二、基因文库技术 1.基因文库的类别 基因文库(gene library):是指某一生物类型全部基因的集合。 1.1基因组文库 1.2cDNA文库 1.3 3YAC文库(yeast artificial chromosomes library)酵母人工染色 体文库 1.4BAC文库(bacterial artificial chromosomes library)细菌人工染 色体文库 1.5 TAC (transformation-competent artificial chromosomes library)可转化人工染色体文库
二、基因文库技术 1. 基因文库的类别 基因文库(gene library):是指某一生物类型全部基因的集合。 1.1 基因组文库 1.2 cDNA文库 1.3 YAC文库(yeast artificial chromosomes library)酵母人工染色 体文库 1.4 BAC文库(bacterial artificial chromosomes library )细菌人工染 色体文库 1.5 TAC文库(transformation-competent artificial chromosomes library )可转化人工染色体文库
2.基因组文库 2.1概述 ·基因组文库是指将某生物的全部基因组DNA切割 成一定长度的DNA片段克隆到某种载体上而形成 的集合。 ·基因组文库根据DNA来源又可分为核基因组文库、 叶绿体基因组文库和线粒体基因组文库。 。 在一个完全的基因组文库中包含着基因组DNA上 的所有编码区和非编码区序列的克隆
2. 基因组文库 2.1 概述 • 基因组文库是指将某生物的全部基因组DNA切割 成一定长度的DNA片段克隆到某种载体上而形成 的集合。 • 基因组文库根据DNA来源又可分为核基因组文库、 叶绿体基因组文库和线粒体基因组文库。 • 在一个完全的基因组文库中包含着基因组DNA上 的所有编码区和非编码区序列的克隆
2.1基因组DNA文库的构建 (1)载体的选择 1)入噬菌体载体 早期(70年代后期)使用,如Charon4A和λgt-WES,克隆15-20 kb。 目前用EMBL系列,入2001,入DASH,Charon38-40,入GEM-11等 置换型载体,插入片段的最大值可达20-24kb。 2)Cosmid载体 所有Cosmid载体均可用于构建文库,但建议尽量使用pJB8和c2RB, 因为经验较多,许多问题易于解决。克隆45kb
2.1 基因组DNA文库的构建 (1)载体的选择 1)λ 噬菌体载体 早期(70年代后期)使用,如Charon 4A和λ gt-WES,克隆15-20 kb。 目前用EMBL系列,λ 2001,λ DASH,Charon 38-40,λ GEM-11等 置换型载体,插入片段的最大值可达20-24 kb。 2)Cosmid载体 所有Cosmid载体均可用于构建文库,但建议尽量使用pJB8和c2RB, 因为经验较多,许多问题易于解决。克隆45 kb
(2)用入噬菌体构建文库 1)总DNA的提取 DNA初始长度应至少是用于克隆片段的4倍,否则有效片段较少, 因此DNA至少应>100kb(cosmid>200kb) 2)载体臂的制备 >购买 >载体制备、纯化 >限制酶消化BaI/EMBL xhol/Λgem11 >载体臂的纯化(梯度离心:蔗糖或NaC1),梯度离心的收获量 大,而agarose回收量小。回收无填充片段,PG沉淀,除去碎片
(2)用λ 噬菌体构建文库 1)总DNA的提取 DNA初始长度应至少是用于克隆片段的4倍,否则有效片段较少, 因此DNA至少应>100 kb(cosmid>200 kb)。 2)载体臂的制备 购买 载体制备、纯化 限制酶消化 BamHI/EMBL Xhol/Λ gem11 载体臂的纯化(梯度离心:蔗糖或NaCl),梯度离心的收获量 大,而agarose回收量小。回收无填充片段,PEG沉淀,除去碎片
3)基因组DNA的消化 一般采用Sau3AI消化 回收20-24kb(agarose法或梯度离心) 有些载体可做不完全补平 4)连接/包装 连接形成较长的多联体,包装成λ粘粒(4℃,6个月稳定) 5)扩增和保存 重组噬菌体可在E.co1i中扩增,所的文库可被长时间的利用和 贮存,可用于多个不同基因的筛选。 6)在宿主菌上形成噬菌斑 7)带有目的外源DNA序列的λ-phage.重组体的鉴定 8)对选出的重组ohage:进行噬菌斑纯化,在对外源DNA进行分析
3)基因组DNA的消化 一般采用Sau3AI消化 回收20-24 kb(agarose法或梯度离心) 有些载体可做不完全补平 4)连接/包装 连接形成较长的多联体,包装成λ 粘粒(4℃,6个月稳定) 5)扩增和保存 重组噬菌体可在E.coli中扩增,所的文库可被长时间的利用和 贮存,可用于多个不同基因的筛选。 6)在宿主菌上形成噬菌斑 7)带有目的外源DNA序列的λ -phage重组体的鉴定 8)对选出的重组phage进行噬菌斑纯化,在对外源DNA进行分析