《生物信息学 Bioinformatics》课程教学课件（PPT讲稿）第四章 生物信息资源

生物信息学课程生物数据库是生物数据的重要载体Bioinformatics收集访问国家重要战略资源生物数据库科技发展基础设施整理生物数据检索储存管理管理审编数据信息资源保藏V生物科技安全根基应用更新68

生物信息学 课程 Bioinformatics 生物数据库是生物数据的重要载体 收 集 整 理 储 存 管 理 审 编 应 用 生 物 数 据 访 问 检 索 管 理 更 新 ➢ 国家重要战略资源 生 ➢ 科技发展基础设施 物 数 据 库 6 8 ➢ 数据信息资源保藏 ➢ 生物科技安全根基

生物信息学课程生物数据库特点Bioinformatics生物数据库种类繁多：序列、结构、文献、代谢、表达谱、基因组等多层级：数据库一→信息库→知识库交叉链接：原始数据，分析结果，文献知识“用户至上”+“数据至上”：递交-存储-审核-质控-发布-共享序列文献代谢结构表达谱基因组79

生物信息学 课程 Bioinformatics 生物数据库特点 生 物 数 据 库 ➢ 种类繁多：序列、结构、文献、代谢、表达谱、基因组等 ➢ 多层级：数据库 → 信息库 → 知识库 ➢ 交叉链接：原始数据，分析结果，文献知识 ➢ “用户至上”+“数据至上”：递交-存储-审核-质控-发布-共享 序列 结构 文献 代谢 表达谱 基因组 7 9

生物信息学课程生物数据库分类Bioinformatics生物大分子数据库研究对象为主的数据库生物学其他数据库综合型数据库病毒数据库生物互作数据库DNA数据库原核生物数据库细胞通讯数据库RNA数据库代谢数据库真核生物数据库蛋白质数据库生物反应数据库人与人类疾病类数据库动物与动物模型数据库单细胞数据库植物数据库转录因子结合位点数据库微生物相关数据库非编码RNA数据库其它物种数据库10 10

10 10 生物信息学 课程 Bioinformatics 生物数据库分类 ◆ 生物大分子数据库 ➢ 综合型数据库 ➢ DNA数据库 ➢ RNA数据库 ➢ 蛋白质数据库 ◆ 研究对象为主的数据库 ➢ 病毒数据库 ➢ 原核生物数据库 ➢ 真核生物数据库 ➢ 人与人类疾病类数据库 ➢ 动物与动物模型数据库 ➢ 植物数据库 ➢ 微生物相关数据库 ➢ 其它物种数据库 ◆ 生物学其他数据库 ➢ 生物互作数据库 ➢ 细胞通讯数据库 ➢ 代谢数据库 ➢ 生物反应数据库 ➢ 单细胞数据库 ➢ 转录因子结合位点数据库 ➢ 非编码RNA数据库

生物信息学课程生物数据库期刊Bioinformaticsh Bioinformatics?Briefings inBioinformaticsBioinformaticsBioinformaticsAdvancesBriefingsinBioinformaticsBMCBioinformaticsCurrentBioinformaticsDatabaseONFS!GPBGenomicsProteomics&BioinformaticsclescAcidsResearchJournalof BioinformaticsandComputational BiologyMolecularPlantNucleicAcidsResearchNARGenomicsandBioinformaticsNatureGeneticsROSRERD±1.11

1 生物信息学 课程 Bioinformatics 生物数据库期刊 1 11 ➢ Bioinformatics ➢ Bioinformatics Advances ➢ Briefings in Bioinformatics ➢ BMC Bioinformatics ➢ Current Bioinformatics ➢ Database ➢ Genomics Proteomics & Bioinformatics ➢ Journal of Bioinformatics and Computational Biology ➢ Molecular Plant ➢ Nucleic Acids Research ➢ NAR Genomics and Bioinformatics ➢ Nature Genetics

生物信息学课程生物数据库简介BioinformaticsNucleicAcidsResearch数据库专辑（1994~）网络服务器专辑（2003~）计算机相关大型综合数据库DNA核苷酸序列、结构、调控类数据库Nucleic.Acids教育Research蛋白质序列、结构、结构域类数据库表达代谢、信号途径、酶类数据库人类基因组文献病毒、细菌、原生动物、真菌类数据库模式生物人类基因组、模式生物、比较基因组类数据库其他分子基因组变异、疾病、药物类数据库蛋白质植物类数据库OOXEORRRNA其它类数据库序列比较12 12

生物信息学 课程 Bioinformatics 生物数据库简介 Nucleic Acids Research ◆ 数据库专辑（1994~） ➢ 大型综合数据库 ➢ 核苷酸序列、结构、调控类数据库 ➢ 蛋白质序列、结构、结构域类数据库 ➢ 代谢、信号途径、酶类数据库 ➢ 病毒、细菌、原生动物、真菌类数据库 ➢ 人类基因组、模式生物、比较基因组类数据库 ➢ 基因组变异、疾病、药物类数据库 ➢ 植物类数据库 ➢ 其它类数据库 ◆ 网络服务器专辑（2003~） ➢ 计算机相关 ➢ DNA ➢ 教育 ➢ 表达 ➢ 人类基因组 ➢ 文献 ➢ 模式生物 ➢ 其他分子 ➢ 蛋白质 ➢ RNA ➢ 序列比较 12 12