中国科学院北京基因组研究所：《所刊》（2010年1月）

所睛所务 基因组所与浪潮强强联合开发基因组学新技术 2009年12月3日下午,“中科院北京基因组为我国在该领域取得领先优势奠定基础。本次中 研究所一浪潮基因组科学联合实验室”签约揭科院与浪潮的联合,凸显了装备制造与信息技术 牌仪式在基因组所报告厅举行,双方宣布将联合的深度融合,同时,双方的联合自主研制,也反映 各领域科研力量共同开发基因组学新技术,加速出了我国在重大科研装备制造业领域国产化进 我国生命科学和高端科研装备研制的发展进程。程的进一步加速 科技部、中国科学院、山东省科技厅等有关领导 出席了揭牌仪式。 中国科学院生命科学与生物技术局张知彬 局长在会上做出了重要讲话。他指出,联合实验 中科院北京基因组研究所一浪潮基因组科室的建立体现了多学科交叉的先进科研模式,第 学联合实验室”是基于基因组所“中国科学院基三代基因测停仗项目的提出将突破性的解决我 因组科学与信息重点实验室”和浪潮集团有限公国生命科学依赖于进口设备的瓶颈问题。重大科 司“高效能服务器和存储技术国家重点实验室研装条的自主研发应属于大学科大联合的范畴 的学术架构下建立的,研究方向为共同进行适应必须集合跨专业方向的科研力量联合攻关,中科 于基因组科学发展方向的研究工作,包括新技木院生物局将组织多学科领域的专家对这一重要 的开发硬件设备研发软件开发,以及基图科项的开展进行指导性研讨并协调相关专业局 学个体化医学相关领域的基础科学研究和应用对此项目进行全方位的支持。 科学研究。目前主要的研发项目包折:第三代基 因测序仪和相关DNA技术约研发物信息学中国科学院计划财务局科技条件处缪有贵 专用型高性能服务器的研发基于GPU高并行运主管中国科学院高技术研究与发展局综合规划 算技术的生物信息学应用研以及个体化医学处闫杰主管以及项目的重要合作伙伴单位 信息综合解决方案研究等工作 中国科学院半导体研究所的俞育德副所长出席 了联合实验室揭牌及签约仪式。北京基因组研究 在签约揭牌仪式上来自科技部中国科学所的党委书记,常务副所长杨卫平和副所长于军 院和山东省科技厅的有关领导对联合实验室的向与会的领导介绍了研究所的发展情况和现有 成立和发展方向给予了热情的祝愿和肯定。科技的科研能力并就联合实验室的研究方向和新技 部高新技术发展及产业化司杨咸武副司长指出术研发项目同与会领导进行了热烈的探讨取得 21世纪是众所公认的生命科学的世纪,基因已了应全力发展这一项目的共识 经成为一种宝贵的战略资源和财富,是未来国际 科技处 间竞争的焦点。作为基因科学的战略性装备具 2009年12月4日 有国际先进水平的第三代基因测序仪的研制,将

基因组所所刊 2009 年 12 月 3 日下午，“中科院北京基因组 研究所 - 浪潮基因组科学联合实验室”签约揭 牌仪式在基因组所报告厅举行，双方宣布将联合 各领域科研力量共同开发基因组学新技术，加速 我国生命科学和高端科研装备研制的发展进程。 科技部、中国科学院、山东省科技厅等有关领导 出席了揭牌仪式。 中科院北京基因组研究所 - 浪潮基因组科 学联合实验室”是基于基因组所“中国科学院基 因组科学与信息重点实验室”和浪潮集团有限公 司“高效能服务器和存储技术国家重点实验室” 的学术架构下建立的，研究方向为共同进行适应 于基因组科学发展方向的研究工作，包括新技术 的开发、硬件设备研发、软件开发，以及基因组科 学、个体化医学相关领域的基础科学研究和应用 科学研究。目前主要的研发项目包括：第三代基 因测序仪和相关 DNA 技术的研发；生物信息学 专用型高性能服务器的研发；基于 GPU 高并行运 算技术的生物信息学应用研究；以及个体化医学 信息综合解决方案研究等工作。 在签约揭牌仪式上，来自科技部、中国科学 院和山东省科技厅的有关领导对联合实验室的 成立和发展方向给予了热情的祝愿和肯定。科技 部高新技术发展及产业化司杨咸武副司长指出， 21 世纪是众所公认的生命科学的世纪，基因已 经成为一种宝贵的战略资源和财富，是未来国际 间竞争的焦点。