建立GenBank的主要目标是收集世界范围内已发 表的和自行投送的核苷酸序列以及相关的文献资料。 其主要作用是为大规模的核苷酸序列数据建立档案, 以利于长期保存,为国际分子生物学及相关研究提 供良好的技术与知识平台。NCBI-GenBank大致经历 了如下几个阶段: 数理与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 26
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 26 建立GenBank的主要目标是收集世界范围内已发 表的和自行投送的核苷酸序列以及相关的文献资料。 其主要作用是为大规模的核苷酸序列数据建立档案, 以利于长期保存,为国际分子生物学及相关研究提 供良好的技术与知识平台。NCBI-GenBank大致经历 了如下几个阶段:
1988-1989年:NCBI处于草创时期,隶属于NIH 的国家医学图书馆。一批分子生物学家、数学家、 计算机科学家与技术人员开始合作建立新的数据模 型,开发检索工具,以适应GenBank数据量的快速增 长。 数理与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 27
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 27 1988-1989年:NCBI处于草创时期,隶属于NIH 的国家医学图书馆。一批分子生物学家、数学家、 计算机科学家与技术人员开始合作建立新的数据模 型,开发检索工具,以适应GenBank数据量的快速增 长
1990年:开始应用BLAST。BLAST是一种快速检 索相似性序列的工具。 l991年:开始应用Entrez。Entrez是一个整合 的数据查询系统。 1992年:GenBank正式移到NCBI;表达序列标 签(expressed sequence tag,EST)技术开始应用, NCBI-dbEST数据库系统建立。 数理与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 28
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 28 1990年:开始应用BLAST。BLAST是一种快速检 索相似性序列的工具。 1991年:开始应用Entrez。Entrez是一个整合 的数据查询系统。 1992年:GenBank正式移到NCBI;表达序列标 签(expressed sequence tag, EST)技术开始应用, NCBI-dbEST数据库系统建立
1993年:开始应用Internet和3-D Entrez。 GenBank由CD-ROM转换为网络系统,以适应形势的发展。 1994年:NCBI-GenBank网页建立。序列标签位点 (sequence ta,gged site,.STS是对由其特定引物序列 所界定的一类标记的统称)和电子PCR(e-PCR)技术开 始应用。 1995年:开始应用BankIt。BankIt是基于互联网 的DNA序列投送软件;开发整合序列和图谱的基因组数 数 据库;开始应用分类浏览器(taxonomy browser), 将物种、系统发育信息与Entrez结合使用。 物 程 院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 29
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 29 1993 年 : 开 始 应 用 Internet 和 3-D Entrez 。 GenBank由CD-ROM转换为网络系统,以适应形势的发展。 1994年:NCBI-GenBank网页建立。序列标签位点 (sequence tagged site, STS是对由其特定引物序列 所界定的一类标记的统称)和电子PCR (e-PCR)技术开 始应用。 1995年:开始应用BankIt。BankIt是基于互联网 的DNA序列投送软件;开发整合序列和图谱的基因组数 据库;开始应用分类浏览器(taxonomy browser), 将物种、系统发育信息与Entrez结合使用
1996年:开始应用UniGene数据库(该数据库将 GenBank中属于同一条基因的所有片断拼接成完整 的基因进行收录)和GeneMap’96系统,整合STS图 谱、序列和UniGene簇数据,为基因组分析提供基 础;开始应用Sequina软件,便于大规模、批量投送 序列数据。 数理与生物工程学院 2025/5/27 BIOINFORMATICS 30
2025/5/27 BIOINFORMATICS 数 理 与 生 物 工 程 学 院 30 1996年:开始应用UniGene数据库(该数据库将 GenBank中属于同一条基因的所有片断拼接成完整 的基因进行收录)和GeneMap’96系统,整合STS图 谱、序列和UniGene簇数据,为基因组分析提供基 础;开始应用Sequin软件,便于大规模、批量投送 序列数据