关键的作用
蛋白质结构的层妖 级结构:氨基酸序列 二级结构:α-螺旋、β-折叠、β-转角、 不规则卷曲 超二级结构 Module 结构域( domain) 级结构:所有原子空间位置 四级结构:蛋白质多聚体
蛋白质结构的层次 一级结构：氨基酸序列 二级结构：-螺旋、-折叠、-转角、 不规则卷曲 超二级结构 Module 结构域（domain） 三级结构：所有原子空间位置 四级结构：蛋白质多聚体