作为基因科学的战略性装备，具 有国际先进水平的第三代基因测序仪的研制，将 为我国在该领域取得领先优势奠定基础。本次中 科院与浪潮的联合，凸显了装备制造与信息技术 的深度融合，同时，双方的联合自主研制，也反映 出了我国在重大科研装备制造业领域国产化进 程的进一步加速。 中国科学院生命科学与生物技术局张知彬 局长在会上做出了重要讲话。他指出，联合实验 室的建立体现了多学科交叉的先进科研模式，第 三代基因测序仪项目的提出将突破性的解决我 国生命科学依赖于进口设备的瓶颈问题。重大科 研装备的自主研发应属于大学科大联合的范畴， 必须集合跨专业方向的科研力量联合攻关，中科 院生物局将组织多学科领域的专家对这一重要 项目的开展进行指导性研讨，并协调相关专业局 对此项目进行全方位的支持。 中国科学院计划财务局科技条件处缪有贵 主管、中国科学院高技术研究与发展局综合规划 处闫杰主管，以及项目的重要合作伙伴单位—— 中国科学院半导体研究所的俞育德副所长出席 了联合实验室揭牌及签约仪式。北京基因组研究 所的党委书记，常务副所长杨卫平和副所长于军 向与会的领导介绍了研究所的发展情况和现有 的科研能力，并就联合实验室的研究方向和新技 术研发项目同与会领导进行了热烈的探讨，取得 了应全力发展这一项目的共识。 科技处 2009 年 12 月 4 日 基因组所与浪潮强强联合开发基因组学新技术 所 情 所 务 11 UnRegistered

风华正 基因组所积极推进信息化建设 展示新活力 2、计算资源展示屏—该屏实时动态显示 出研究所目前大型计算资源的使用情况,包括存 储使用情况、CPU利用率、JO状况、内存使用等 资源情况,便于各实验室项目组更好的利用和配 置好所内的超算资源, 效据资源展示屏——该屏动态显示了研 究所目前提供的各类(包括水稻、家蚕、家鸡、流 2009年11)月14日,在中国科学院北京基因感病毒等)基因组数据服务状况以及数据产 组研究所一楼大厅的显署位置增添了一组新设量国内外各地区的访问统计并实时发布 备,往来的科研人员及国内外来访交流人员不断 驻足观望——基因组所新上线的液晶拼接屏数 4、管理宣传展示屏——该屏重点发挥和推 字化管理展示系统”正式投入使用 介研究所所务公开、创新文化建设、科学普及以 及通知公告发布等职能,可以将所内重大事项 该系统是在所党委书记常务副所长杨卫平科研进展、重要活动等信息进行公示,同时为研 的提议下由所综合办公室和生物信息学平台于究所科普内容介绍、工作创新展示提供了平台。 今年10月开始联合实施建设的,在经过2个月 的调研、配置安装以及配套软件的开发过程,系 此项整体展示系统的安装和使用,提高了全 统于近期正式上线。本数字化液晶展示系统由四所对科研信息化的整体认识,有利于所领导以及 组40寸无框液晶屏单元组成,分别包括 广大科研人员更好的了解研究所的各项工作进 展,增强科研与管理部门之间的了解,扩大共识 1.测序资源展示屏—该屏幕可以实时动为科研和管理信息化发展创造了新的活力,为加 态显示研究所每台测序仪的工作状态,以及数据快研究所信息化建设进程,创建四个一流”的研 总产量和机器开机率,同时还将展示每台测序仪究所奠定了坚实的基础 测序的任务状态,便于所领导及各实验室项目组 综合办公室 负责人了解所内测序仪的使用情况,以及项目进 2009年12月15日 展情况和测序数据的产出 基因组所所刊

