单细胞转录组测序Single-Cell Capture WorkflowsingleCellCopture WorklowLoad CellsLoad.575 ul cellsuspension.Lood Celt微孔板BDRhapsody Clogging of chonnels are not a concern as there are nomicrofluidic channelsCril Load Scar?Gentlesetting of cells by grovity ollows cuptute-oMicrowelltechnologyfragile celisThe BD Rhopsody Cartridge contains >220,000 paititions-No.sampleloss dueto clogging ofchannelsVisualworkflowQcforcapture af up to 40,000 cells otalow multiplet rate-Noelectronics.portableConfidencewethevery experiment2 Load Beodsfe Cell LoadScan575uLcellssuspensionloadingvolume2aBeod Lood andEstimate the number of viable cels captured and the celBead Weih Scanmultiplet rate2Load BeadsLowmultipletrate%cartridge, Geometry and dimension of the microwell prevents2-3%@10.000cellload80Uptocaptureratebead multiplets8-10%@40000celloadCelftysis3forcertainceltypes Bead Load and Bead Wash ScanEstimnate the number of wells with-a vioblecell and a bead.Meosure cellretention rote to assess if cellshavebeen lostCaptureandanalyzefragilecellsBroad range ofcellthroughputCell Lysis&Beod RetrievolGranulocytes,neutrophils,CAR-Tcells,stem.cellsStronglysisbuffers ensurecompletelysisof cellscells per100-40,000tumorxenogratderivedcells,myelomacellsnCartridgeBead RetrievalNK cells andmoreEasy, efficient mognetic retrieval of.beadsBeod Retrievol calSaBead Retrieval ScanConfirm complete retrieval of beadsMinimalbatcheffects*0+oHighcorrelationwithflowdataScDNASynthesisConssnt,liabsutsw全?ThesametrustedBDantibodiesYYYMultiple bead woshes remove contaminants-and allow fortechnicabiologicatste-to-siteandfoeflowandsingle-cell multiomics0+0user-to-userreplicatesmore effectivereverse transcriptionCDNA SymthesisBeads can be archived or subsampled for moreexperimentalflexibilityLibrary Preparation, Sequencing and AnalysisSubsamplebeadsArchivebeadsDBioinformatics solutions inicluding theBD Rhapsody"FlexibatywithexperimentaldesignEquivalentdata obtainedframfreshbeads ancAnalysis Pipelinesand SegGeq"Software provide.acompletetooltomeasurerellability,beadsstored forseveralmonthsend-to-end single-cel solutionworkwith.collaboratorsLibrery Preporotiun, Serquencing and Analyeshttps://www.bdbiosciences.com>简介细胞类型注释原始数据处理表达矩阵处理和可视化实例分析
简介 原始数据处理 表达矩阵处理和可视化 细胞类型注释 实例分析 • 微孔板 BD Rhapsody https://www.bdbiosciences.com/ 单细胞转录组测序
PRE-PROCESSINGDOWNSTREAMANALYSES单细胞转录组数据分析流程：前处理Pre-processing质控Qualitycontrol·标准化Normalization特征基因选择Feature selection·降维Dimensionalityreduction.聚类Clusteranalysis细胞类型注释Celltypeannotation数据整合Dataintegration·拟时分析Trajectoryanalysis·差异基因分析·细胞通讯>简介实例分析原始数据处理表达矩阵处理和可视化细胞类型注释
9 单细胞转录组数据分析流程 • 前处理 Pre-processing • 质控 Quality control • 标准化 Normalization • 特征基因选择 Feature selection • 降维 Dimensionality reduction • 聚类 Cluster analysis • 细胞类型注释 Cell type annotation • 数据整合 Data integration • 拟时分析 Trajectory analysis • 差异基因分析 • 细胞通讯 • . 简介 原始数据处理 表达矩阵处理和可视化 细胞类型注释 实例分析
单细胞转录组数据分析方法，不同种类，涉及到不同的分析步骤12345tools,32categories40%(202310001)https://www.scrna-too/s.org/0>简介原始数据处理表达矩阵处理和可视化细胞类型注释实例分析福
10 单细胞转录组数据分析方法 • 不同种类，涉及到不同的分析步骤 https://www.scrna-tools.org/ 简介 原始数据处理 表达矩阵处理和可视化 细胞类型注释 实例分析 12345 tools, 32 categories (202310001)
从FASTQ到表达矩阵Count MatrixBCL filesCell2CelINCelllGenet3213231Gene2Signal Processing11418Gene3QCofCountMatrix".Sequencing Reads.*0025GeneMl4QCofFASTQ>readCGGTAGCCAGCTGCGTTCAGTASplicedAlignmentCount assignment+&&-&%$%%$$$#)33&0$&%Sto genome>Bread4CGGTAGCCAGCTGCGTTCAGTAUMI resolution+&&-&%$%%$$#)33&0$&%S"Alignment>@read 3CGGTAGCCAGCTGCGTTCAGTA+&&-&%$%%$$#)33&0S&%S"*Lightweight mappingCB correctionto(extended)txomeFASTQFileQuantification>简介>原始数据处理实例分析表达矩阵处理和可视化细胞类型注释
11 从FASTQ到表达矩阵 简介 原始数据处理 表达矩阵处理和可视化 细胞类型注释 实例分析
原始数据格式（FASTQ）@ST-E00126:128:HJFLHCCXX:2:1101:7405:11331:N:0:CTTGTAGATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT+！/1*（（（（***+)）%%%++）（%%%%）.1***-+*1））**55CCF>>>>>>CCCCCCC65第1行主要储存序列测序时的坐标等信息；第2行就是测序得到的序列信息，一股用ATCGN来表示，其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号第3行以“+”开始，可以储存一些附加信息，但目前的测序fastq文件这一行一般是空的。第4行储存的是质量信息，与第2行的碱基序列是一一对应的，其中的每一个符号对应的ASCIl值是经过换算的phred值，可以简单理解为对应位置碱基的测序质量值，越大说明测序的质量越好。不同的版本对应的phred值范围不同。12>简介原始数据处理>细胞类型注释》实例分析表达矩阵处理和可视化>
12 原始数据格式（FASTQ） 简介 原始数据处理 表达矩阵处理和可视化 细胞类型注释 实例分析 @ST-E00126:128:HJFLHCCXX:2:1101:7405:1133 1:N:0:CTTGTA GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT + !''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65 第1行主要储存序列测序时的坐标等信息； 第2行就是测序得到的序列信息，一般用ATCGN来表示，其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号； 第3行以“+”开始，可以储存一些附加信息，但目前的测序fastq文件这一行一般是空的。 第4行储存的是质量信息，与第2行的碱基序列是一一对应的，其中的每一个符号对应的ASCII值是经过换算的phred值，可以 简单理解为对应位置碱基的测序质量值，越大说明测序的质量越好。不同的版本对应的phred值范围不同