4.重亚硫酸盐( Sodium Bisulfite)分析方法 重亚硫酸盐处理使未甲基化的¢转变成U CH3 Methyl T cytoSIne (BETTCGCCGACTAA MAL Bisulphite treatment treatment cytosine 5-methylcytosine Bisulfite TTCGCCGACTAA TTCGCCGAuTAA treatment When DNA is bisulfite CH3 treated, unmethylated cytosine is converted to uracil methylcytosine is not affected uracil 5-methylcytosine
4. 重亚硫酸盐(Sodium Bisulfite)分析方法 重亚硫酸盐处理使未甲基化的C转变成U
(1)重亚硫酸盐处理后直接测序(BS-Seq): 未处理DNA的甲基化的和没有甲基化的测出的都是 G。但处理过的甲基化G的仍然是G,没有甲基化的C读 出来的是T,也就是说处理后的0都是甲基化的,并且 与未经处理的序列比较就可得出甲基化的具体位点, 同时也知道整体甲基化的水平
(1)重亚硫酸盐处理后直接测序(BS-Seq): 未处理DNA的甲基化的和没有甲基化的测出的都是 C。但处理过的甲基化C的仍然是C,没有甲基化的C读 出来的是T,也就是说处理后的C都是甲基化的,并且 与未经处理的序列比较就可得出甲基化的具体位点, 同时也知道整体甲基化的水平
DNA片段化 BSP克隆测序法 末增修复及加头 测序法以CpG岛两侧不含 CHa GpG点的一段序列为引物 CHa 量亚碗盐处理 配对区,所以能够同时扩 增出甲基化和非甲基化靶 CHa PCR扩增 序列。然后采用的高通量 G-T 测序方法进行测序 文库检测 高量测序 信丸分析
BSP克隆测序法 测序法以CpG岛两侧不含 CpG点的一段序列为引物 配对区,所以能够同时扩 增出甲基化和非甲基化靶 序列。然后采用的高通量 测序方法进行测序 DNA片段化 文库检测 高通量测序 成簇扩增 PCR扩增 重亚硫酸盐处理 信息分析 末端修复及加接头
罗氏公司454 GS FLX(第二代测序技术) ·焦磷酸测序 采用边合成边测序的方法 Sinal image 6A乙 cGATGC T Anneal APS Light nxy hederin
罗氏公司454 GS FLX(第二代测序技术) • 焦磷酸测序 采用边合成边测序的方法
文库准备 DNA library preparation 4.5 hours =〓 Ligation Genome fragmented by nebulization Selection .No cloning; no color (isolate AB fragments sstDNA library created only with adapto .A B fragments selected using avidin-biotin purifcation g叫NA一) sstDNA library
文库准备