基因组所所刊 风 华 正 茂 2009 年 12 月 14 日，在中国科学院北京基因 组研究所一楼大厅的显著位置增添了一组新设 备，往来的科研人员及国内外来访交流人员不断 驻足观望——基因组所新上线的“液晶拼接屏数 字化管理展示系统”正式投入使用。 该系统是在所党委书记、常务副所长杨卫平 的提议下由所综合办公室和生物信息学平台于 今年 10 月开始联合实施建设的，在经过 2 个月 的调研、配置、安装以及配套软件的开发过程，系 统于近期正式上线。本数字化液晶展示系统由四 组 40 寸无框液晶屏单元组成，分别包括： 1、测序资源展示屏——该屏幕可以实时动 态显示研究所每台测序仪的工作状态，以及数据 总产量和机器开机率，同时还将展示每台测序仪 测序的任务状态，便于所领导及各实验室项目组 负责人了解所内测序仪的使用情况，以及项目进 展情况和测序数据的产出。 2尧 计算资源展示屏要要该屏实时动态显示 出研究所目前大型计算资源的使用情况，包括存 储使用情况、CPU 利用率、I/O 状况、内存使用等 资源情况，便于各实验室项目组更好的利用和配 置好所内的超算资源。 3尧 数据资源展示屏要要该屏动态显示了研 究所目前提供的各类（包括水稻、家蚕、家鸡、流 感病毒等） 基因组数据服务状况以及数据产出 量、国内外各地区的访问统计，并实时发布。 4尧 管理宣传展示屏要要该屏重点发挥和推 介研究所所务公开、创新文化建设、科学普及以 及通知公告发布等职能，可以将所内重大事项、 科研进展、重要活动等信息进行公示，同时为研 究所科普内容介绍、工作创新展示提供了平台。 此项整体展示系统的安装和使用，提高了全 所对科研信息化的整体认识，有利于所领导以及 广大科研人员更好的了解研究所的各项工作进 展，增强科研与管理部门之间的了解，扩大共识， 为科研和管理信息化发展创造了新的活力，为加 快研究所信息化建设进程，创建“四个一流”的研 究所奠定了坚实的基础。 综合办公室 2009 年 12 月 15 日 基因组所积极推进信息化建设 展示新活力 12 UnRegistered

所睛所务 基因组所召开所级后备千部调整推荐会 杨建国书记首先对此项工作的目的意义、工 作程序和有关要求进行了说明,同时强调坚决杜 绝拉票行为。此项工作是按照中央和院党组的统 部署,由分院对各研究所局所级后备干部进行 的集中调整推荐和选拔。会上,我所参会人员按照 有关要求分别填写了“研兖所后备干部推荐表”和 “中国科学院局所级后备干部集中调整工作治理 2000年12月15日,北京分院考察组在我所拉票行为情况测评表 组织召开所级后备干部调整推荐会。所领导、管理 随后,考察组分别与我所所领导、管理部门负 部门负责人、副高级职称以上科研人员、党委委责人、研究员等避行了个别谈话,进一步听取了他 员、纪委委员、支部书记、工会负责人等30余人参们对研究所后备干部人选的推荐情况。 加了会议。会议由考察组带队领导、北京分院党组 综合办公室 副书记杨建国主持。 2009年12月16日 日本科学技术与社会论坛理事长率团 访问基因组所 2009年12月1日,日本科学技术与社会论坛组所的发展历史、研究领域与发展方向、科研条件 ( Science and Technology in Scciety Forum,STS)理等。随后代表团一行人参观了基因组及生物信息 事长尾声幸次先生(原日夲财务大臣、科学技术政学平台、大型计算机房、基因组稳定性项目组等实 策担当大臣)、日本科学技术国际交流中心福田修验室。 参事、日本贸易振兴机构( JEtRO)北京代表处奥 尾声幸次理事长向于军副所长介绍了明年10 泉和则副所长及日本大使馆山本恭司参赞等一行月将在日本京都召开的第七届STS论坛的筹备情 5人访问中国科学院北京基因组研究所。基因组所况,并正式邀请于军副所长出席论坛并作报告。于 副所长于军研究员、所长助理王彩平研究员及科技军副所长表达了对论坛的关注并就论坛所设立的 处负责人严江伟副研究员等一同接待了客人。 7个专题与尾声幸次理事长交换了意见。 于军副所长代表基因组所对日本客人的访问 表示欢迎,在简要介绍了中国科学院生命科学方 科技处 面的研究所的情况后,他向来宾重点介绍了基因 2009年12月2日

基因组所所刊 所 情 所 务 2009 年 12 月 15 日袁 北京分院考察组在我所 组织召开所级后备干部调整推荐会遥 所领导尧管理 部门负责人尧 副高级职称以上科研人员尧 党委委 员尧纪委委员尧支部书记尧工会负责人等 30 余人参 加了会议遥 会议由考察组带队领导尧北京分院党组 副书记杨建国主持遥 杨建国书记首先对此项工作的目的意义尧工 作程序和有关要求进行了说明袁 同时强调坚决杜 绝拉票行为遥 此项工作是按照中央和院党组的统 一部署袁 由分院对各研究所局所级后备干部进行 的集中调整推荐和选拔遥 会上袁我所参会人员按照 有关要求分别填写了野研究所后备干部推荐表冶和 野中国科学院局所级后备干部集中调整工作治理 拉票行为情况测评表冶遥 随后袁考察组分别与我所所领导尧管理部门负 责人尧研究员等进行了个别谈话袁进一步听取了他 们对研究所后备干部人选的推荐情况遥 综合办公室 2009 年 12 月 16 日 基因组所召开所级后备干部调整推荐会 2009 年 12 月 1 日袁日本科学技术与社会论坛 渊Science and Technology in Society Forum袁 STS冤理 事长尾声幸次先生 (原日本财务大臣尧科学技术政 策担当大臣)尧 日本科学技术国际交流中心福田修 一参事尧日本贸易振兴机构渊JETRO冤北京代表处奥 泉和则副所长及日本大使馆山本恭司参赞等一行 5 人访问中国科学院北京基因组研究所遥 基因组所 副所长于军研究员尧所长助理王彩平研究员及科技 处负责人严江伟副研究员等一同接待了客人遥 于军副所长代表基因组所对日本客人的访问 表示欢迎袁 在简要介绍了中国科学院生命科学方 面的研究所的情况后袁 他向来宾重点介绍了基因 组所的发展历史尧研究领域与发展方向尧科研条件 等遥 随后代表团一行人参观了基因组及生物信息 学平台尧大型计算机房尧基因组稳定性项目组等实 验室遥 尾声幸次理事长向于军副所长介绍了明年 10 月将在日本京都召开的第七届 STS 论坛的筹备情 况袁并正式邀请于军副所长出席论坛并作报告遥 于 军副所长表达了对论坛的关注并就论坛所设立的 7 个专题与尾声幸次理事长交换了意见遥 科技处 2009 年 12 月 2 日 日本科学技术与社会论坛理事长率团 访问基因组所 13 UnRegistered

风华正 基因组所完成“人类多层次多 人群自然洗择数据库”构建 曾长青研究组张祥龙 为了更好地了解人类不同种群的遗传差异和个基因的分析数据。共有1606个基因组大片段显 受到的自然选择情况,以及比较不同指标之间的示选择信号660个显示分化信号。Ⅲ期数据共包 印证关系。近日,中国科学院北京基因组研究所曾含1,389,498SNs21099个有效基因分析数 长青研究员实验室的程锋等人通过选择目前S据。在11个人群中找到了10.138个受选择的基 (单核苷酸多态性)分型数量最大和种群数最多的因组片段,以及464个具有强分化的基因组片段 HapMap国际人类基因组单体型图计划)分型数据了方便研究,SN@ Evolution的查询结果可以链 作为研究基础从基因组大片段,功能基因以及单接到其他数据库获取更多信息 个SNP位点等三个层次来研究人类不同种群的基 数据库链接 因组遗传分化和所受自然选择的情况。根使用 http://bighapmap.bigac.cn 多个不同指标HET, Win_HET, FST, Win-FSI 文献记录 Hs, ES HET, ES FST,PH5等)及策路来扫描 Cheng Feng, Chen Wei, Richards Elliott 选择信号,并把它们置于同一个框架下进行比较 Deng Libin, Zeng Changqing.SNP@ Evolution:a 和验证,以求获得最大的信息。研究结果建立了 hierarchical database of positive selection on the 人类多层次多人群自然选择数据库”暨阳性自然 human genome. BMC Evolutionary Biology2009 选择数据库Snp(evoLution(http://bighapmap.9:221 big.a.cn/)供国内外科研使用,自九月下旬相关 原文链接 文章在 BMC Evol Bio发表以来,SNP@ Evolution http://www.biomedcentral 已受到来自全世界几十个国家和地区,上万次的com/1471-2148/9/221 访问和下载,为该领域的研究人员提供了一个发 原文摘要 现选择信号的有用工具。 SNP@ Evolution共分为数据查询和图形查询界 Background: Positive selection is a driving 面两个部分。包括了 HapMap‖期和Ⅲ期的数据结 force that has shaped the modern human. Recent 果。‖期共有3,619,226个SNP数据,以及21.859 developments in high throughput technologies and 14|基因组所所刊

基因组所所刊 风 华 正 茂 为了更好地了解人类不同种群的遗传差异和 受到的自然选择情况，以及比较不同指标之间的 印证关系。近日，中国科学院北京基因组研究所曾 长青研究员实验室的程锋等人，通过选择目前 SNP （单核苷酸多态性）分型数量最大和种群数最多的 HapMap（国际人类基因组单体型图计划）分型数据 作为研究基础，从基因组大片段，功能基因以及单 个 SNP 位点等三个层次来研究人类不同种群的基 因组遗传分化和所受自然选择的情况。根据使用 多个不同指标 （HET，Win_HET, FST, Win_FST, iHS, ES_HET, ES_FST, P_iHS 等） 及策略来扫描 选择信号，并把它们置于同一个框架下进行比较 和验证，以求获得最大的信息。研究结果建立了 “人类多层次多人群自然选择数据库”暨阳性自然 选 择 数 据 库 SNP@Evolution (http://bighapmap. big.ac.cn/)供国内外科研使用，自九月下旬相关 文章在 BMC Evol Biol 发表以来，SNP@Evolution 已受到来自全世界几十个国家和地区，上万次的 访问和下载，为该领域的研究人员提供了一个发 现选择信号的有用工具。 SNP@Evolution 共分为数据查询和图形查询界 面两个部分。包括了 HapMap II 期和 III 期的数据结 果。II 期共有 3,619,226 个 SNP 数据，以及 21,859 个基因的分析数据。共有 1606 个基因组大片段显 示选择信号，660 个显示分化信号。III 期数据共包 含 1,389,498 SNPs，21,099 个有效基因分析数 据。在 11 个人群中找到了 10,138 个受选择的基 因组片段，以及 464 个具有强分化的基因组片段。 为了方便研究，SNP@Evolution 的查询结果可以链 接到其他数据库获取更多信息。 数据库链接: http://bighapmap.big.ac.cn 文献记录: Cheng Feng, Chen Wei, Richards Elliott, Deng Libin, Zeng Changqing. SNP@Evolution: a hierarchical database of positive selection on the human genome. BMC Evolutionary Biology 2009, 9:221. 原文链接: http://www.biomedcentral. com/1471-2148/9/221 原文摘要: Abstract Background: Positive selection is a driving force that has shaped the modern human. Recent developments in high throughput technologies and 基因组所完成“人类多层次多 人群自然选择数据库”构建 曾长青研究组 张祥龙 14 UnRegistered